PDB-4kcx: BRDT in complex with Dinaciclib

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kcx

タイトル

BRDT in complex with Dinaciclib

要素

Bromodomain testis-specific protein

キーワード

Cell Cycle/Inhibitor / BRDT / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN TESTIS SPECIFIC / Cell Cycle-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / localization / histone reader activity / RNA splicing / lysine-acetylated histone binding / mRNA processing / histone binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Martin, M.P. / Schonbrunn, E.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Cyclin-dependent kinase inhibitor dinaciclib interacts with the acetyl-lysine recognition site of bromodomains.
著者: Martin, M.P. / Olesen, S.H. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E.

履歴

登録	2013年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kcx.cif.gz	108.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kcx.ent.gz	84.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kcx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kcx_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kcx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4kcx_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	4kcx_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/4kcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/4kcx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kd1C 4flpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1u87-d 2g0j-2 6ji6-d 3gx0-d 6atp-2 6lqx-2 5g5e-d 2wrt-6 3pht-d 1m99-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain testis-specific protein

B: Bromodomain testis-specific protein

ヘテロ分子

28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.720, 29.950, 71.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.12, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Chain A and B form homodimer

#1: タンパク質	Bromodomain testis-specific protein / Cancer/testis antigen 9 / CT9 / RING3-like protein 分子量: 13948.153 Da / 分子数: 2 / 断片: First Bromodomain, UNP residues 21-137 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q58F21
#2: 化合物	ChemComp-1QK / 3-[({3-ethyl-5-[(2S)-2-(2-hydroxyethyl)piperidin-1-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl}amino)methyl]-1-hydroxypyridinium / DINACICLIB 分子量: 397.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25mM HEPES PH 7.5, 0.1M NaCl, 1mM DTT 0.1M KSCN, 7% PEG3350, 5% ETGLY, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. obs: 18535 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.127 / R_sym value: 0.127 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.624 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2488 / R_sym value: 0.624 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FLP

4flp

解像度: 2→19.811 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 30.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	927	5 %	RANDOM
R_work	0.2092	-	-	-
obs	0.2114	18535	97.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.556 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	15.6694 Å²	-0 Å²	-0.368 Å²
2-	-	-12.236 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.4334 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.811 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1774	0	59	137	1970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1889
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.189	2555
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.019	741
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	314

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.1053	0.3673	130	0.314	2478	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1053-2.2371	0.2853	132	0.2578	2500	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2371-2.4095	0.3035	133	0.2301	2523	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4095-2.6515	0.2859	133	0.223	2533	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6515-3.034	0.2735	133	0.215	2525	X-RAY DIFFRACTION	98
3.034-3.818	0.2385	131	0.1834	2494	X-RAY DIFFRACTION	96
3.818-19.8123	0.2042	135	0.1801	2555	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8259	4.0396	-1.4911	4.4417	-2.1393	3.6872	-0.1206	0.1072	0.4528	-0.36	0.1487	1.6767	-0.2868	-0.7237	-0.0177	0.3932	0.0278	-0.1248	0.243	-0.0686	0.6705	11.7026	-24.9887	2.5745
2	3.3581	-2.8513	-0.8799	5.1522	1.151	0.8588	0.0162	0.2274	0.1419	-0.2603	-0.1211	-0.0377	-0.1394	-0.0561	0.0239	0.5618	-0.0016	-0.0536	0.1043	0.0218	0.1373	32.8827	-28.9907	0.627
3	6.1663	-0.5343	-0.7544	2.5572	-0.2159	3.0506	0.1232	-0.143	-0.3879	-0.0256	0.0064	0.1633	0.1772	-0.0393	-0.0566	0.0618	0.0752	-0.1301	0.1471	0.0065	0.1944	28.9362	-36.2523	6.8546
4	3.6309	1.9665	0.9248	1.5084	1.5262	2.6103	-0.4449	0.5812	-0.4842	-1.0252	0.301	0.8018	0.4821	-0.5371	0.1231	0.52	-0.0472	-0.1935	0.2765	-0.0388	0.5532	12.9135	-36.2043	-0.5664
5	8.3134	2.605	3.5871	5.7493	1.4409	4.0029	0.0565	0.0022	-0.0545	-0.3932	-0.2545	0.7797	0.1292	-0.3522	0.2366	0.3824	-0.0149	-0.0088	0.1537	-0.0571	0.1497	19.5772	-32.686	10.7093
6	1.1435	-1.1584	-2.2861	1.1735	2.3155	4.5689	-0.0304	-0.2029	0.1635	0.0416	0.3931	-0.2491	-0.2482	1.0442	-0.366	0.5987	-0.0467	-0.0352	0.2698	-0.044	0.1325	32.0026	-22.9334	15.6904
7	4.4408	2.2966	-1.56	4.7644	-0.9579	3.9963	0.3834	0.1865	0.6155	0.0765	-0.1382	1.273	-0.5758	-0.5057	-0.1635	0.4851	0.1353	-0.0457	0.2065	-0.0361	0.4507	14.8342	-22.8558	11.893
8	6.4968	-5.5017	3.1056	5.4221	-2.7683	2.7866	-0.0332	-0.3479	-0.5612	0.622	0.0564	1.4982	0.128	-0.4786	-0.2063	0.7538	-0.0235	0.1333	0.2497	-0.0647	0.5486	9.6736	-34.1244	30.1931
9	5.4922	-0.5309	1.2556	3.5797	0.263	1.7107	-0.024	-0.1736	0.0863	0.2735	-0.0411	0.4106	-0.1485	-0.1928	0.065	0.5975	-0.013	0.1106	0.1166	-0.0299	0.1385	21.4265	-25.1559	32.538
10	2.3498	-1.9568	-1.4586	3.0498	0.0302	2.5275	0.0182	-0.0217	0.1911	0.3784	-0.1192	0.5429	-0.0987	-0.3091	0.1007	0.5582	0.0088	0.057	0.2158	-0.0618	0.2656	18.5994	-26.4199	23.1814
11	0.4206	0.1472	1.4783	0.0515	0.5171	5.1935	0.0061	-0.011	-0.0381	-0.1265	-0.1751	-0.0732	0.0193	0.8872	0.1658	0.7648	0.0336	0.0152	0.2321	0.0067	0.1627	31.7218	-36.12	20.072
12	4.0737	-5.0301	3.1514	7.5	-2.1697	4.7329	0.3314	-0.1894	-1.0029	-0.044	-0.1001	1.2094	0.4587	-0.4475	-0.2741	0.5471	-0.0939	0.0144	0.1734	-0.0545	0.312	13.93	-36.365	21.2449

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 29:52)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 53:65)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 66:75)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 76:90)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 91:108)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 109:113)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 114:134)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 29:52)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 53:90)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 91:108)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 109:113)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 114:134)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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