[日本語] English
万見
- PDB-4jut: Crystal structure of a mutant fragment of Human HSPB6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jut
タイトルCrystal structure of a mutant fragment of Human HSPB6
要素Heat shock protein beta-6
キーワードCHAPERONE / Small heat shock protein / alpha-crystallin domain
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / : / protein folding chaperone / positive regulation of angiogenesis / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / nuclear speck ...structural constituent of eye lens / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / : / protein folding chaperone / positive regulation of angiogenesis / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / nuclear speck / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein beta-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.196 Å
データ登録者Weeks, S.D. / Baranova, E.V. / Beelen, S. / Heirbaut, M. / Gusev, N.B. / Strelkov, S.V.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Molecular structure and dynamics of the dimeric human small heat shock protein HSPB6.
著者: Weeks, S.D. / Baranova, E.V. / Heirbaut, M. / Beelen, S. / Shkumatov, A.V. / Gusev, N.B. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2013年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein beta-6
B: Heat shock protein beta-6
C: Heat shock protein beta-6
D: Heat shock protein beta-6
E: Heat shock protein beta-6
F: Heat shock protein beta-6
G: Heat shock protein beta-6
H: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,49314
ポリマ－88,9408
非ポリマー5536
水3,171176
1
A: Heat shock protein beta-6
B: Heat shock protein beta-6
C: Heat shock protein beta-6
D: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7467
ポリマ－44,4704
非ポリマー2763
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8260 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
2
E: Heat shock protein beta-6
F: Heat shock protein beta-6
G: Heat shock protein beta-6
H: Heat shock protein beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7467
ポリマ－44,4704
非ポリマー2763
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.440, 86.010, 87.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Heat shock protein beta-6 / HspB6 / Heat shock 20 kDa-like protein p20


分子量: 11117.516 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 57-160 / 変異: E51A, E52A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPB6 / プラスミド: pPEPTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14558
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M litium nitrate, 20% PEG 3350, hanging drop vapor diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月12日
放射モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.196→43.01 Å / Num. all: 49462 / Num. obs: 49462 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rsym value: 0.077

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.196→43.005 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2496 2499 5.05 %Random
Rwork0.1964 ---
all0.1991 49452 --
obs0.1991 49452 99.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.102 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 127.93 Å2 / Biso mean: 43.7462 Å2 / Biso min: 8.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1251 Å20 Å20.0079 Å2
2---0.89 Å20 Å2
3---0.7649 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.196→43.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5255 0 36 176 5467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1647441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078828
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0271973
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1965-2.23870.36761180.30772366248490
2.2387-2.28440.3471520.299725472699100
2.2844-2.33410.31941550.26426092764100
2.3341-2.38840.32871150.264426492764100
2.3884-2.44810.31291340.265926202754100
2.4481-2.51430.3251490.248826062755100
2.5143-2.58830.3221230.225126242747100
2.5883-2.67180.26971310.220826162747100
2.6718-2.76730.27851370.225226422779100
2.7673-2.87810.28771510.223125782729100
2.8781-3.0090.29051440.207826182762100
3.009-3.16760.28051540.220625982752100
3.1676-3.3660.26711370.196226262763100
3.366-3.62580.22321350.191726532788100
3.6258-3.99040.2511290.194526252754100
3.9904-4.56730.18481490.16526332782100
4.5673-5.75210.22231500.159526502800100
5.7521-43.01320.23951360.194126932829100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る