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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4k18 | ||||||
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タイトル | Structure of PIM-1 kinase bound to 5-(4-cyanobenzyl)-N-(4-fluorophenyl)-7-hydroxypyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase pim-1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PIM-1 / kinase domain (キナーゼ) / Ser/Thr kinase / ATP-competitive / structure-based drug design (医薬品設計) / phosphorylation (リン酸化) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cardioblast proliferation / cellular detoxification / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling ...positive regulation of cardioblast proliferation / cellular detoxification / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / vitamin D receptor signaling pathway / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / transcription factor binding / ribosomal small subunit binding / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of TORC1 signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / negative regulation of innate immune response / positive regulation of brown fat cell differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to type II interferon / manganese ion binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞周期 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.051 Å | ||||||
データ登録者 | Murray, J.M. / Wallweber, H. / Steffek, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013 タイトル: Discovery of novel pyrazolo[1,5-a]pyrimidines as potent pan-Pim inhibitors by structure- and property-based drug design. 著者: Wang, X. / Magnuson, S. / Pastor, R. / Fan, E. / Hu, H. / Tsui, V. / Deng, W. / Murray, J. / Steffek, M. / Wallweber, H. / Moffat, J. / Drummond, J. / Chan, G. / Harstad, E. / Ebens, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4k18.cif.gz | 74.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4k18.ent.gz | 54.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4k18.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/4k18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/4k18 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31934.223 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (UNP residues 123-399) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIM-1, PIM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P11309, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-1OB / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.76 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月7日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 26122 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 15.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.051→41.372 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8433 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 155.14 Å2 / Biso mean: 47.4195 Å2 / Biso min: 24.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.051→41.372 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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