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万見
- PDB-4jwt: Crystal structure of a putative 5'-methylthioadenosine/S-adenosyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jwt
タイトルCrystal structure of a putative 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase from Sulfurimonas denitrificans DSM 1251 (Target NYSGRC-029304 )
要素Methylthioadenosine nucleosidase
キーワードHYDROLASE / Sulfurimonas denitrificans / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / adenine / Structural genomics / NYSGRC / New York Structural Genomics Research Consortium / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / adenosylhomocysteine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfurimonas denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase from Sulfurimonas denitrificans DSM 1251
著者: Sampathkumar, P. / Gizzi, A. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Lafleur, ...著者: Sampathkumar, P. / Gizzi, A. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Lafleur, J. / Suarez, J. / Haapalainen, A. / Love, J.D. / Stead, M. / Seidel, R. / Toro, R. / Schramm, V.L. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylthioadenosine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0216
ポリマ－28,6381
非ポリマー3835
水2,504139
1
A: Methylthioadenosine nucleosidase
ヘテロ分子

A: Methylthioadenosine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,04212
ポリマ－57,2762
非ポリマー76710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area5210 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.598, 77.598, 228.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-457-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Methylthioadenosine nucleosidase


分子量: 28637.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfurimonas denitrificans (バクテリア)
株: DSM 1251 / 遺伝子: Suden_1392 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q30QR2, methylthioadenosine nucleosidase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Protein (20mM HEPES pH7.5, 150mM NaCl, 5% glycerol, and 5mM DTT); Reservoir (MCSG3 #84; 0.1 M Sodium Acetate:HCl pH 4.6, 2.0 M Sodium Formate ); Cryoprotection (33% Ethylene glycol), VAPOR ...詳細: Protein (20mM HEPES pH7.5, 150mM NaCl, 5% glycerol, and 5mM DTT); Reservoir (MCSG3 #84; 0.1 M Sodium Acetate:HCl pH 4.6, 2.0 M Sodium Formate ); Cryoprotection (33% Ethylene glycol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 26487 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22.8 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 26.75
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 23.1 % / Rmerge(I) obs: 0.738 / Mean I/σ(I) obs: 5.42 / Num. unique all: 1283 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXC位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→43.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.987 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. AUTHORS NOTE AN ELECTRON DENSITY FEATURE JUST BELOW ADENINE, WHICH COULD NOT BE SATISFACTORILY EXPLAINED ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. AUTHORS NOTE AN ELECTRON DENSITY FEATURE JUST BELOW ADENINE, WHICH COULD NOT BE SATISFACTORILY EXPLAINED WITH BUFFER OR CRYSTALLIZATION COMPONENTS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1929 1314 5 %RANDOM
Rwork0.1775 ---
obs0.1783 26403 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.73 Å2 / Biso mean: 38.1574 Å2 / Biso min: 20.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.26 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→43.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1851 0 26 139 2016
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191941
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.9982620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71834311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9125256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04525.92176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81615307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.282152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02407
LS精密化 シェル解像度: 2.052→2.105 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 85 -
Rwork0.225 1797 -
all-1882 -
obs-1797 98.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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