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万見
- PDB-4jzc: Angiopoietin-2 fibrinogen domain TAG mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jzc
タイトルAngiopoietin-2 fibrinogen domain TAG mutant
要素Angiopoietin-2アンジオポエチン
キーワードSIGNALING PROTEIN / fibrinogen-like receptor-binding domain / Tie2 receptor-binding / Tie2
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of positive chemotaxis / Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / negative regulation of cell-substrate adhesion / germ cell development / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / maternal process involved in female pregnancy / animal organ regeneration / response to glucose / response to mechanical stimulus ...negative regulation of positive chemotaxis / Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / negative regulation of cell-substrate adhesion / germ cell development / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / maternal process involved in female pregnancy / animal organ regeneration / response to glucose / response to mechanical stimulus / Tie2 Signaling / negative regulation of angiogenesis / response to activity / cell projection / response to organic cyclic compound / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of angiogenesis / 遺伝子発現 / 血管新生 / collagen-containing extracellular matrix / response to hypoxia / signaling receptor binding / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain ...Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2 / Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2 / Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1 / Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1 / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / Few Secondary Structures / イレギュラー / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アンジオポエチン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yu, X. / Seegar, T.C.M. / Dalton, A.C. / Tzvetkova-Robev, D. / Goldgur, Y. / Nikolov, D.B. / Barton, W.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for angiopoietin-1-mediated signaling initiation.
著者: Yu, X. / Seegar, T.C. / Dalton, A.C. / Tzvetkova-Robev, D. / Goldgur, Y. / Rajashankar, K.R. / Nikolov, D.B. / Barton, W.A.
履歴
登録2013年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiopoietin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8181
ポリマ－24,8181
非ポリマー00
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Angiopoietin-2

A: Angiopoietin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6352
ポリマ－49,6352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.692, 79.055, 135.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Angiopoietin-2 / アンジオポエチン / ANG-2


分子量: 24817.604 Da / 分子数: 1 / 断片: fibrinogen-like receptor-binding domain / 変異: P183T, Q184A, R185G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANGPT2 / プラスミド: modified pcDNA3.1 hygro / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15123
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0 M Na/K-tartate, 0.1 M Tris, 0.2 M LiSO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年2月4日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 29840 / Num. obs: 27572 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル最高解像度: 1.6 Å / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ang-2 fibrinogen-like domain

解像度: 1.9→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 962 -random
Rwork0.23 ---
all-20239 --
obs-19930 98.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1748 0 0 189 1937

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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