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- PDB-4k0g: Crystal structure of human CLIC1 C24S mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k0g
タイトルCrystal structure of human CLIC1 C24S mutant
要素Chloride intracellular channel protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CLIC / Glutathione-S-Transferase fold / Chloride ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione dehydrogenase (ascorbate) / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / chloride transport / chloride channel activity / brush border / chloride channel complex / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of mitochondrial membrane potential / platelet aggregation / nuclear envelope ...glutathione dehydrogenase (ascorbate) / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / chloride transport / chloride channel activity / brush border / chloride channel complex / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of mitochondrial membrane potential / platelet aggregation / nuclear envelope / nuclear membrane / vesicle / blood microparticle / oxidoreductase activity / cadherin binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / signal transduction / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chloride intracellular channel protein 1 / Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like ...Chloride intracellular channel protein 1 / Intracellular chloride channel / : / CLIC-like N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chloride intracellular channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Phang, J.M. / Harrop, S.J. / Duff, A.P. / Wilk, K.E. / Curmi, P.M.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure analysis of CLIC1 C24 mutants
著者: Phang, J.M. / Harrop, S.J. / Duff, A.P. / Wilk, K.E. / Curmi, P.M.G.
履歴
登録2013年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride intracellular channel protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1773
ポリマ－28,0781
非ポリマー992
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.215, 82.728, 42.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Chloride intracellular channel protein 1 / Chloride channel ABP / Nuclear chloride ion channel 27 / NCC27 / Regulatory nuclear chloride ion ...Chloride channel ABP / Nuclear chloride ion channel 27 / NCC27 / Regulatory nuclear chloride ion channel protein / hRNCC


分子量: 28077.723 Da / 分子数: 1 / 断片: CLIC1 / 変異: C24S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLIC1, CLIC1 G6 NCC27, G6, NCC27 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00299
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Calcium acetate hydrate, 20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月29日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→37.76 Å / Num. all: 49590 / Num. obs: 49590 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 49768 / Rsym value: 0.434 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K0M

1k0m


解像度: 1.4→27.194 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / σ(I): 0 / 位相誤差: 15.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1806 2512 5.07 %Random
Rwork0.155 ---
obs0.1563 49588 99.92 %-
all-49588 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.665 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0145 Å20 Å2-2.3572 Å2
2--2.4402 Å2-0 Å2
3---1.5743 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→27.194 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1864 0 5 394 2263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9542678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.345756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.450.28992330.25014692X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.50810.22132290.18694735X-RAY DIFFRACTION100
1.5081-1.57670.21972340.16264730X-RAY DIFFRACTION100
1.5767-1.65980.1862450.14694667X-RAY DIFFRACTION100
1.6598-1.76380.21182620.14134726X-RAY DIFFRACTION100
1.7638-1.90.16022770.13584647X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.09110.16482520.14834709X-RAY DIFFRACTION100
2.0911-2.39350.19932690.15634687X-RAY DIFFRACTION100
2.3935-3.0150.16582770.14924713X-RAY DIFFRACTION100
3.015-27.19920.16322340.15384770X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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