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万見
- PDB-4k1c: VCX1 Calcium/Proton Exchanger -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k1c
タイトルVCX1 Calcium/Proton Exchanger
要素Vacuolar calcium ion transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN/METAL TRANSPORT / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / Membrane Protein CAX NCX NCKX / Calcium transport / Vacuole / TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-METAL TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium:proton antiporter activity / potassium:proton antiporter activity / fungal-type vacuole / fungal-type vacuole membrane / calcium ion transmembrane transport / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Calcium/proton exchanger / Calcium/proton exchanger CAX-like / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Vacuolar calcium ion transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Waight, A.B. / Pedersen, B.P. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for alternating access of a eukaryotic calcium/proton exchanger.
著者: Waight, A.B. / Pedersen, B.P. / Schlessinger, A. / Bonomi, M. / Chau, B.H. / Roe-Zurz, Z. / Risenmay, A.J. / Sali, A. / Stroud, R.M.
履歴
登録2013年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar calcium ion transporter
B: Vacuolar calcium ion transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,31131
ポリマ－91,2502
非ポリマー4,06129
水1,13563
1
A: Vacuolar calcium ion transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,86022
ポリマ－45,6251
非ポリマー3,23521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vacuolar calcium ion transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4519
ポリマ－45,6251
非ポリマー8268
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Vacuolar calcium ion transporter
ヘテロ分子

A: Vacuolar calcium ion transporter
ヘテロ分子

A: Vacuolar calcium ion transporter
ヘテロ分子

B: Vacuolar calcium ion transporter
ヘテロ分子

B: Vacuolar calcium ion transporter
ヘテロ分子

B: Vacuolar calcium ion transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,93393
ポリマ－273,7516
非ポリマー12,18287
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation7_544x+1/3,y-1/3,z-1/31
crystal symmetry operation8_544-y+1/3,x-y-1/3,z-1/31
crystal symmetry operation9_544-x+y+1/3,-x-1/3,z-1/31
Buried area33370 Å2
ΔGint-592 kcal/mol
Surface area77990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.110, 130.110, 156.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Vacuolar calcium ion transporter / High copy number undoes manganese protein 1 / Manganese resistance 1 protein / Vacuolar Ca(2+)/H(+) exchanger


分子量: 45625.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VCX1, HUM1, MNR1, YDL128W / プラスミド: 2 MICRON / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q99385

-
非ポリマー , 5種, 92分子

#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.5498 Å
検出器日付: 2012年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 44747 / Num. obs: 44539 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8_1069) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→53.019 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 1407 3.21 %
Rwork0.2007 --
obs0.2015 43768 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→53.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5697 0 173 63 5933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6478178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1572119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043998
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003968
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.38230.37931480.32024260X-RAY DIFFRACTION100
2.3823-2.47760.35991290.30684239X-RAY DIFFRACTION99
2.4776-2.59040.32361360.27294231X-RAY DIFFRACTION100
2.5904-2.7270.2791450.25274211X-RAY DIFFRACTION100
2.727-2.89780.29851480.2324249X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-3.12150.26811380.21424225X-RAY DIFFRACTION99
3.1215-3.43560.24221330.20274243X-RAY DIFFRACTION100
3.4356-3.93260.22071370.18484254X-RAY DIFFRACTION100
3.9326-4.95410.21151410.18014215X-RAY DIFFRACTION99
4.9541-53.03280.17881520.18224234X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26060.1437-0.19020.0959-0.05540.222-0.07490.43470.5676-0.54430.29471.23520.0801-0.733101.1730.0608-0.03170.71310.13130.699935.9965-2.4179-40.2778
22.32710.26290.6312.88480.74710.3790.072-0.14090.0739-0.3614-0.1226-0.2708-0.16580.3629-0.00640.26340.04820.02650.18290.00320.28639.5986-10.0065-24.682
30.6167-0.1575-0.08230.7675-0.61651.2630.1974-0.2270.2198-0.565-0.1469-0.29580.74760.77530.0140.31870.05980.04010.1590.04920.408353.2516-8.8834-24.0356
40.45550.3624-0.12740.4017-0.21360.2007-0.11350.0438-0.03850.00870.1773-0.05190.0244-0.02410.00120.19360.00940.01960.1841-0.00720.184951.366-27.1655-30.1767
52.54470.4587-0.42633.73690.44720.48510.1185-0.2551-0.01060.30770.0966-0.04080.0562-0.06790.00710.1243-0.0116-0.01760.1638-0.04230.155967.6741-19.696-20.6861
62.12990.61030.41910.0752-0.0035-0.0339-0.64930.29171.7852-0.42440.06410.1579-0.1272-0.061-0.04210.3964-0.0156-0.07930.51920.13980.461153.169-16.0866-44.9837
70.0885-0.02240.0510.0277-0.11410.3689-0.49430.08240.122-0.10660.0376-0.67410.118-1.00140.00241.25560.04230.09260.6396-0.15241.047442.4275-4.4935-44.349
80.9026-0.05330.13180.65920.51230.4574-0.2481-0.23140.18370.151-0.46-0.6808-0.0129-0.3639-0.05870.25420.05510.07140.23370.02080.390842.7653-7.2197-19.5742
90.92610.2567-0.11831.16240.08340.18460.0544-0.0620.0060.0325-0.04390.0031-0.11750.010400.2060.03270.04460.18610.01090.186552.6225-25.8774-24.33
100.0062-0.00820.02110.0147-0.01830.0267-0.6514-0.60120.7740.29620.3756-0.0178-0.6882-0.21300.65450.2202-0.10360.6325-0.03440.579150.4087-29.61-4.2846
110.23490.0240.11830.58950.280.14110.1271-0.3893-1.23731.5978-0.03470.09050.61120.08720.01421.07260.09370.28440.77390.05980.93129.1587-45.6016-9.594
122.5432-0.0527-0.39092.6078-1.26610.6123-0.19270.0695-0.32070.41340.12570.10260.5799-0.0741-0.00020.530.14080.01320.3282-0.09110.44256.5025-37.6119-23.3745
130.6181-0.0814-0.06790.27-0.27780.33950.2762-0.13730.61690.21840.3457-1.0055-0.82970.54010.13460.41290.0484-0.14520.3667-0.12540.458116.0928-26.811-23.3636
140.89210.31830.40610.57940.7020.3920.1695-0.12570.0288-0.0166-0.0627-0.0596-0.19850.2985-0.08340.16240.0166-0.01890.2584-0.06310.2225-1.1917-18.6115-19.5785
150.55110.5409-0.29380.5543-0.19060.01060.4181-0.25750.32740.3627-0.115-0.1573-0.12130.33760.02210.19180.02040.03610.21980.01090.22787.8134-7.8807-16.4303
161.44270.88410.13884.2217-1.64140.81930.05751.56290.1674-1.08330.405-0.27420.68080.40650.12760.13220.11180.18660.61730.02410.169810.4748-2.3981-40.8669
171.7842-0.14481.11461.16220.61816.5377-0.51030.33080.1422-0.161-0.19890.1679-0.646-0.2904-1.15180.04870.04910.08870.1775-0.08260.188920.2457-11.2445-22.2884
183.36950.506-0.68220.0994-0.08020.6089-0.04980.1651-1.7293-0.11180.1122-0.43780.12650.27720.06910.4406-0.12140.04170.45170.03620.56968.531-24.5946-2.2241
194.2748-1.4157-1.22532.04120.49180.3713-0.3896-0.0701-0.32610.40220.1513-0.05160.53640.151-0.0130.48320.01960.01310.2486-0.06660.39037.4138-32.7475-25.5354
201.1818-0.1635-0.33640.06510.1448-0.134-0.00910.0678-0.0536-0.04020.0229-0.07690.03710.222800.25160.0157-0.01090.2723-0.04340.20072.1942-15.2168-22.3849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 22:39)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 40:93)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 94:114)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 115:161)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 162:220)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 221:241)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 242:251)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 252:279)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 280:397)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 398:401)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 22:41)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 42:92)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 93:115)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 116:153)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 154:178)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 179:194)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 195:222)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 223:242)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 243:302)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 303:400)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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