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- PDB-4jv3: Crystal structure of beta-ketoacyl synthase from Brucella meliten... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jv3
タイトルCrystal structure of beta-ketoacyl synthase from Brucella melitensis in complex with platencin
要素Beta-ketoacyl synthase
キーワードTransferase/Antibiotic / SSGCID / beta-ketoacyl synthase / platencin / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Transferase-Antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N32 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of beta-ketoacyl ACP synthase I bound to platencin and fragment screening molecules at two substrate binding sites.
著者: Patterson, E.I. / Nanson, J.D. / Abendroth, J. / Bryan, C. / Sankaran, B. / Myler, P.J. / Forwood, J.K.
履歴
登録2013年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Structure summary
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-ketoacyl synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1492
ポリマ－45,7231
非ポリマー4251
水7,800433
1
A: Beta-ketoacyl synthase
ヘテロ分子

A: Beta-ketoacyl synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2984
ポリマ－91,4472
非ポリマー8512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5890 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area24240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.160, 84.480, 74.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: -X+1, Y, -Z+1

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要素

#1: タンパク質 Beta-ketoacyl synthase


分子量: 45723.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: fabB, BAB1_2173 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2YQQ9, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-N32 / 2,4-dihydroxy-3-({3-[(2S,4aS,8S,8aR)-8-methyl-3-methylidene-7-oxo-1,3,4,7,8,8a-hexahydro-2H-2,4a-ethanonaphthalen-8-yl]propanoyl}amino)benzoic acid / Platencin / プラテンシン


分子量: 425.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27NO6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.41 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MD PACT screen, H2: 20% PEG 3350, 100mM BisTrisPropane pH 8.5, 200mM Na-bromide; tray 233841 f11, BrabA.00113.a at 23 mg/ml, 2.5mM platencin, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月7日 / 詳細: Rigaku VariMax
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 45545 / Num. obs: 44869 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 20.929 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 47.79
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.740.1877.52132353278196.8
1.74-1.790.169.35179853221199.6
1.79-1.840.12311.52186043161199.4
1.84-1.90.13112.15182082974196.1
1.9-1.960.09620.09183762927197.9
1.96-2.030.07122.69210852808198
2.03-2.110.05731.22261252808199.6
2.11-2.190.05538.91308912641198
2.19-2.290.06247.26304372539197.8
2.29-2.40.04751.36323252397196.6
2.4-2.530.03760.66330862314199.4
2.53-2.690.03767.93328382217199.9
2.69-2.870.03179.14361002096199.5
2.87-3.10.02988.94361171933199.6
3.1-3.40.02797.42338241811199.5
3.4-3.80.029103.47282011610199.6
3.8-4.390.024115.77268361438199
4.39-5.380.022122.08226181213199.5
5.38-7.60.024114.6317567947199.5
7.6-500.023123.449211536198

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3LRF

3lrf


解像度: 1.7→42.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.159 / WRfactor Rwork: 0.1335 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.9088 / SU B: 2.772 / SU ML: 0.048 / SU R Cruickshank DPI: 0.0868 / SU Rfree: 0.0843 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1689 2264 5 %RANDOM
Rwork0.1425 ---
all0.14382 45545 --
obs0.1438 44869 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.4 Å2 / Biso mean: 16.929 Å2 / Biso min: 3.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20.35 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3005 0 31 433 3469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193141
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.9554273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7662.9926692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4715420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.50323.712132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.63715498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4021524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7360.9911644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7340.991643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.191.4852058
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 194 -
Rwork0.15 3077 -
all-3271 -
obs-3077 96.98 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.63 Å / Origin y: 2.007 Å / Origin z: 17.864 Å
111213212223313233
T0.0166 Å2-0.0138 Å20.012 Å2-0.0239 Å2-0.0076 Å2--0.0222 Å2
L0.4527 °20.0493 °2-0.1393 °2-0.3926 °2-0.0426 °2--0.3159 °2
S-0.0396 Å °0.0937 Å °-0.0187 Å °-0.0662 Å °0.0291 Å °-0.0235 Å °0.0052 Å °-0.0066 Å °0.0105 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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