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- PDB-4k1x: Ferredoxin-NADP(H) Reductase mutant with Ala 266 replaced by Tyr ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k1x
タイトルFerredoxin-NADP(H) Reductase mutant with Ala 266 replaced by Tyr (A266Y) and residues 267-272 deleted.
要素NADPH:ferredoxin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase / NADP+ binding
機能・相同性
機能・相同性情報


flavodoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / heme catabolic process / cellular response to oxidative stress / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ferredoxin--NADP reductase, bacteria / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain ...: / Ferredoxin--NADP reductase, bacteria / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Flavodoxin/ferredoxin--NADP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bortolotti, A. / Sanchez-Azqueta, A. / Maya, C.M. / Velazquez-Campoy, A. / Hermoso, J.A. / Cortez, N.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: The C-terminal extension of bacterial flavodoxin-reductases: Involvement in the hydride transfer mechanism from the coenzyme.
著者: Bortolotti, A. / Sanchez-Azqueta, A. / Maya, C.M. / Velazquez-Campoy, A. / Hermoso, J.A. / Medina, M. / Cortez, N.
履歴
登録2013年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH:ferredoxin reductase
B: NADPH:ferredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4445
ポリマ－56,7772
非ポリマー1,6673
水4,053225
1
A: NADPH:ferredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2703
ポリマ－28,3891
非ポリマー8822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NADPH:ferredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1742
ポリマ－28,3891
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.970, 74.970, 188.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 NADPH:ferredoxin reductase


分子量: 28388.531 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 16-272 / 変異: A266Y, 267-272 deletion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
遺伝子: fpr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9L6V3
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 267-272 WERE DELETED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.36 % / Mosaicity: 0.21 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 21% (wt/vol) PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月6日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.152 Å / Num. all: 68570 / Num. obs: 68570 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.7 % / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.7910.90.5930.5651.310713298370.1790.5930.5654.7100
1.79-1.910.90.4030.3841.910220193770.1210.4030.3846.9100
1.9-2.0310.90.2560.2443.19605288290.0770.2560.24410.3100
2.03-2.1910.90.1720.1644.58916382030.0520.1720.16414.1100
2.19-2.410.80.1280.12268222476060.0390.1280.12217.6100
2.4-2.6910.70.1020.0977.57380168700.0310.1020.09719.7100
2.69-3.110.60.090.0867.76510061210.0270.090.08624.8100
3.1-3.810.20.070.0679.25343052270.0220.070.06731.9100
3.8-5.3810.10.0460.04413.14152041120.0140.0460.04436.199.9
5.38-38.15210.20.0470.04412.42432023880.0140.0470.04433.399.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→38.152 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.9155 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 14.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1818 2009 2.93 %random
Rwork0.1769 ---
all0.2051 68556 --
obs0.1771 68499 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.572 Å2 / ksol: 0.441 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 97.26 Å2 / Biso mean: 18.5294 Å2 / Biso min: 4.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0885 Å20 Å2-0 Å2
2---0.0885 Å20 Å2
3----2.177 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.152 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3990 0 111 225 4326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6585716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.387630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008722
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7751548
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.74250.19051380.201346914829
1.7425-1.78960.1691430.190146814824
1.7896-1.84230.16211410.17346504791
1.8423-1.90170.17461410.167346784819
1.9017-1.96970.16461420.160747554897
1.9697-2.04860.17431430.162346694812
2.0486-2.14180.16821410.165147384879
2.1418-2.25470.17031410.157646984839
2.2547-2.39590.15441420.164147114853
2.3959-2.58090.20371460.185547844930
2.5809-2.84060.21321430.208147364879
2.8406-3.25140.21491410.211248264967
3.2514-4.09570.17471480.16448124960
4.0957-38.1620.17961590.16950615220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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