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- PDB-4jw1: Crystal structure of N-terminal 618-residue fragment of LepB from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jw1
タイトルCrystal structure of N-terminal 618-residue fragment of LepB from Legionella pneumophila
要素Effector protein B
キーワードHYDROLASE ACTIVATOR / New GAP fold / GTPase-Accelerating Protein / Rab1
機能・相同性
機能・相同性情報


Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #830 / LepB GAP domain, C-terminal subdomain / LepB, N-terminal / LepB GAP domain, N-terminal subdomain / LepB GAP domain N-terminal subdomain / LepB GAP domain C-terminal subdomain / LepB N-terminal domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Effector protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Hu, L. / Yao, Q. / Zhu, Y. / Shao, F.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Structural analyses of Legionella LepB reveal a new GAP fold that catalytically mimics eukaryotic RasGAP
著者: Yu, Q. / Hu, L. / Yao, Q. / Zhu, Y. / Dong, N. / Wang, D.-C. / Shao, F.
履歴
登録2013年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Effector protein B
B: Effector protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,4138
ポリマ－142,7632
非ポリマー6506
水543
1
A: Effector protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6633
ポリマ－71,3821
非ポリマー2812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Effector protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7505
ポリマ－71,3821
非ポリマー3684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.536, 159.418, 181.146
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Effector protein B / GTPase-Activating Protein


分子量: 71381.633 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal fragment, UNP residues 1-618 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: lepB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6X1Y7
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M citrate, 20% MPEG 2000, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→20 Å / Num. obs: 25525 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 13.5 / Biso Wilson estimate: 35.44 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.16→19.95 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7915 / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2826 1269 5.01 %
Rwork0.264 --
obs0.2649 25323 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.54 Å2 / Biso mean: 43.1404 Å2 / Biso min: 4.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.16→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6691 0 43 3 6737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1689216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781019
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7112524
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.16-3.2860.2911400.22922553269397
3.286-3.43480.3031320.246726342766100
3.4348-3.61490.32561430.256826562799100
3.6149-3.83990.29871390.249826692808100
3.8399-4.1340.29691380.2426592797100
4.134-4.54550.29711390.227126922831100
4.5455-5.19310.25441450.235526892834100
5.1931-6.50490.28171440.291226982842100
6.5049-19.94990.28161490.28812804295399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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