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- PDB-4ka3: Structure of MAP kinase in complex with a docking peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ka3
タイトルStructure of MAP kinase in complex with a docking peptide
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 14
  • TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
キーワードTRANSFERASE/PROTEIN BINDING / kinase domain / phosphorylation / KIM / TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac septum development / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway ...cardiac septum development / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / VEGFA-VEGFR2 Pathway / coronary vasculature development / non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / aorta development / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / D-glucose import / p38MAPK cascade / response to dietary excess / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / protein serine/threonine phosphatase activity / response to muramyl dipeptide / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / heart morphogenesis / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-12 production / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / lung development / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / protein serine/threonine kinase activator activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / stem cell differentiation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / FCERI mediated NF-kB activation / response to insulin / bone development / Interleukin-1 signaling / cellular response to virus / positive regulation of protein import into nucleus / glucose metabolic process / cell morphogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / spindle pole / osteoblast differentiation / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / protein phosphatase binding / response to lipopolysaccharide / molecular adaptor activity / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / endosome membrane / Ub-specific processing proteases
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. ...Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase 14 / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.707 Å
データ登録者Xin, F.J. / Wu, J.W.
引用ジャーナル: Sci China Life Sci / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the p38 alpha MAP kinase in complex with a docking peptide from TAB1
著者: Xin, F.J. / Wu, J.W.
履歴
登録2013年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
B: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5072
ポリマ－44,5072
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.148, 82.148, 122.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 41338.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1


分子量: 3168.479 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 395-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAB1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15750
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.86
詳細: 100mM Hepes, 22% polyacrylic acid 5100, pH 7.86, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979413 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月28日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979413 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.707→50 Å / Num. all: 13030 / Num. obs: 13001 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 61.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.71→2.76 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 662 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LEZ

1lez


解像度: 2.707→26.827 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.79 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2673 648 4.98 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.225 13030 --
obs0.227 13001 96.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.625 Å2 / ksol: 0.313 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 121.07 Å2 / Biso mean: 70.358 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7664 Å20 Å2-0 Å2
2--1.7664 Å20 Å2
3----2.0909 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.707→26.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2799 0 0 8 2807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012863
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2413886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5631063
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.707-2.91570.38251360.333325072643100
2.9157-3.20870.35751450.303125212666100
3.2087-3.6720.30781310.26422245237689
3.672-4.62250.21471130.19832455256895
4.6225-26.8280.23061230.18712625274897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.46040.9574-0.97393.676-0.82562.09550.1936-0.33780.20490.55740.09230.6759-0.3682-0.0331-0.29010.5417-0.0534-0.00560.35640.0260.387317.5047-21.8959-9.2469
23.8035-4.4423.24547.6343-6.37075.4798-0.1767-0.50950.3414-0.04330.32270.0918-0.0313-0.6596-0.33320.507-0.05720.03650.60790.00930.451727.7439-34.5973.5633
34.49931.31721.70383.05370.90762.7276-0.1199-0.20010.5209-0.13030.0439-0.2023-0.06750.16450.0320.41610.07390.03530.4409-0.05580.467846.6383-27.96050.1397
43.497-2.70021.65973.7224-1.61423.42220.14630.1153-0.1263-0.39730.0724-0.06570.30920.3453-0.17710.4348-0.03050.03840.4042-0.05290.332637.7626-30.3533-13.2165
56.95873.14711.24323.8373-3.01715.5694-0.06050.0821-1.6961-0.1777-0.72960.91410.5324-0.84930.45570.5446-0.08990.07450.6198-0.01010.574727.0308-43.99386.6921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 4:102)A4 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 103:123)A103 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 124:278)A124 - 278
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 279:354)A279 - 354
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 406:413)B406 - 413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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