PDB-4kas: Crystal structure of FDTS from T. maritima mutant (H53D) with FAD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kas

タイトル

Crystal structure of FDTS from T. maritima mutant (H53D) with FAD and dUMP

要素

Thymidylate synthase ThyX

キーワード

TRANSFERASE / thyX / FDTS / FAD / dUMP / Novel FDTS fold / Convertion of dUMP to dTMP using Tetrahydrofolate / and NAD(P)Hc

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Mathews, I.I.

引用

ジャーナル: J Bioterror Biodef / 年: 2013
タイトル: Flavin-Dependent Thymidylate Synthase as a Drug Target for Deadly Microbes: Mutational Study and a Strategy for Inhibitor Design.
著者: Mathews, I.I.

履歴

登録	2013年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kas.cif.gz	382.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kas.ent.gz	314.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kas.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kas_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kas_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	4kas_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	4kas_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/4kas ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/4kas	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4karC 4katC 1o26S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gte-d 1o2b-d 1o25-d 1o2a-d 5ios-d 4gtd-d 1o28-d 1o27-d 4gtc-d 5ioq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase ThyX

B: Thymidylate synthase ThyX

C: Thymidylate synthase ThyX

D: Thymidylate synthase ThyX

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.370, 116.670, 141.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Thymidylate synthase ThyX / TS / TSase 分子量: 27480.621 Da / 分子数: 4 / 断片: TM0449 (unp residues 1-220) / 変異: H53D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: thy1, thyX, tm0449, TM_0449 / プラスミド: pMH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYT0, thymidylate synthase (FAD)

#1: タンパク質

Thymidylate synthase ThyX / TS / TSase

分子量: 27480.621 Da / 分子数: 4 / 断片: TM0449 (unp residues 1-220) / 変異: H53D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: thy1, thyX, tm0449, TM_0449 / プラスミド: pMH1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYT0, thymidylate synthase (FAD)

-
非ポリマー , 7種, 315分子

#2: 化合物	ChemComp-DU / 2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / dUMP タイプ: DNA linking / 分子量: 308.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.71 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50 - 60% PEG200, 0.1Tris.HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→38.3 Å / Num. all: 72637 / Num. obs: 72637 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 28.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique all: 3589 / % possible all: 62.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
REFMAC		精密化
XDS	package	データ削減
XDS	package	データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB code: 1O26

1o26

解像度: 1.85→38.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.829 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21139	3632	5 %	RANDOM
R_work	0.16982	-	-	-
obs	0.17186	69005	93.38 %	-
all	-	72637	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.919 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7232	0	195	305	7732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	7825
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7362
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.756	1.977	10619
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.89	3	16896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.102	5	885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.871	22.481	395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.439	15	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.45	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	8576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.849→1.897 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	179	-
R_work	0.259	3403	-
obs	-	-	62.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5018	-0.0134	0.0993	0.564	0.1438	2.1188	0.011	-0.0149	0.0492	-0.0268	0.0078	0.0248	-0.126	-0.2543	-0.0188	0.012	0.007	-0.0107	0.0544	0.0146	0.0862	27.9613	60.5671	122.9683
2	0.6944	0.2418	0.017	1.2165	0.5055	1.1115	0.0179	0.0329	-0.0035	-0.1899	0.0601	-0.2368	-0.076	0.1327	-0.078	0.0362	-0.0155	0.0406	0.0771	0.0167	0.1103	44.3463	44.9596	97.3243
3	0.3501	0.0115	-0.2918	0.5739	0.0574	1.3647	-0.0064	0.0284	-0.0754	-0.0691	0.0081	0.008	0.1002	-0.1114	-0.0018	0.019	-0.0177	-0.0051	0.068	-0.0043	0.1389	25.4406	28.009	105.805
4	0.3005	-0.0888	-0.0858	1.0802	0.6906	1.1937	0.0032	-0.0566	-0.0599	0.1687	0.0796	-0.1418	0.1223	0.1315	-0.0829	0.028	0.0073	-0.0304	0.1032	0.0156	0.127	40.558	40.0315	133.5184

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 215
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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