[日本語] English
万見
- PDB-4kev: Crystal structure of SsoPox W263L -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kev
タイトルCrystal structure of SsoPox W263L
要素Aryldialkylphosphatase
キーワードHYDROLASE / (beta/alpha)8-hydrolase / lactonase
機能・相同性
機能・相同性情報


aryldialkylphosphatase activity / aryldialkylphosphatase / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Aryldialkylphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Gotthard, G. / Hiblot, J. / Chabriere, E. / Elias, M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Differential Active Site Loop Conformations Mediate Promiscuous Activities in the Lactonase SsoPox.
著者: Hiblot, J. / Gotthard, G. / Elias, M. / Chabriere, E.
履歴
登録2013年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aryldialkylphosphatase
B: Aryldialkylphosphatase
C: Aryldialkylphosphatase
D: Aryldialkylphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,79912
ポリマ－142,3394
非ポリマー4598
水3,459192
1
A: Aryldialkylphosphatase
B: Aryldialkylphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3996
ポリマ－71,1702
非ポリマー2304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area23180 Å2
手法PISA
2
C: Aryldialkylphosphatase
D: Aryldialkylphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3996
ポリマ－71,1702
非ポリマー2304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area23560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.906, 105.075, 153.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Aryldialkylphosphatase / Paraoxonase / SsoPox / Phosphotriesterase-like lactonase


分子量: 35584.852 Da / 分子数: 4 / 変異: W263L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: php, php SSO2522, SSO2522 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-pLysS / 参照: UniProt: Q97VT7, aryldialkylphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl, 23-25% PEG8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→86.776 Å / Num. obs: 39816

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→46.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.2383 / WRfactor Rwork: 0.1908 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8058 / SU B: 31.704 / SU ML: 0.308 / SU R Cruickshank DPI: 0.2732 / SU Rfree: 0.3517 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.353 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2503 2000 5 %RANDOM
Rwork0.2028 ---
obs0.2053 39816 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 298.44 Å2 / Biso mean: 79.1204 Å2 / Biso min: 16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.3 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.95 Å20 Å2
3----5.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10028 0 8 192 10228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0010.01910287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.4241.96913863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.03951258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.26924.395471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.129151869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.2061561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0310.21563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.0217671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5984.5415032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.2466.8036287
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4694.7225255
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.721 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 139 -
Rwork0.322 2605 -
all-2744 -
obs--94.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2924-0.1319-0.48021.68550.60576.88950.13090.1032-0.1203-0.09770.0094-0.2176-0.8305-0.267-0.14030.12290.0322-0.03390.16950.03670.2117-22.993411.2651-17.4217
20.37220.2269-0.75890.9718-0.81869.73780.0739-0.118-0.1550.249-0.1226-0.0603-1.72850.20010.04870.3475-0.04330.01170.09620.02890.1534-22.97216.89821.5234
30.7425-1.04861.44344.0172-0.45437.16380.00390.11150.12460.4846-0.3677-0.16810.45210.06050.36390.172-0.01670.03150.06170.05310.1534-23.082841.0391-49.4195
40.5458-0.4629-1.00992.70571.61154.8251-0.1804-0.17420.1387-0.35530.2668-0.34770.48580.4058-0.08640.53930.20790.04350.1553-0.02210.1886-16.623835.9529-88.4075
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 314
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 314
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 314
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 314

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る