PDB-4kik: Human IkB kinase beta

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kik

タイトル

Human IkB kinase beta

要素

(Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta) x 2

キーワード

TRANSFERASE / kinase / NkB signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / IkappaB kinase / IkappaB kinase activity / IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / IkappaB kinase complex / : / negative regulation of bicellular tight junction assembly / transferrin receptor binding / IkBA variant leads to EDA-ID ...antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I, TAP-dependent / IkappaB kinase / IkappaB kinase activity / IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / IkappaB kinase complex / : / negative regulation of bicellular tight junction assembly / transferrin receptor binding / IkBA variant leads to EDA-ID / toll-like receptor 3 signaling pathway / CD40 receptor complex / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / regulation of phosphorylation / regulation of establishment of endothelial barrier / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / cortical actin cytoskeleton organization / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / TRAF6 mediated NF-kB activation / protein maturation / canonical NF-kappaB signal transduction / stress-activated MAPK cascade / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / p75NTR recruits signalling complexes / NF-kB is activated and signals survival / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / protein localization to plasma membrane / Activation of NF-kappaB in B cells / Regulation of TNFR1 signaling / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / response to virus / PKR-mediated signaling / cytoplasmic side of plasma membrane / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / scaffold protein binding / peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / protein heterodimerization activity / membrane raft / protein phosphorylation / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

Liu, S. / Mosyak, L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of a Human I kappa B Kinase beta Asymmetric Dimer.
著者: Liu, S. / Misquitta, Y.R. / Olland, A. / Johnson, M.A. / Kelleher, K.S. / Kriz, R. / Lin, L.L. / Stahl, M. / Mosyak, L.

履歴

登録	2013年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kik.cif.gz	516.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kik.ent.gz	440.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/4kik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/4kik	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	8438 4e3c-3 5tqx-d 4e3c-2 7jx3-d 5wux-d 1310 4xce-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (9)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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類似性 (1)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (9)
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類似性 (1)
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神経栄養因子 (Neurotrophins)
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カスパーゼ (Caspases)
類似性 (2)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta

B: Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta

ヘテロ分子

158 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.954, 68.689, 107.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta / I-kappa-B-kinase beta / IKK-B / IKK-beta / IkBKB / I-kappa-B kinase 2 / IKK2 / Nuclear factor NF- ...I-kappa-B-kinase beta / IKK-B / IKK-beta / IkBKB / I-kappa-B kinase 2 / IKK2 / Nuclear factor NF-kappa-B inhibitor kinase beta / NFKBIKB 分子量: 78251.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKBKB, IKKB 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O14920, IkappaB kinase
#2: タンパク質	Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit beta / I-kappa-B-kinase beta / IKK-B / IKK-beta / IkBKB / I-kappa-B kinase 2 / IKK2 / Nuclear factor NF- ...I-kappa-B-kinase beta / IKK-B / IKK-beta / IkBKB / I-kappa-B kinase 2 / IKK2 / Nuclear factor NF-kappa-B inhibitor kinase beta / NFKBIKB 分子量: 78331.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKBKB, IKKB 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O14920, IkappaB kinase
#3: 化合物	ChemComp-KSA / K-252A 分子量: 467.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₁N₃O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.78 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→47.2 Å / Num. all: 36644 / Num. obs: 34922 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 67.89 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 10

-
解析

ソフトウェア

名称: BUSTER / バージョン: 2.11.2 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.83→47.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9251 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8841 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2365	1742	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1836	-	-	-
obs	0.1863	34922	93.74 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.6177 Å²	0 Å²	-8.6857 Å²
2-	-	-4.4953 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.113 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.371 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.83→47.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10301	0	70	221	10592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	10567	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.15	14294	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		5105	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		328	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1537	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		10567	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.94
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.62
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1342	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		11841	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.83→2.91 Å / Total num. of bins used: 18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	108	5.89 %
R_work	0.2695	1727	-
all	0.2748	1835	-
obs	-	-	93.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3296	0.0025	-0.5397	1.671	-0.0935	1.9702	0.097	-0.2469	0.3074	0.0042	-0.0692	0.0304	-0.4304	-0.1252	-0.0278	-0.0637	0.015	-0.0049	-0.1005	-0.0017	0.0297	49.423	39.8879	-56.5757
2	1.6008	-0.1907	0.428	2.5145	-0.8021	1.9204	0.0914	-0.0722	0.4289	-0.0809	-0.0985	0.1507	-0.0366	-0.0716	0.0071	-0.1552	-0.0007	-0.0334	-0.033	-0.0483	0.0427	57.429	22.584	-57.8655
3	1.639	0.2132	-0.5554	1.4599	-0.3076	1.2743	-0.0545	-0.0907	-0.0515	-0.0916	-0.0101	-0.0735	0.152	0.2224	0.0646	-0.1316	0.021	-0.055	-0.0069	-0.0029	0.0015	65.0862	10.0472	-55.3347
4	4.6751	1.7187	1.8229	5.402	2.8114	9.6754	-0.032	0.0561	0.1467	-0.3046	0.1221	-0.138	0.1365	0.5864	-0.0901	-0.1655	0.0905	-0.0767	-0.0283	-0.0307	-0.2239	61.6563	0.9832	-85.3866
5	2.368	2.0087	1.1055	4.704	0.6836	4.0313	-0.0561	0.098	-0.0888	0.0082	-0.0062	0.3446	0.0302	0.0675	0.0623	-0.1508	0.0479	-0.0273	-0.0424	0.0065	0.0639	45.3555	-2.7843	-58.4357
6	0.0075	0.1953	-0.5766	0.7501	1.1454	3.6853	-0.0431	-0.0362	-0.0186	0.099	0.0925	-0.1012	-0.0502	-0.0619	-0.0494	-0.0923	0.101	-0.0726	0.1477	-0.0224	-0.1461	45.5626	-6.3789	-114.8751
7	3.482	0.5868	-1.5477	0.8176	-0.4517	-1.149	-0.0295	0.0311	0.0507	0.0021	0.0163	0.1483	0.0085	-0.1288	0.0131	-0.057	-0.1201	-0.0349	0.2234	0.0053	-0.2189	39.8209	-11.2406	-101.6665
8	1.3711	-0.6	-1.8911	2.1683	-2.7956	-1.2858	0.0325	0.0602	0.0942	0.1035	0.0734	0.2854	-0.0485	-0.1288	-0.1059	-0.2739	0.0814	-0.1135	0.0567	-0.0001	0.1827	35.4516	4.3624	-58.2472
9	1.3442	0.2063	-1.9884	0.0361	-0.872	-1.3442	-0.0311	-0.2338	-0.0321	-0.4215	-0.0795	0.2819	0.2872	-0.0573	0.1105	-0.0044	-0.1166	0.0334	0.0389	-0.1381	-0.0618	40.25	-9.8682	-68.9284
10	-0.2418	-0.5447	1.6356	0.1598	0.6983	2.4381	-0.0063	0.2299	0.1791	0.3775	-0.1337	-0.0127	0.0477	0.02	0.14	0.0312	0.0494	-0.1258	0.0076	-0.0308	-0.0017	51.2594	-11.4589	-106.013
11	4.4616	-0.9469	-1.9686	0.5117	1.7971	-0.1076	0.0221	0.209	-0.0625	-0.019	-0.028	-0.0628	-0.004	-0.0604	0.0059	-0.1738	0.035	-0.0057	0.0527	-0.0359	0.0317	54.3194	-6.6646	-144.9826
12	4.4545	0.092	0.3638	1.8257	-0.9606	4.5396	-0.0326	-0.2743	-0.2545	-0.4041	-0.068	-0.2689	0.3054	-0.0275	0.1006	-0.0992	-0.0391	0.0321	-0.1775	-0.0116	0.0455	-16.1118	-42.2117	-72.4129
13	0.6704	0.8229	-1.5372	3.467	-0.2915	2.8914	0.0147	0.2743	0.1137	-0.3573	0.1272	0.1827	0.3405	-0.2522	-0.1419	-0.161	0.0274	-0.0153	-0.0067	0.0449	-0.0586	-20.1293	-24.9395	-81.2055
14	1.8652	0.3317	-0.3442	3.0635	0.5217	2.3776	-0.1518	0.439	0.3472	-0.1849	0.3009	0.4116	-0.0637	-0.3	-0.1492	-0.2602	0.0478	0.0155	0.0082	0.1736	0.0388	-23.967	-10.9166	-84.4539
15	7.716	3.3987	0.131	3.0766	-1.1585	4.55	-0.073	0.364	0.1058	-0.1923	0.2057	0.0537	0.2691	-0.4445	-0.1327	-0.149	-0.0684	0.16	0.0931	0.0254	-0.2084	-0.2336	-4.5677	-105.1281
16	1.4457	0.4333	-2.004	0.2961	-0.8282	0.7755	-0.044	0.2141	-0.0102	-0.0424	0.0346	-0.0471	0.0165	0.0728	0.0095	-0.0582	0.0074	0.096	0.1478	-0.0215	-0.0601	3.1486	-1.001	-86.0791
17	2.2243	-0.2518	-1.4504	0.2742	-0.501	0.1448	-0.029	0.0798	0.1483	0.068	-0.0322	-0.1821	-0.0616	0.0613	0.0612	-0.1592	0.0739	-0.0327	0.1276	0.0222	-0.0265	43.3777	0.1867	-136.7397
18	-0.9968	1.5482	1.4159	0	-2.1978	2.705	0.0516	0.1435	0.3464	-0.0728	-0.281	0.0322	-0.2351	0.1843	0.2293	-0.107	0.1077	0.1343	0.0673	0.1674	0.0385	41.8747	6.6984	-144.4573
19	-0.3903	2.1589	1.6154	0	-0.0519	2.1569	-0.0204	-0.0768	-0.0728	0.0212	0.0312	-0.0257	-0.0001	0.0705	-0.0108	-0.0838	-0.0322	0.0339	0.2914	-0.1364	-0.1901	27.838	3.1054	-105.5722
20	1.5078	-0.6859	-2.4694	0	-0.119	3.9567	-0.0253	-0.0483	-0.012	0.0393	0.1278	-0.0283	-0.1351	0.2704	-0.1026	-0.135	-0.1224	0.0468	0.0854	-0.0495	0.0229	6.7169	0.3791	-81.6015
21	5.1086	-0.507	-0.8805	0.6281	0.3908	-1.0043	-0.035	0.4182	0.1599	-0.1478	-0.0808	0.2905	-0.0861	0.0689	0.1158	-0.2387	0.0656	-0.0594	0.2009	0.0185	-0.0739	36.6853	-3.2863	-144.3201

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	101 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	200 - 309
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	310 - 394
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	400 - 445
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	446 - 494
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	534 - 550
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	558 - 585
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	586 - 610
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	611 - 637
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	638 - 663
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	8 - 100
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	101 - 199
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	200 - 309
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	310 - 398
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	403 - 470
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	471 - 497
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	498 - 533
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	534 - 550
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	558 - 628
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	629 - 663

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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