PDB-4jzk: Crystal Structure of Adenylate kinase of E. Coli with ADP/AMP bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jzk

タイトル

Crystal Structure of Adenylate kinase of E. Coli with ADP/AMP bound

要素

Adenylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / phosphoryl transfer reaction / conformational changes of lids domains / ATP binding / AMP binding / phosphoryl transfer

機能・相同性

P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli O104:H4 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Cho, Y.-J. / Agafonov, R. / Kern, D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of E. Coli Adenylate kinase with ADP and AMP bound
著者: Cho, Y.-J. / Agafonov, R. / Kern, D.

履歴

登録	2013年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jzk.cif.gz	196.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jzk.ent.gz	157.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jzk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jzk_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jzk_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	4jzk_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	4jzk_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/4jzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/4jzk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4x8l-1 1ake-1 1ank-1 5eje-1 4x8l-2 3hpr-2 2eck-1 5eje-2 3hpq-2 1ake-2 3hpq-1 4x8o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenylate kinase

B: Adenylate kinase

ヘテロ分子

48.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.960, 78.800, 83.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

#1: タンパク質	Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase 分子量: 23620.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O104:H4 (大腸菌) / 株: 2009EL-2071 / 遺伝子: adk, O3O_06175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K0BFA4, adenylate kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 2.3 M ammonium sulfate and 100 mM imidazole at pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9998 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→26.11 Å / Num. obs: 58505 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 1.63→1.72 Å / R_merge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→25.883 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2522	2864	5.06 %
R_work	0.2145	-	-
obs	0.2164	56588	93.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.785 Å² / k_sol: 0.347 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.4054 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.8673 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.2727 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→25.883 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3312	0	100	697	4109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3468
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.181	4694
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.841	1344
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	524
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	602

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.6883	0.3483	230	0.3225	3965	X-RAY DIFFRACTION	71
1.6883-1.7558	0.3418	249	0.2912	4910	X-RAY DIFFRACTION	87
1.7558-1.8357	0.3108	305	0.273	5470	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8357-1.9325	0.4005	260	0.3247	5145	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9325-2.0535	0.2821	273	0.225	5536	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0535-2.212	0.2453	273	0.2107	5719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.212-2.4344	0.3026	345	0.2401	5503	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4344-2.7863	0.2394	312	0.2005	5730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7863-3.5091	0.2245	284	0.195	5778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5091-25.8862	0.1984	333	0.1769	5968	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9049	-0.2689	1.1432	0.6242	-0.5924	0.7521	-0.0954	-0.1049	0.6657	-0.1001	-0.0221	-0.0864	-0.0456	0.1377	-0.1072	0.0617	-0.0096	-0.0272	0.1284	-0.0631	0.0676	-15.8459	10.7113	-12.1189
2	2.1325	0.1082	-1.0855	0.5982	-0.4735	0.6407	0.1251	-0.2539	0.1722	-0.0123	-0.101	-0.1577	-0.0951	0.1184	0.0481	0.0618	-0.0114	-0.0355	0.1721	-0.0115	0.0082	-3.8571	5.2967	-16.1773
3	0.6941	-0.4993	0.5427	1.0938	-0.834	0.6029	-0.1104	0.0511	0.1009	-0.1075	0.0594	0.0307	-0.0137	-0.0282	0.0405	0.113	-0.0067	-0.0387	0.1215	-0.0017	0.0742	-19.4422	8.5089	-28.2667
4	1.1446	0.6313	0.1275	1.2417	-0.1583	0.0163	0.0901	-0.3538	-0.031	0.0684	-0.0679	0.0657	0.0323	-0.0172	0.0062	0.0487	-0.0226	-0.004	0.1862	-0.0198	0.0027	-18.1095	0.6236	-8.6553
5	0.6019	0.219	-0.5399	1.5245	-0.1636	0.5298	0.2177	-0.2897	0.4519	-0.037	-0.0573	1.0458	-0.1168	-0.0573	-0.1276	0.1796	0.0108	0.0108	0.0434	0.0055	0.5777	-26.4044	45.4252	-24.7357
6	0.493	0.3735	-0.0886	0.6035	0.177	0.753	-0.2931	0.3306	0.5085	-0.8039	0.1301	1.2972	-0.1353	-0.1869	0.0868	0.4088	-0.0248	-0.3241	0.1239	0.1289	0.8478	-28.1027	40.8542	-34.0845
7	0.6279	0.2722	0.3683	0.9182	0.1988	0.1432	0.0702	-0.2485	-0.2676	-0.0014	-0.0831	-0.0087	0.0888	-0.0924	0.0019	0.2067	-0.0388	0.0213	0.1115	0.0192	0.2546	-12.6996	51.2264	-18.7289
8	1.3388	0.7585	-0.3154	2.5521	-0.4912	0.9918	0.1178	-0.0359	-0.2178	-0.4697	-0.0787	0.2102	0.1979	0.1241	-0.0148	0.2364	0.0421	-0.0201	0.0519	0.0485	0.3554	-16.0698	35.9004	-28.4285

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 27:110)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 111:168)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 169:214)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 1:69)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 70:109)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 110:158)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 159:214)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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