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- PDB-4k7j: Peptidoglycan O-acetylesterase in action, 5 min -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k7j
タイトルPeptidoglycan O-acetylesterase in action, 5 min
要素GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein
キーワードHYDROLASE / alpha/Beta fold / peptidoglycan hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Jelly Rolls - #1360 / SGNH hydrolase / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.968 Å
データ登録者Williams, A.H. / Gomperts Boneca, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Visualization of a substrate-induced productive conformation of the catalytic triad of the Neisseria meningitidis peptidoglycan O-acetylesterase reveals mechanistic conservation in SGNH ...タイトル: Visualization of a substrate-induced productive conformation of the catalytic triad of the Neisseria meningitidis peptidoglycan O-acetylesterase reveals mechanistic conservation in SGNH esterase family members.
著者: Williams, A.H. / Veyrier, F.J. / Bonis, M. / Michaud, Y. / Raynal, B. / Taha, M.K. / White, S.W. / Haouz, A. / Boneca, I.G.
履歴
登録2013年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein
B: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6538
ポリマ－81,5822
非ポリマー1,0716
水8,287460
1
A: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3264
ポリマ－40,7911
非ポリマー5363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3264
ポリマ－40,7911
非ポリマー5363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.137, 79.982, 122.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein


分子量: 40790.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: Neisseria meningitidis, NM4119_1198 / プラスミド: PGEX-4TI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: L5SU74
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.61 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Hepes pH 7.5 10-40% Peg 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.968→48.641 Å / Num. all: 49265 / % possible obs: 99.34 % / Observed criterion σ(F): 1.96 / Observed criterion σ(I): 1.96
反射 シェル解像度: 1.968→2.039 Å / % possible all: 99.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.968→48.641 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2247 4958 10.07 %RANDOM
Rwork0.1665 ---
all0.1665 49265 --
obs0.1722 49259 99.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.968→48.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5314 0 67 460 5841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1437519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3592014
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078811
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004974
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9683-1.99070.32611390.2581364X-RAY DIFFRACTION94
1.9907-2.01410.33491860.24871472X-RAY DIFFRACTION100
2.0141-2.03870.27551540.23141442X-RAY DIFFRACTION100
2.0387-2.06450.2661760.21761452X-RAY DIFFRACTION99
2.0645-2.09170.30031800.21771444X-RAY DIFFRACTION100
2.0917-2.12030.26891700.20361453X-RAY DIFFRACTION100
2.1203-2.15060.28531690.20021443X-RAY DIFFRACTION100
2.1506-2.18270.25921580.19181475X-RAY DIFFRACTION100
2.1827-2.21680.26771780.18851468X-RAY DIFFRACTION100
2.2168-2.25320.27141630.18021450X-RAY DIFFRACTION99
2.2532-2.2920.26611690.17881444X-RAY DIFFRACTION99
2.292-2.33370.24961770.18681458X-RAY DIFFRACTION100
2.3337-2.37860.27261570.18241469X-RAY DIFFRACTION100
2.3786-2.42710.25811640.17761510X-RAY DIFFRACTION100
2.4271-2.47990.25481680.16781437X-RAY DIFFRACTION100
2.4799-2.53760.25731670.17941479X-RAY DIFFRACTION100
2.5376-2.6010.23771610.16431476X-RAY DIFFRACTION100
2.601-2.67140.23651510.16471493X-RAY DIFFRACTION100
2.6714-2.750.25271710.16551456X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.83870.24631550.16411482X-RAY DIFFRACTION99
2.8387-2.94020.1971650.17051487X-RAY DIFFRACTION100
2.9402-3.05790.20731600.16631495X-RAY DIFFRACTION99
3.0579-3.1970.21191630.16011482X-RAY DIFFRACTION99
3.197-3.36550.21481500.16291498X-RAY DIFFRACTION100
3.3655-3.57630.22771470.15041511X-RAY DIFFRACTION100
3.5763-3.85230.18971580.14641489X-RAY DIFFRACTION98
3.8523-4.23980.19211660.13981507X-RAY DIFFRACTION100
4.2398-4.85280.1791620.13671526X-RAY DIFFRACTION100
4.8528-6.11220.18531790.15451532X-RAY DIFFRACTION99
6.1122-48.65560.19871950.1671607X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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