PDB-4jwo: The crystal structure of a possible phosphate binding protein fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jwo

タイトル

The crystal structure of a possible phosphate binding protein from Planctomyces limnophilus DSM 3776

要素

Phosphate binding protein

キーワード

Phosphate binding protein / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphate ion transport / phosphate ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Planctomyces limnophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.601 Å

データ登録者

Tan, K. / Gu, M. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a possible phosphate binding protein from Planctomyces limnophilus DSM 3776
著者: Tan, K. / Gu, M. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jwo.cif.gz	132.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jwo.ent.gz	103 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jwo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jwo_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jwo_full_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示
XML形式データ	4jwo_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	4jwo_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/4jwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/4jwo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ynr-d 3gbp-d 4pqj-1 1glg-d 1gca-d 3ga5-2 1gcg-d 3bbl-d 4c7a-d 6k2f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100551

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphate binding protein

ヘテロ分子

37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.158, 87.158, 75.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

詳細

Experimentally unknown.

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Phosphate binding protein 分子量: 36968.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Planctomyces limnophilus (バクテリア) 株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_1490 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D5SW38

-
非ポリマー , 5種, 296分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 2.0M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate:HCl, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月21日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→28.6 Å / Num. all: 42889 / Num. obs: 42889 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 50.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2121 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.601→28.529 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1946	2160	5.04 %	random
R_work	0.1716	-	-	-
all	0.1727	42851	-	-
obs	0.1727	42851	99.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.601→28.529 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2162	0	36	289	2487

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2272
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07	3078
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.235	840
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	393

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6006-1.6378	0.2693	148	0.2355	2636	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6378-1.6788	0.2212	156	0.2188	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6788-1.7241	0.2636	142	0.2101	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7241-1.7749	0.1973	149	0.2035	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7749-1.8322	0.2376	127	0.1983	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8322-1.8976	0.1892	167	0.1923	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8976-1.9736	0.2202	149	0.1878	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9736-2.0634	0.1982	126	0.1853	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0634-2.1721	0.2454	129	0.1741	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1721-2.3082	0.2067	129	0.1752	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3082-2.4863	0.2112	138	0.1746	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4863-2.7363	0.1994	156	0.177	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7363-3.1318	0.1992	165	0.1785	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1318-3.9441	0.1737	133	0.1559	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9441-28.5337	0.1605	146	0.1482	2738	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8824	-1.3191	-0.4584	1.2572	-0.8169	2.7279	-0.0861	-1.0953	0.3502	0.3983	0.231	-0.0282	-0.213	-0.7148	-0.0629	0.2337	0.0602	0.0297	0.64	-0.0586	0.2635	24.2444	52.5129	24.5918
2	1.3402	-0.7289	-0.9459	1.2029	1.0422	2.7393	-0.0063	0.0494	-0.1435	0.0605	-0.0874	0.0446	0.2681	-0.0376	0.1224	0.0928	-0.0256	0.0148	0.1464	-0.0012	0.1467	39.8659	35.4023	3.5083
3	1.2069	-0.612	0.6633	3.0018	0.869	2.8055	-0.0376	-0.0433	-0.1127	0.1281	-0.0366	-0.024	0.0116	0.0308	0.045	0.0919	-0.0314	0.0009	0.1335	0.0259	0.1265	43.0353	38.5893	10.6043
4	3.1681	-1.033	-0.4071	0.9861	0.2137	1.353	0.0279	0.0212	0.2939	0.0159	-0.0012	-0.046	-0.2115	-0.2624	-0.0354	0.1201	0.0185	0.0153	0.2059	0.01	0.1686	31.2793	50.4173	7.5425
5	3.7237	-2.7453	-1.4146	3.7834	1.3786	3.4085	-0.0497	-0.328	0.4844	-0.0354	0.0529	-0.2111	-0.5781	-0.1968	-0.0388	0.238	0.0502	-0.019	0.2224	-0.0459	0.2257	25.9295	62.1137	11.209

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 55 through 130 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 131 through 194 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 195 through 233 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 234 through 305 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 306 through 338 )

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