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- PDB-4jyy: Crystal structure of the azide and iron substituted Clostrium dif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jyy
タイトルCrystal structure of the azide and iron substituted Clostrium difficile SOD2 complex
要素Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / superoxide dismutase / METAL ION Binding / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / : / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Li, W. / Ying, T.L. / Wang, C.L. / Zhao, Y. / Wang, H.F. / Tan, X.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the azide and iron substituted Clostrium difficile SOD2 complex
著者: Li, W. / Ying, T.L. / Wang, C.L. / Zhao, Y. / Wang, H.F. / Tan, X.S.
履歴
登録2013年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3783
ポリマ－24,2801
非ポリマー982
水2,432135
1
A: Superoxide dismutase
ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7566
ポリマ－48,5602
非ポリマー1964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area2110 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.375, 80.375, 250.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase


分子量: 24280.244 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-234 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_16310, sodA / プラスミド: pMAL-c2x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta(DE3)Plys S / 参照: UniProt: Q186I6, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60% (v/v) tacsimateTM, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40.2 Å / Num. obs: 28940 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 41.9 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 69.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 43.2 % / Rmerge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Rsym value: 0.671 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TJT

3tjt


解像度: 2.101→40.187 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8788 / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 位相誤差: 18.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1977 1962 6.93 %RANDOM
Rwork0.182 ---
all0.219 28940 --
obs0.1831 28331 97.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.017 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 81.75 Å2 / Biso mean: 35 Å2 / Biso min: 22.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1415 Å20 Å20 Å2
2---1.1415 Å2-0 Å2
3---2.2831 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→40.187 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1669 0 4 135 1808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071719
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9762331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.114616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004300
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1005-2.1530.24691320.2067176094
2.153-2.21120.22341310.2011177995
2.2112-2.27630.23161320.2042179696
2.2763-2.34980.24561360.2085183297
2.3498-2.43370.25331380.1946183997
2.4337-2.53120.1871390.1943184398
2.5312-2.64640.24181350.1959185199
2.6464-2.78580.20421410.2054188198
2.7858-2.96030.27671400.1996187998
2.9603-3.18880.2281430.1914190199
3.1888-3.50960.1861420.1806192299
3.5096-4.0170.17091470.15621955100
4.017-5.05940.14581470.14871986100
5.0594-40.19480.18181590.18792145100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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