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- PDB-4kfs: Structure of the genome packaging NTPase B204 from Sulfolobus tur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kfs
タイトルStructure of the genome packaging NTPase B204 from Sulfolobus turreted icosahedral virus 2 in complex with AMP
要素Genome packaging NTPase B204
キーワードHYDROLASE / FtsK-HerA superfamily / P-loop ATPase / genome packaging NTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / CITRATE ANION / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus turreted icosahedral virus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.946 Å
データ登録者Happonen, L.J. / Oksanen, E. / Kajander, T. / Goldman, A. / Butcher, S.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: The Structure of the NTPase That Powers DNA Packaging into Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus 2.
著者: Happonen, L.J. / Oksanen, E. / Liljeroos, L. / Goldman, A. / Kajander, T. / Butcher, S.J.
履歴
登録2013年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome packaging NTPase B204
B: Genome packaging NTPase B204
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7519
ポリマ－49,8162
非ポリマー9367
水2,306128
1
A: Genome packaging NTPase B204
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4164
ポリマ－24,9081
非ポリマー5093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Genome packaging NTPase B204
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3355
ポリマ－24,9081
非ポリマー4274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.600, 61.015, 70.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Genome packaging NTPase B204


分子量: 24907.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus turreted icosahedral virus 2 (ウイルス)
遺伝子: B204, STIV2_B204 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566/pTF16 / 参照: UniProt: D5IEZ9, 加水分解酵素

-
非ポリマー , 6種, 135分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride, 30% PEG4000, 5 mM AMP, protein in 50 mM sodium citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97372 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月25日
放射モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.946→46.294 Å / Num. all: 28042 / Num. obs: 28041 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.36 % / Biso Wilson estimate: 23.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 5.11
反射 シェル解像度: 1.946→2.06 Å / 冗長度: 3.96 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique all: 3131 / % possible all: 67.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KFR

4kfr


解像度: 1.946→46.294 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.87 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 1402 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.1991 28038 97.44 %-
all-28038 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.594 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.7056 Å20 Å22.0218 Å2
2--11.4151 Å20 Å2
3----6.7095 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.946→46.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3214 0 53 128 3395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1254589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2771190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.946-2.01560.28981100.2622097X-RAY DIFFRACTION77
2.0156-2.09630.26361420.2382691X-RAY DIFFRACTION100
2.0963-2.19170.31081430.21142717X-RAY DIFFRACTION100
2.1917-2.30720.2411420.20992691X-RAY DIFFRACTION100
2.3072-2.45180.26961440.19412741X-RAY DIFFRACTION100
2.4518-2.64110.28041420.20332707X-RAY DIFFRACTION100
2.6411-2.90680.25141440.21352726X-RAY DIFFRACTION100
2.9068-3.32730.26561450.19842748X-RAY DIFFRACTION100
3.3273-4.19160.20131440.17552729X-RAY DIFFRACTION100
4.1916-46.3070.19631460.18142789X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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