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- PDB-4ka8: Structure of Organellar OligoPeptidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ka8
タイトルStructure of Organellar OligoPeptidase
要素Oligopeptidase A
キーワードHYDROLASE / Protease / Mitochondria / chloroplast
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptidase A / plastid / chloroplast stroma / chloroplast / metalloendopeptidase activity / mitochondrial matrix / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Oligopeptidase A, N-terminal domain / Neurolysin/Thimet oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidyl-dipeptidase DCP / Neurolysin; domain 3 - #40 / Peptidase M3A/M3B catalytic domain / Peptidase M3A/M3B / Peptidase family M3 / Neurolysin; domain 3 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Organellar oligopeptidase A, chloroplastic/mitochondrial / Organellar oligopeptidase A, chloroplastic/mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Berntsson, R.P.-A. / Kmiec, B. / Teixeira, P.F. / Svensson, L.M. / Bakali, A. / Glaser, E. / Stenmark, P.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2013
タイトル: Organellar oligopeptidase (OOP) provides a complementary pathway for targeting peptide degradation in mitochondria and chloroplasts.
著者: Kmiec, B. / Teixeira, P.F. / Berntsson, R.P. / Murcha, M.W. / Branca, R.M. / Radomiljac, J.D. / Regberg, J. / Svensson, L.M. / Bakali, A. / Langel, U. / Lehtio, J. / Whelan, J. / Stenmark, P. / Glaser, E.
履歴
登録2013年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligopeptidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7628
ポリマ－80,2701
非ポリマー4927
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.817, 101.339, 132.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Oligopeptidase A


分子量: 80269.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LSL3, UniProt: Q94AM1*PLUS

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非ポリマー , 5種, 383分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.17 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 5000 MME, 0.1M Bis-Tris-Propane, 0.2M Na-malonate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.806→80.586 Å / Num. all: 76412 / Num. obs: 76412 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-23.10.5280.4351.234244109430.2930.5280.4352.298.6
2-2.123.40.2710.2282.635774104970.1440.2710.2284.199.6
2.12-2.273.40.1870.1551.43354498470.1020.1870.1556.199.5
2.27-2.453.30.1110.0937.83072492110.0590.1110.0938.599.4
2.45-2.693.30.0820.0699.62743284370.0440.0820.06911.398.9
2.69-33.50.0540.04615.22689477390.0280.0540.04616.499.7
3-3.473.40.0430.03717.12283068140.0230.0430.03722.299.4
3.47-4.253.20.0350.02919.61880358080.0180.0350.02927.899
4.25-6.013.40.0270.02324.81533045510.0140.0270.02330.599.3
6.01-47.3463.20.0270.02216.9815125650.0140.0270.02230.697.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.91 Å47.35 Å
Translation7.91 Å47.35 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→47.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.217 / WRfactor Rwork: 0.1888 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8326 / SU B: 6.403 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.1313 / SU Rfree: 0.1221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 3811 5 %RANDOM
Rwork0.1914 ---
obs0.1927 76325 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110.25 Å2 / Biso mean: 36.6982 Å2 / Biso min: 18.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.29 Å20 Å2
3----2.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5536 0 27 376 5939
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195806
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3661.9687874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.803312730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5845720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.78224.109275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.396151013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1571540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021309
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 275 -
Rwork0.317 5271 -
all-5546 -
obs--98.68 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.2777 Å / Origin y: 6.7079 Å / Origin z: 147.26 Å
111213212223313233
T0.0704 Å2-0.0079 Å20.0091 Å2-0.0071 Å20.0029 Å2--0.0865 Å2
L0.256 °20.0434 °2-0.0681 °2-0.129 °2-0.0921 °2--0.4607 °2
S-0.0412 Å °-0.0148 Å °-0.0325 Å °-0.0009 Å °0.0098 Å °-0.0041 Å °0.0405 Å °-0.0433 Å °0.0314 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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