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- PDB-4jvs: Crystal structure of LepB GAP domain from Legionella drancourtii ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jvs
タイトルCrystal structure of LepB GAP domain from Legionella drancourtii in complex with Rab1-GDP and AlF3
要素
  • Putative uncharacterized protein
  • Ras-related protein Rab-1A
キーワードHYDROLASE ACTIVATOR/PROTEIN TRANSPORT / New GAP fold / Bind and hydrolyze guanosine triphosphate / Rab1 Binding / HYDROLASE ACTIVATOR-PROTEIN TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / melanosome transport / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...positive regulation of glycoprotein metabolic process / growth hormone secretion / melanosome transport / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / virion assembly / transport vesicle membrane / Golgi organization / autophagosome assembly / endomembrane system / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / substrate adhesion-dependent cell spreading / small monomeric GTPase / positive regulation of interleukin-8 production / intracellular protein transport / G protein activity / autophagy / endocytosis / melanosome / cell migration / early endosome / defense response to bacterium / cadherin binding / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1700 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #830 / LepB GAP domain, C-terminal subdomain / LepB, N-terminal / LepB GAP domain, N-terminal subdomain / LepB GAP domain N-terminal subdomain / LepB GAP domain C-terminal subdomain / LepB N-terminal domain / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1700 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #830 / LepB GAP domain, C-terminal subdomain / LepB, N-terminal / LepB GAP domain, N-terminal subdomain / LepB GAP domain N-terminal subdomain / LepB GAP domain C-terminal subdomain / LepB N-terminal domain / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / ALUMINUM FLUORIDE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Effector protein B, substrate of the Dot/Icm secretion system / Ras-related protein Rab-1A
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella drancourtii (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.783 Å
データ登録者Yu, Q. / Yao, Q. / Wang, D.-C. / Shao, F.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Structural analyses of Legionella LepB reveal a new GAP fold that catalytically mimics eukaryotic RasGAP
著者: Yu, Q. / Hu, L. / Yao, Q. / Zhu, Y. / Dong, N. / Wang, D.-C. / Shao, F.
履歴
登録2013年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Ras-related protein Rab-1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7236
ポリマ－56,1122
非ポリマー6124
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.561, 95.561, 197.724
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / GTPase activating protein


分子量: 35628.348 Da / 分子数: 1 / 断片: GAP domain, UNP residues 316-620 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella drancourtii (バクテリア)
株: LLAP12 / 遺伝子: LDG_7216 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G9EPL4
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-1A / Ras superfamily of monomeric G protein / YPT1-related protein


分子量: 20483.225 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62820

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非ポリマー , 5種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M Tris, 25%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→20 Å / Num. obs: 14058 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 40.05 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.783→19.96 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7934 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2645 702 5.02 %
Rwork0.2236 13274 -
obs0.2256 13976 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.15 Å2 / Biso mean: 46.3017 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.783→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3614 0 37 4 3655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0193722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5035040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3731374
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7833-2.99750.37921490.29242538268798
2.9975-3.29790.29711280.267226082736100
3.2979-3.77240.27231480.227726152763100
3.7724-4.74220.2211460.187626592805100
4.7422-19.9610.23651310.209428542985100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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