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- PDB-4jyg: Crystal structure of RARbeta LBD in complex with agonist BMS411 [... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jyg
タイトルCrystal structure of RARbeta LBD in complex with agonist BMS411 [4-{[(5,5-dimethyl-8-phenyl-5,6-dihydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid]
要素
  • Retinoic acid receptor beta
  • Steroid Receptor Coactivator 1
キーワードTranscription/Agonist / Ligand binding domain / Nuclear hormone receptor / Transcription-Agonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glandular epithelial cell development / embryonic eye morphogenesis / ventricular cardiac muscle cell differentiation / growth plate cartilage development / embryonic digestive tract development / striatum development / outflow tract septum morphogenesis / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway ...glandular epithelial cell development / embryonic eye morphogenesis / ventricular cardiac muscle cell differentiation / growth plate cartilage development / embryonic digestive tract development / striatum development / outflow tract septum morphogenesis / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / negative regulation of chondrocyte differentiation / heterocyclic compound binding / embryonic hindlimb morphogenesis / neural precursor cell proliferation / ureteric bud development / regulation of myelination / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / male mating behavior / hypothalamus development / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / progesterone receptor signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding / histone acetyltransferase activity / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / negative regulation of stem cell proliferation / histone acetyltransferase / retinoic acid receptor signaling pathway / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / lactation / : / positive regulation of adipose tissue development / neurogenesis / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / cerebellum development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / stem cell proliferation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hippocampus development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / multicellular organism growth / male gonad development / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / response to estradiol / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / apoptotic process / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1NY / CITRATE ANION / Retinoic acid receptor beta / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Nadendla, E.K. / Teyssier, C. / Germain, P. / Delfosse, V. / Bourguet, W.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: An Unexpected Mode Of Binding Defines BMS948 as A Full Retinoic Acid Receptor beta (RAR beta , NR1B2) Selective Agonist.
著者: Nadendla, E. / Teyssier, C. / Delfosse, V. / Vivat, V. / Krishnasamy, G. / Gronemeyer, H. / Bourguet, W. / Germain, P.
履歴
登録2013年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor beta
B: Retinoic acid receptor beta
F: Steroid Receptor Coactivator 1
G: Steroid Receptor Coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9168
ポリマ－63,5784
非ポリマー1,3384
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.240, 84.830, 108.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABFG

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor beta / RAR-beta / HBV-activated protein / Nuclear receptor subfamily 1 group B member 2 / RAR-epsilon


分子量: 30197.000 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand binding domain, UNP residues 176-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RARB, HAP, NR1B2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P10826
#2: タンパク質・ペプチド Steroid Receptor Coactivator 1 / SRC-1


分子量: 1591.880 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 686-698 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase

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非ポリマー , 4種, 205分子

#3: 化合物 ChemComp-1NY / 4-{[(5,5-dimethyl-8-phenyl-5,6-dihydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid


分子量: 397.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H23NO3
#4: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細LEU 414 to MET CONFLICT IN UNP ENTRY P10826

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 200 mM Tri Sodium Citrate pH 5.5, 25 % PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979759 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Asymmetric Laue 001 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979759 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→48.03 Å / Num. obs: 22384 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 19.59
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.35-2.483.53.7928690.289185.2
2.48-2.654.75.6634470.254198.2
2.65-2.864.98.2532230.177199.8
2.86-3.134.812.4830030.115199.9
3.13-3.54.820.2427380.068199.7
3.5-4.044.833.4824550.038199.4
4.04-4.944.742.4320740.029199.3
4.94-6.954.640.7216210.031198.7
6.95-48.034.454.979540.017196.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→39.5 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 26.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1119 5 %Random
Rwork0.1986 ---
obs0.2016 22371 97.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.633 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.2778 Å20 Å20 Å2
2--13.3649 Å2-0 Å2
3---3.9129 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3877 0 97 201 4175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044067
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8355514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0991559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004693
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.45690.32531190.26182260X-RAY DIFFRACTION84
2.4569-2.58650.28951360.24882582X-RAY DIFFRACTION96
2.5865-2.74850.32911420.23052689X-RAY DIFFRACTION100
2.7485-2.96060.29071420.2322695X-RAY DIFFRACTION100
2.9606-3.25840.29661440.22072727X-RAY DIFFRACTION100
3.2584-3.72960.27621420.19772715X-RAY DIFFRACTION100
3.7296-4.69770.21361450.16332741X-RAY DIFFRACTION99
4.6977-39.50550.21681490.17662843X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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