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- PDB-4kik: Human IkB kinase beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kik
タイトルHuman IkB kinase beta
要素(Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta) x 2
キーワードTRANSFERASE / kinase / NkB signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / IkappaB kinase / IkappaB kinase activity / IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / IkappaB kinase complex / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / : / negative regulation of bicellular tight junction assembly / transferrin receptor binding ...antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / IkappaB kinase / IkappaB kinase activity / IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / IkappaB kinase complex / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / : / negative regulation of bicellular tight junction assembly / transferrin receptor binding / IkBA variant leads to EDA-ID / toll-like receptor 3 signaling pathway / CD40 receptor complex / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / regulation of establishment of endothelial barrier / regulation of phosphorylation / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / cortical actin cytoskeleton organization / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / TRAF6 mediated NF-kB activation / protein maturation / canonical NF-kappaB signal transduction / stress-activated MAPK cascade / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / p75NTR recruits signalling complexes / NF-kB is activated and signals survival / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / protein localization to plasma membrane / Regulation of NF-kappa B signaling / Regulation of TNFR1 signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / response to virus / NOD1/2 Signaling Pathway / PKR-mediated signaling / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / cytoplasmic side of plasma membrane / Interleukin-1 signaling / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / scaffold protein binding / peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / protein heterodimerization activity / membrane raft / protein phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #250 / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IKBKB, scaffold dimerization domain / IKBKB, scaffold dimerization domain superfamily / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IQBAL scaffold dimerization domain / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / : / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #250 / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IKBKB, scaffold dimerization domain / IKBKB, scaffold dimerization domain superfamily / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / IQBAL scaffold dimerization domain / I-kappa-kinase-beta NEMO binding domain / : / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
K-252A / Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Liu, S. / Mosyak, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of a Human I kappa B Kinase beta Asymmetric Dimer.
著者: Liu, S. / Misquitta, Y.R. / Olland, A. / Johnson, M.A. / Kelleher, K.S. / Kriz, R. / Lin, L.L. / Stahl, M. / Mosyak, L.
履歴
登録2013年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
B: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,5184
ポリマ－156,5832
非ポリマー9352
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area63390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.954, 68.689, 107.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta / I-kappa-B-kinase beta / IKK-B / IKK-beta / IkBKB / I-kappa-B kinase 2 / IKK2 / Nuclear factor NF- ...I-kappa-B-kinase beta / IKK-B / IKK-beta / IkBKB / I-kappa-B kinase 2 / IKK2 / Nuclear factor NF-kappa-B inhibitor kinase beta / NFKBIKB


分子量: 78251.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKBKB, IKKB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14920, IkappaB kinase
#2: タンパク質 Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta / I-kappa-B-kinase beta / IKK-B / IKK-beta / IkBKB / I-kappa-B kinase 2 / IKK2 / Nuclear factor NF- ...I-kappa-B-kinase beta / IKK-B / IKK-beta / IkBKB / I-kappa-B kinase 2 / IKK2 / Nuclear factor NF-kappa-B inhibitor kinase beta / NFKBIKB


分子量: 78331.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKBKB, IKKB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14920, IkappaB kinase
#3: 化合物 ChemComp-KSA / K-252A


分子量: 467.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H21N3O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.2 Å / Num. all: 36644 / Num. obs: 34922 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 67.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 10

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.83→47.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9251 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8841 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 1742 4.99 %RANDOM
Rwork0.1836 ---
obs0.1863 34922 93.74 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6177 Å20 Å2-8.6857 Å2
2---4.4953 Å20 Å2
3---9.113 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.371 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→47.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10301 0 70 221 10592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110567HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1514294HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5105SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes328HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1537HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10567HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.62
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1342SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11841SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.83→2.91 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 108 5.89 %
Rwork0.2695 1727 -
all0.2748 1835 -
obs--93.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32960.0025-0.53971.671-0.09351.97020.097-0.24690.30740.0042-0.06920.0304-0.4304-0.1252-0.0278-0.06370.015-0.0049-0.1005-0.00170.029749.42339.8879-56.5757
21.6008-0.19070.4282.5145-0.80211.92040.0914-0.07220.4289-0.0809-0.09850.1507-0.0366-0.07160.0071-0.1552-0.0007-0.0334-0.033-0.04830.042757.42922.584-57.8655
31.6390.2132-0.55541.4599-0.30761.2743-0.0545-0.0907-0.0515-0.0916-0.0101-0.07350.1520.22240.0646-0.13160.021-0.055-0.0069-0.00290.001565.086210.0472-55.3347
44.67511.71871.82295.4022.81149.6754-0.0320.05610.1467-0.30460.1221-0.1380.13650.5864-0.0901-0.16550.0905-0.0767-0.0283-0.0307-0.223961.65630.9832-85.3866
52.3682.00871.10554.7040.68364.0313-0.05610.098-0.08880.0082-0.00620.34460.03020.06750.0623-0.15080.0479-0.0273-0.04240.00650.063945.3555-2.7843-58.4357
60.00750.1953-0.57660.75011.14543.6853-0.0431-0.0362-0.01860.0990.0925-0.1012-0.0502-0.0619-0.0494-0.09230.101-0.07260.1477-0.0224-0.146145.5626-6.3789-114.8751
73.4820.5868-1.54770.8176-0.4517-1.149-0.02950.03110.05070.00210.01630.14830.0085-0.12880.0131-0.057-0.1201-0.03490.22340.0053-0.218939.8209-11.2406-101.6665
81.3711-0.6-1.89112.1683-2.7956-1.28580.03250.06020.09420.10350.07340.2854-0.0485-0.1288-0.1059-0.27390.0814-0.11350.0567-0.00010.182735.45164.3624-58.2472
91.34420.2063-1.98840.0361-0.872-1.3442-0.0311-0.2338-0.0321-0.4215-0.07950.28190.2872-0.05730.1105-0.0044-0.11660.03340.0389-0.1381-0.061840.25-9.8682-68.9284
10-0.2418-0.54471.63560.15980.69832.4381-0.00630.22990.17910.3775-0.1337-0.01270.04770.020.140.03120.0494-0.12580.0076-0.0308-0.001751.2594-11.4589-106.013
114.4616-0.9469-1.96860.51171.7971-0.10760.02210.209-0.0625-0.019-0.028-0.0628-0.004-0.06040.0059-0.17380.035-0.00570.0527-0.03590.031754.3194-6.6646-144.9826
124.45450.0920.36381.8257-0.96064.5396-0.0326-0.2743-0.2545-0.4041-0.068-0.26890.3054-0.02750.1006-0.0992-0.03910.0321-0.1775-0.01160.0455-16.1118-42.2117-72.4129
130.67040.8229-1.53723.467-0.29152.89140.01470.27430.1137-0.35730.12720.18270.3405-0.2522-0.1419-0.1610.0274-0.0153-0.00670.0449-0.0586-20.1293-24.9395-81.2055
141.86520.3317-0.34423.06350.52172.3776-0.15180.4390.3472-0.18490.30090.4116-0.0637-0.3-0.1492-0.26020.04780.01550.00820.17360.0388-23.967-10.9166-84.4539
157.7163.39870.1313.0766-1.15854.55-0.0730.3640.1058-0.19230.20570.05370.2691-0.4445-0.1327-0.149-0.06840.160.09310.0254-0.2084-0.2336-4.5677-105.1281
161.44570.4333-2.0040.2961-0.82820.7755-0.0440.2141-0.0102-0.04240.0346-0.04710.01650.07280.0095-0.05820.00740.0960.1478-0.0215-0.06013.1486-1.001-86.0791
172.2243-0.2518-1.45040.2742-0.5010.1448-0.0290.07980.14830.068-0.0322-0.1821-0.06160.06130.0612-0.15920.0739-0.03270.12760.0222-0.026543.37770.1867-136.7397
18-0.99681.54821.41590-2.19782.7050.05160.14350.3464-0.0728-0.2810.0322-0.23510.18430.2293-0.1070.10770.13430.06730.16740.038541.87476.6984-144.4573
19-0.39032.15891.61540-0.05192.1569-0.0204-0.0768-0.07280.02120.0312-0.0257-0.00010.0705-0.0108-0.0838-0.03220.03390.2914-0.1364-0.190127.8383.1054-105.5722
201.5078-0.6859-2.46940-0.1193.9567-0.0253-0.0483-0.0120.03930.1278-0.0283-0.13510.2704-0.1026-0.135-0.12240.04680.0854-0.04950.02296.71690.3791-81.6015
215.1086-0.507-0.88050.62810.3908-1.0043-0.0350.41820.1599-0.1478-0.08080.2905-0.08610.06890.1158-0.23870.0656-0.05940.20090.0185-0.073936.6853-3.2863-144.3201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 199
3X-RAY DIFFRACTION3A200 - 309
4X-RAY DIFFRACTION4A310 - 394
5X-RAY DIFFRACTION5A400 - 445
6X-RAY DIFFRACTION6A446 - 494
7X-RAY DIFFRACTION7A534 - 550
8X-RAY DIFFRACTION8A558 - 585
9X-RAY DIFFRACTION9A586 - 610
10X-RAY DIFFRACTION10A611 - 637
11X-RAY DIFFRACTION11A638 - 663
12X-RAY DIFFRACTION12B8 - 100
13X-RAY DIFFRACTION13B101 - 199
14X-RAY DIFFRACTION14B200 - 309
15X-RAY DIFFRACTION15B310 - 398
16X-RAY DIFFRACTION16B403 - 470
17X-RAY DIFFRACTION17B471 - 497
18X-RAY DIFFRACTION18B498 - 533
19X-RAY DIFFRACTION19B534 - 550
20X-RAY DIFFRACTION20B558 - 628
21X-RAY DIFFRACTION21B629 - 663

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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