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万見
- PDB-4jza: Crystal structure of a Legionella phosphoinositide phosphatase: i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jza
タイトルCrystal structure of a Legionella phosphoinositide phosphatase: insights into lipid metabolism in pathogen host interaction
要素Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / alpha beta fold / phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


Peroxidase; domain 1 - #60 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1720 / Phosphoinositide phosphatase insertion domain / Phosphoinositide phosphatase, C-terminal / Phosphoinositide phosphatase insertion domain / Phosphoinositide phosphatase C-terminal domain / Peroxidase; domain 1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Legionella longbeachae NSW150 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.584 Å
データ登録者Toulabi, L. / Wu, X. / Cheng, Y. / Mao, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Identification and structural characterization of a legionella phosphoinositide phosphatase.
著者: Toulabi, L. / Wu, X. / Cheng, Y. / Mao, Y.
履歴
登録2013年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22013年9月11日Group: Database references
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,1002
ポリマ－190,1002
非ポリマー00
水2,900161
1
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0501
ポリマ－95,0501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0501
ポリマ－95,0501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area70770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.280, 119.653, 133.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.913794, 0.032049, 0.404912), (0.033455, -0.999434, 0.003604), (0.404799, 0.010253, -0.914348)-34.47376, 30.23039, 159.70755

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 95049.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Legionella longbeachae NSW150 (バクテリア)
株: NSW150 / 参照: UniProt: D3HMN4, phosphatidylinositol-3-phosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.0), 0.1M succinic acid, and 6.5% (wt/vol) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→130.93 Å / Num. all: 167313 / Num. obs: 164803 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.584→49.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 19.411 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.372 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23695 4205 5 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
obs0.19788 79616 97.12 %-
all-80827 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.829 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.47 Å2-0 Å2-0.47 Å2
2---1.39 Å2-0 Å2
3----3.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.584→49.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13182 0 0 161 13343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01913521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0212809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.9718333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.128329552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.09151633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.19724.215643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.493152339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1211583
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.22026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02115158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.023093
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7154.3896538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7084.3896537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8486.5738169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2414.7676983
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.584→2.651 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 240 -
Rwork0.308 4642 -
obs--77.02 %
精密化 TLS

S13: 0.0173 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02480.0127-0.0340.248-0.00290.5220.0666-0.0020.0485-0.03480.0266-0.00460.0405-0.03190.1729-0.00530.02030.09730.0030.049846.665933.1987105.3961
20.0285-0.047-0.04810.40360.07290.29540.04810.00170.0056-0.014-0.02720.07040.0133-0.03410.145-0.0204-0.02170.11830.01230.086552.2703-0.926882.585
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 824
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 824

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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