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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kd3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS L25A/V66A/I92A at cryogenic temperature | ||||||
![]() | Thermonuclease | ||||||
![]() | HYDROLASE / Staphylococcal nuclease / hyperstable variant / pdtp / cavity / pressure | ||||||
機能・相同性 | ![]() endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Caro, J.A. / Schlessman, J.L. / Heroux, A. / Garcia-Moreno E., B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Pressure effects in proteins 著者: Caro, J.A. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno E., B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 803.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 804.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3v2tC ![]() 4df7C ![]() 4dfaC ![]() 4dgzC ![]() 4du9C ![]() 4f7xC ![]() 4f8mC ![]() 4k5wC ![]() 4kd4C ![]() 4nklC ![]() 4np5C ![]() 4odgC ![]() 4qf4C ![]() 3bdcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16031.248 Da / 分子数: 1 / 断片: Nuclease A (UNP residues 83-231) 変異: L25A,G50F,V51N,V66A,I92A,P117G,H124L,S128A,del(44-49) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: nuc / プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-THP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% MPD, 25 mM potassium phosphate, calcium chloride, pdTp, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月25日 詳細: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes verti cally-focusing at 6.6:1 demagnification | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si(111) with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 14281 / Num. obs: 14281 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 1.542 / Net I/σ(I): 21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3BDC 解像度: 1.75→38.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.2482 / WRfactor Rwork: 0.2034 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8355 / SU B: 2.538 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.1201 / SU Rfree: 0.1167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.09 Å2 / Biso mean: 28.9653 Å2 / Biso min: 15.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→38.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.792 Å / Total num. of bins used: 20
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