登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k2m |
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タイトル | Crystal structure of ntda from bacillus subtilis in complex with the plp external aldimine adduct with kanosamine-6-phosphate |
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要素 | NTD biosynthesis operon protein NtdA |
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キーワード | TRANSFERASE / Sugar aminotransferase / Aspertate aminotransferase fold / homo-dimer / additional N-terninal domain / 3-KETO-GLUCOSE-6-PHOSPHATE AMINITRANSFERASE / KANOSAMINE-6-PHOSPHATE |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
3-dehydro-glucose-6-phosphate-glutamate transaminase / polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / antibiotic biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding類似検索 - 分子機能 DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 ACETATE ION / Chem-O1G / 3-oxo-glucose-6-phosphate:glutamate aminotransferase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å |
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データ登録者 | Van Straaten, K.E. / Palmer, D.R.J. / Sanders, D.A.R. |
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: The Structure of NtdA, a Sugar Aminotransferase Involved in the Kanosamine Biosynthetic Pathway in Bacillus subtilis, Reveals a New Subclass of Aminotransferases. 著者: van Straaten, K.E. / Ko, J.B. / Jagdhane, R. / Anjum, S. / Palmer, D.R. / Sanders, D.A. |
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履歴 | 登録 | 2013年4月9日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2013年10月16日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2013年10月23日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2014年1月1日 | Group: Database references |
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改定 2.0 | 2020年7月29日 | Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation |
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改定 2.1 | 2023年9月20日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession |
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改定 2.2 | 2024年3月13日 | Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen |
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