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- PDB-4jyk: Structure of E. coli Transcriptional Regulator RutR with bound uracil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jyk
タイトルStructure of E. coli Transcriptional Regulator RutR with bound uracil
要素HTH-type transcriptional regulator RutR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Helix-turn-Helix / Transcriptional Regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator YcdC, C-terminal / Transcription regulator, pyrimidine utilisation, RutR / YcdC-like protein, C-terminal region / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. ...Transcription regulator YcdC, C-terminal / Transcription regulator, pyrimidine utilisation, RutR / YcdC-like protein, C-terminal region / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
URACIL / HTH-type transcriptional regulator RutR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Cooper, D.R. / Knapik, A.A. / Petkowski, J.J. / Porebski, P.J. / Osinski, T. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of E. coli Transcriptional Regulator RutR with bound uracil
著者: Cooper, D.R. / Knapik, A.A. / Petkowski, J.J. / Porebski, P.J. / Osinski, T. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2013年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator RutR
B: HTH-type transcriptional regulator RutR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,33011
ポリマ－47,4332
非ポリマー8979
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area17060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.150, 86.140, 69.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 17 - 211 / Label seq-ID: 17 - 211

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator RutR / Rut operon repressor


分子量: 23716.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1013, JW0998, rutR, ycdC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0ACU2
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 200 mM Lithium Sulfate, 0.1 M Bis-TRIS pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.8 % / 数: 268758 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.38 / D res high: 1.5 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 71325 / % possible obs: 91.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.074099.710.0352.14
3.234.0710010.042.5614.1
2.823.2310010.0552.5444.1
2.562.8210010.062.0574.2
2.382.5699.910.0691.8034.2
2.242.3810010.0821.754.2
2.132.2410010.1011.4514.2
2.042.1310010.1211.2114.2
1.962.0410010.161.0194.2
1.891.9610010.2220.9134.2
1.831.8910010.2970.8514.2
1.781.8310010.4060.8144.2
1.731.7810010.5140.7984.2
1.691.7310010.6630.7593.7
1.651.6910010.7770.7423.3
1.621.6590.510.9090.7382.8
1.581.627810.9450.7152.4
1.551.586710.6652
1.531.5552.710.6431.7
1.51.5336.910.5991.5
反射解像度: 1.5→40 Å / Num. obs: 71325 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.69
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / % possible all: 36.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化解像度: 1.7→36.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 3.213 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16961 2706 5.1 %RANDOM
Rwork0.11962 ---
obs0.12213 50593 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.422 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å2-0.43 Å2
2--0.2 Å2-0 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3101 0 51 279 3431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193296
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.751.9864485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27837410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8815415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.05923.383133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.67715572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0361521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.25433293
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded28.48953222
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11610 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 189 -
Rwork0.169 3740 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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