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万見
- PDB-4k9w: Complex of human CYP3A4 with a desoxyritonavir analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k9w
タイトルComplex of human CYP3A4 with a desoxyritonavir analog
要素Cytochrome P450 3A4
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / cytochrome P450 3A4 / alpha-beta protein / cytochrome P450 fold / monooxygenase / cytochrome P450 reductase / endoplasmic reticulum / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / aflatoxin metabolic process / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / estrogen 2-hydroxylase activity / steroid catabolic process / oxidative demethylation / vitamin D metabolic process / Atorvastatin ADME / steroid hydroxylase activity / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / estrogen metabolic process / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / unspecific monooxygenase / long-chain fatty acid biosynthetic process / Prednisone ADME / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / xenobiotic catabolic process / cholesterol metabolic process / steroid binding / xenobiotic metabolic process / lipid metabolic process / monooxygenase activity / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7AW / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 3A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.399 Å
データ登録者Sevrioukova, I.F. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Dissecting Cytochrome P450 3A4-Ligand Interactions Using Ritonavir Analogues.
著者: Sevrioukova, I.F. / Poulos, T.L.
履歴
登録2013年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32014年10月29日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 3A4
B: Cytochrome P450 3A4
C: Cytochrome P450 3A4
D: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,12512
ポリマ－223,0314
非ポリマー5,0948
水39622
1
A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0313
ポリマ－55,7581
非ポリマー1,2732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0313
ポリマ－55,7581
非ポリマー1,2732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0313
ポリマ－55,7581
非ポリマー1,2732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0313
ポリマ－55,7581
非ポリマー1,2732
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.020, 94.020, 199.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細Monomeric assembly confirmed by gel filtration (Reference: Sevrioukova I.F. and Poulos T.L., PNAS 2010, 107, 18422-18427)

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 3A4 / 1 / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase / Albendazole sulfoxidase / CYPIIIA3 ...1 / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase / Albendazole sulfoxidase / CYPIIIA3 / CYPIIIA4 / Cytochrome P450 3A3 / Cytochrome P450 HLp / Cytochrome P450 NF-25 / Cytochrome P450-PCN1 / Nifedipine oxidase / Quinine 3-monooxygenase / Taurochenodeoxycholate 6-alpha-hydroxylase


分子量: 55757.812 Da / 分子数: 4 / 変異: 3-22 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: human / 遺伝子: CYP3A3, CYP3A4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P08684, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P08684, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む, EC: 1.14.13.157, EC: 1.14.13.32, EC: 1.14.13.67, EC: 1.14.13.97
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-7AW / N~2~-(methyl{[2-(propan-2-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}carbamoyl)-N-[(2R,5S)-1-phenyl-5-{[(1,3-thiazol-5-ylmethoxy)carbonyl]amino}octan-2-yl]-L-valinamide


分子量: 656.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H48N6O4S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch uinder oil / pH: 5.9
詳細: PEG 3350, sodium malonate, pH 5.9, microbatch uinder oil, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.65
11K, H, -L20.35
反射解像度: 2.399→51.5 Å / Num. all: 77051 / Num. obs: 73892 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.399→2.53 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NXU

3nxu


解像度: 2.399→47.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 13.651 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19815 3687 5 %RANDOM
Rwork0.16387 ---
obs0.16561 70173 95.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.429 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å20 Å20 Å2
2---1.92 Å20 Å2
3---3.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.399→47.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14741 0 352 22 15115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0215492
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8362.01621010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5551821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.61323.863642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.041152759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.331588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.399→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 236 -
Rwork0.197 4803 -
obs--88.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59850.04140.17822.0434-0.1811.2857-0.03080.1319-0.073-0.1866-0.00960.14620.0864-0.10030.04050.09960.01470.01340.0898-0.03440.036241.4061-26.654321.1085
20.95820.52510.27592.4312-0.4110.85470.10060.03080.02830.1415-0.0843-0.03090.05110.0785-0.01630.08510.07320.02510.11180.04080.02277.0239-48.658630.1542
31.63280.01110.02692.15050.27921.00840.1431-0.1094-0.06150.0459-0.0306-0.11290.04540.0759-0.11250.1295-0.046-0.07690.07460.03010.057567.5096-65.3194-17.0011
41.3486-0.69980.07932.3147-0.5191.0493-0.1645-0.07570.14370.3776-0.039-0.1406-0.1629-0.04570.20350.2421-0.0785-0.10010.0958-0.00090.073431.6159-86.7286-9.2419
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 496
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 602
3X-RAY DIFFRACTION2B29 - 496
4X-RAY DIFFRACTION2B601 - 602
5X-RAY DIFFRACTION3C29 - 496
6X-RAY DIFFRACTION3C601 - 602
7X-RAY DIFFRACTION4D29 - 496
8X-RAY DIFFRACTION4D601 - 602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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