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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kag | ||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of a single amino acid deletion mutation in EGFP | ||||||
要素 | Green fluorescent protein | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / beta barrel / chromophore cyclisation / single amino acid deletion mutation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å | ||||||
データ登録者 | Arpino, J.A.J. / Rizkallah, P.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014 タイトル: Structural and dynamic changes associated with beneficial engineered single-amino-acid deletion mutations in enhanced green fluorescent protein. 著者: Arpino, J.A. / Rizkallah, P.J. / Jones, D.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kag.cif.gz | 119.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kag.ent.gz | 92.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kag.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4kag_validation.pdf.gz | 489.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4kag_full_validation.pdf.gz | 504 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4kag_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4kag_validation.cif.gz | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/4kag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/4kag | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26841.355 Da / 分子数: 1 / 変異: F64L, S65T, D190delta / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: pNOM-XP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P42212 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Na cacodylate, 0.2 M NaCl, 1M Na citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.12→39.94 Å / Num. obs: 91397 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 9.1 % |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry 4EUL 解像度: 1.12→39.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU R Cruickshank DPI: 0.0292 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.12→39.94 Å
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拘束条件 |
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