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万見
- PDB-4jvy: Structure of the STAR (signal transduction and activation of RNA)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jvy
タイトルStructure of the STAR (signal transduction and activation of RNA) domain of GLD-1 bound to RNA
要素
  • Female germline-specific tumor suppressor gld-1
  • RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / KH domain / STAR domain / RNA regulation / translational repression. RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oocyte fate determination / positive regulation of female gonad development / regulation of germ cell proliferation / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of oocyte development / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / oogenesis / mRNA 3'-UTR binding ...oocyte fate determination / positive regulation of female gonad development / regulation of germ cell proliferation / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of oocyte development / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / oogenesis / mRNA 3'-UTR binding / meiotic cell cycle / mRNA 5'-UTR binding / regulation of gene expression / single-stranded RNA binding / negative regulation of translation / negative regulation of gene expression / mRNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
STAR protein, homodimerisation region / Homodimerisation region of STAR domain protein / : / KHDC4/BBP-like, KH-domain type I / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 / KH domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain ...STAR protein, homodimerisation region / Homodimerisation region of STAR domain protein / : / KHDC4/BBP-like, KH-domain type I / KH domain-containing BBP-like / K Homology domain, type 1 / KH domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Female germline-specific tumor suppressor gld-1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.853 Å
データ登録者Teplova, M. / Hafner, M. / Teplov, D. / Essig, K. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2013
タイトル: Structure-function studies of STAR family Quaking proteins bound to their in vivo RNA target sites.
著者: Teplova, M. / Hafner, M. / Teplov, D. / Essig, K. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2013年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Female germline-specific tumor suppressor gld-1
B: Female germline-specific tumor suppressor gld-1
D: RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3')
F: RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3374
ポリマ－49,3374
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.274, 142.274, 76.652
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-401-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Female germline-specific tumor suppressor gld-1 / Defective in germ line development protein 1


分子量: 22479.906 Da / 分子数: 2 / 断片: STAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: gld-1, T23G11.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q17339
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*UP*AP*AP*CP*AP*A)-3')


分子量: 2188.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.9 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: SODIUM ACETATE, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1053
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1053 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→20 Å / Num. obs: 20941 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.85-2.955.70.65420891.032199.9
2.95-3.075.60.42620951.03199.9
3.07-3.215.70.30120501.052199.8
3.21-3.385.60.19120801.037199.9
3.38-3.595.60.14120901199.9
3.59-3.865.60.08920801.011199.6
3.86-4.255.60.06821021.006199.5
4.25-4.855.60.06320851.035199.3
4.85-6.095.50.0621051.013199.1
6.09-205.40.03221651.017198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.853→19.9 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.83 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 1937 9.58 %
Rwork0.1752 --
obs0.1797 20217 96.1 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 233.29 Å2 / Biso mean: 50.2851 Å2 / Biso min: 3.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.853→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3066 298 0 29 3393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1084716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1971392
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8535-2.92460.30021280.25581179130788
2.9246-3.00340.30321250.24481218134390
3.0034-3.09150.33341290.23171230135992
3.0915-3.19090.31441310.23151276140795
3.1909-3.30440.27061430.21331294143795
3.3044-3.43610.2751360.21011288142497
3.4361-3.59160.25471420.20741327146998
3.5916-3.77970.26521400.16991314145499
3.7797-4.01470.21311450.16411348149399
4.0147-4.32180.19371410.15011335147698
4.3218-4.75130.20331430.14271362150599
4.7513-5.42670.19021410.15711345148699
5.4267-6.79160.21631420.19051368151099
6.7916-19.90060.16451510.14541396154798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05360.03660.03120.05550.04030.0313-0.020.0139-0.05450.05570.0369-0.0210.0646-0.06060.11040.0401-0.07590.06380.1256-0.00960.121149.454-44.4869-54.3939
20.32530.0038-0.03870.3850.20690.1814-0.0137-0.1475-0.04770.149-0.14160.16590.0440.0484-0.38620.0801-0.07040.02560.18260.00410.100750.3872-21.6326-9.3236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and ((resseq 142:332))) or (chain 'D' and ((resseq 1:7 )))A0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and ((resseq 142:331))) or (chain 'F' and ((resseq 1:7 )))B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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