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万見
- PDB-4kb4: Crystal structure of ribosome recycling factor mutant R31A from M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kb4
タイトルCrystal structure of ribosome recycling factor mutant R31A from Mycobacterium tuberculosis
要素Ribosome-recycling factor
キーワードTRANSLATION / Ribosome recycling / post-termination complex / Elongation factor G / Bacterial cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


translation termination factor activity / cytoplasmic translational termination / ribosomal large subunit binding / translational termination / peptidoglycan-based cell wall / translation / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome-recycling factor / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Gyrase A; domain 2 - #40 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...Ribosome-recycling factor / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Gyrase A; domain 2 - #40 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribosome-recycling factor / Ribosome-recycling factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Selvaraj, M. / Govindan, A. / Seshadri, A. / Dubey, B. / Varshney, U. / Vijayan, M.
引用ジャーナル: J.Biosci. / 年: 2013
タイトル: Molecular flexibility of Mycobacterium tuberculosis ribosome recycling factor and its functional consequences: an exploration involving mutants.
著者: Selvaraj, M. / Govindan, A. / Seshadri, A. / Dubey, B. / Varshney, U. / Vijayan, M.
履歴
登録2013年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome-recycling factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0003
ポリマ－20,7761
非ポリマー2252
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.200, 40.450, 68.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ribosome-recycling factor / RRF / Ribosome-releasing factor


分子量: 20775.547 Da / 分子数: 1 / 変異: R31A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: frr, MT2949, MTCY274.13c, Rv2882c / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P66734, UniProt: P9WGY1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: under oil in microbatch plates / pH: 7.8
詳細: 6% Polyethylene glycol 4000, 20mM Tris-HCl, 0.6mM cadmium acetate, 5% polyethylene glycol 400, pH 7.8, Under oil in microbatch plates, temperature 298KK

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.514 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→60.3 Å / Num. obs: 11114 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Mean I/σ(I) obs: 12.5 / Num. unique all: 11114 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WQG

1wqg


解像度: 2.25→46.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 11.282 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26385 531 4.8 %RANDOM
Rwork0.21574 ---
obs0.21812 10582 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.503 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0 Å2-0.33 Å2
2---1.6 Å20 Å2
3---1.18 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.228 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1430 0 2 84 1516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191445
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6971.9731948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95433312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6555183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.1824.28670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.7915273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6221515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02302
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 31 -
Rwork0.258 752 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
115.38491.418-16.77223.0752-3.06123.32210.0901-0.03440.14930.02480.02260.0592-0.3862-0.2694-0.11270.1004-0.0036-0.00910.0283-0.0110.055316.5664-9.15497.6014
27.2705-5.15930.76918.1242-1.92196.2649-0.7791-1.4070.09441.32680.8496-0.8305-0.06810.5314-0.07050.36280.157-0.09190.6198-0.06230.1851-8.3635-5.690519.2679
37.43460.5268-9.20481.7745-1.622318.3772-0.3211-0.0135-0.2438-0.01820.03270.2010.5655-0.72750.28830.1412-0.01550.04090.0847-0.01580.079214.0434-18.94757.972
49.2466-1.0058-10.3462.61960.559217.9880.0619-0.49540.17370.05370.1033-0.1094-0.04850.2326-0.16520.0623-0.0059-0.01590.07230.00170.019322.9838-15.901211.1686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3A103 - 148
4X-RAY DIFFRACTION4A149 - 185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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