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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kdz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tRNA/rRNA methyltransferase YibK from Escherichia coli (Target NYSGRC-012599) | ||||||
要素 | tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / SpoU methyltransferase / S-adenosyl-l-methionine (S-アデノシルメチオニン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase / tRNA methyltransferase activity / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / RNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of tRNA/rRNA methyltransferase YibK from Escherichia coli (Target NYSGRC-012599) 著者: Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kdz.cif.gz | 44.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kdz.ent.gz | 31.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kdz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/4kdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/4kdz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3n4jS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17747.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: UTI89 / 遺伝子: b3606, JW3581, trmL, UTI89_C4147, yibK / プラスミド: LIC pET46a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q1R4Y9, tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.03 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES (pH7.5) 1.4M sodium citrate tribasic dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日 |
放射 | モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→50 Å / Num. all: 14445 / Num. obs: 14428 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.36 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3N4J 解像度: 2.32→42.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.993 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.503 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→42.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.319→2.379 Å / Total num. of bins used: 20
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