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- PDB-4k5s: The crystal structure of premithramycin B in complex with MTMOIV,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k5s
タイトルThe crystal structure of premithramycin B in complex with MTMOIV, a baeyer-villiger monooxygenase from the mithramycin biosynthetic pathway in streptomyces argillaceus.
要素Oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXYGENASE / MITHRAMYCIN / BAEYER-VILLIGER / FLAVIN BINDING PROTEIN / ROSSMANN FOLD / FAD BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2450 / Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin ...Alpha-Beta Plaits - #2450 / Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / premithramycin B / Oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces argillaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Noinaj, N. / Bosserman, M.A. / Rohr, J. / Buchanan, S.K.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Molecular Insight into Substrate Recognition and Catalysis of Baeyer-Villiger Monooxygenase MtmOIV, the Key Frame-Modifying Enzyme in the Biosynthesis of Anticancer Agent Mithramycin.
著者: Bosserman, M.A. / Downey, T. / Noinaj, N. / Buchanan, S.K. / Rohr, J.
履歴
登録2013年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1883
ポリマ－57,3101
非ポリマー1,8792
水9,152508
1
A: Oxygenase
ヘテロ分子

A: Oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,3776
ポリマ－114,6192
非ポリマー3,7574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area38190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.715, 79.748, 154.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-895-

HOH

21A-919-

HOH

31A-1006-

HOH

41A-1109-

HOH

51A-1201-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Oxygenase


分子量: 57309.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces argillaceus (バクテリア)
遺伝子: mtmOIV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q194P4
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PM0 / premithramycin B / (1S,4aS,12aS)-3-acetyl-9-{[2,6-dideoxy-3-O-(2,6-dideoxy-beta-D-arabino-hexopyranosyl)-beta-D-arabino-hexopyranosyl]oxy} -2,6,7-trihydroxy-1-methoxy-8-methyl-4,5-dioxo-1,5,12,12a-tetrahydrotetracen-4a(4H)-yl 2,6-dideoxy-3-C-methyl-beta-D-ribo-hexopyranosyl-(1->3)-2,6-dideoxy-beta-D-lyxo-hexopyranosyl-(1->3)-2,6-dideoxy-beta-D- arabino-hexopyranoside / プレミトラマイシンB


分子量: 1093.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H72O24
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THESE CONFLICTS REPRESENT NATURAL VARIANTS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM ammonium acetate, 30% PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月9日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.68 Å / Num. obs: 51450 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.71 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: DEV_501)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→19.94 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2613 5.08 %random
Rwork0.18 ---
obs0.182 51450 93.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.28 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.6563 Å2-0 Å2-0 Å2
2---8.0372 Å2-0 Å2
3----8.2214 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3696 0 130 508 4334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073962
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1395436
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3791520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.96730.35652280.29274303X-RAY DIFFRACTION84
1.9673-2.04590.28262720.24824346X-RAY DIFFRACTION85
2.0459-2.1390.26822310.21744485X-RAY DIFFRACTION87
2.139-2.25160.24532610.20054667X-RAY DIFFRACTION91
2.2516-2.39240.23372440.18574863X-RAY DIFFRACTION94
2.3924-2.57680.22312850.17725008X-RAY DIFFRACTION97
2.5768-2.83550.20432820.16875114X-RAY DIFFRACTION98
2.8355-3.24420.21582610.17285236X-RAY DIFFRACTION99
3.2442-4.08160.18382670.1535298X-RAY DIFFRACTION100
4.0816-19.940.17522820.14065517X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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