PDB-4k2d: Crystal structure of Burkholderia Pseudomallei DsbA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k2d

タイトル

Crystal structure of Burkholderia Pseudomallei DsbA

要素

Thiol:disulfide interchange protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / thioredoxin fold / disulfide oxidoreductase

機能・相同性

機能・相同性情報

disulfide oxidoreductase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

McMahon, R.M.

引用

ジャーナル: Antioxid Redox Signal / 年: 2014
タイトル: Disarming Burkholderia pseudomallei: Structural and Functional Characterization of a Disulfide Oxidoreductase (DsbA) Required for Virulence In Vivo.
著者: Ireland, P.M. / McMahon, R.M. / Marshall, L.E. / Halili, M. / Furlong, E. / Tay, S. / Martin, J.L. / Sarkar-Tyson, M.

履歴

登録	2013年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k2d.cif.gz	127.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k2d.ent.gz	100.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/4k2d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5o6p-d 3h93-d 3gmf-d 6pg2-2 6pli-2 3jr6-2 3dvx-1 3sid-2 1yw5-d 4a1g-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein

ヘテロ分子

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.320, 62.300, 68.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein 分子量: 22022.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: K96243 遺伝子: BPSL0381, dsbA, thiol:disulfide interchange protein [Burkholderia pseudomallei K96243] プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q63Y08
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.29 M sodium dihydrogen phosphate, 1.0 M potassium hydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→46.174 Å / Num. all: 20726 / Num. obs: 20726 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_sym value: 0.102 / Net I/σ(I): 10.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.9-2	7	0.732	1	20696	2965	0.732	100
2-2.12	7	0.431	1.7	19714	2818	0.431	100
2.12-2.27	7	0.283	2.6	18518	2652	0.283	100
2.27-2.45	6.9	0.2	3.6	17252	2485	0.2	100
2.45-2.69	6.9	0.147	4.7	15792	2295	0.147	100
2.69-3	6.8	0.107	6.4	14129	2073	0.107	100
3-3.47	6.7	0.089	7.2	12383	1854	0.089	100
3.47-4.25	6.3	0.086	7.4	10009	1586	0.086	100
4.25-6.01	6.3	0.062	9.6	7867	1252	0.062	100
6.01-44.921	6.2	0.037	16.6	4611	746	0.037	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	44.92 Å
Translation	2.5 Å	44.92 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→44.921 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8826 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1928	1051	5.08 %
R_work	0.1586	-	-
obs	0.1603	20678	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.64 Å² / B_iso mean: 39.788 Å² / B_iso min: 17.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.921 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1500	0	18	145	1663

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	1597
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.303	2171
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	235
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	280
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.779	603

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.9-1.9865	0.269	133	0.2207	2393	2526
1.9865-2.0913	0.2019	147	0.1837	2395	2542
2.0913-2.2223	0.2055	128	0.1597	2424	2552
2.2223-2.3938	0.215	132	0.1541	2433	2565
2.3938-2.6347	0.2193	134	0.1542	2426	2560
2.6347-3.0159	0.2139	129	0.1594	2448	2577
3.0159-3.7994	0.1581	129	0.1532	2488	2617
3.7994-44.9334	0.1818	119	0.1531	2620	2739

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0512	1.3763	0.0279	7.0221	0.3525	6.5749	0.0261	0.221	-0.4611	-0.315	-0.2141	0.6928	0.2111	-0.2187	0.1861	0.3929	-0.0086	-0.0064	0.383	-0.2491	0.4508	0.7183	-34.2627	-15.8723
2	4.5749	-1.1789	0.083	6.886	-0.2828	0.9022	0.0464	0.2219	-0.5719	0.2286	0.0413	-0.3924	0.0655	0.0587	-0.0436	0.2214	-0.0125	-0.0515	0.2306	-0.0919	0.2433	9.6346	-22.7685	-5.6979
3	5.7018	1.5474	-2.1284	7.6131	-1.9448	3.3639	0.1027	0.0322	-0.2929	0.4883	0.0236	0.2586	0.0902	-0.1501	-0.1237	0.2622	0.0015	-0.0155	0.1852	-0.0683	0.1492	0.8163	-21.9442	0.1625
4	8.9378	-0.5897	-0.0063	3.2174	0.3106	4.1068	-0.0025	-0.0748	0.4612	0.0722	-0.0578	0.1457	-0.1324	-0.3339	0.0511	0.2238	0.0391	-0.0239	0.1826	-0.0596	0.2641	3.7342	-6.6619	-1.785
5	3.9832	-0.0355	-0.8804	2.045	0.5085	0.7536	0.0056	-0.5451	1.4988	-0.0127	-0.1847	0.299	-0.2675	-0.3217	0.1342	0.3258	0.0594	-0.03	0.2904	-0.1483	0.5066	5.5112	1.4858	2.5002
6	7.3893	4.6922	4.6235	4.9947	4.9833	4.9653	-0.0969	0.5876	0.0282	-0.1059	0.4013	-0.4677	-0.2772	0.5041	-0.2808	0.2374	0.0226	0.0022	0.2361	-0.0171	0.2398	17.0213	-12.9292	-6.3308
7	3.7106	0.719	-1.0295	6.1179	0.2635	2.2791	-0.0739	0.4033	-0.5674	-0.0583	0.0882	-0.3028	0.2482	-0.0682	-0.0221	0.2217	-0.0061	-0.0286	0.2583	-0.1274	0.267	3.5439	-29.7095	-8.8318

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 18 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 45 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 72 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 73 through 107 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 108 through 139 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 140 through 155 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 197 )	A

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