PDB-4jue: Crystal structure of Plasmodium falciparum ubiquitin conjugating ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jue

タイトル

Crystal structure of Plasmodium falciparum ubiquitin conjugating enzyme UBC9

要素

Ubiquitin conjugating enzyme UBC9

キーワード

PROTEIN BINDING / SUMO / E2 enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMO conjugating enzyme activity / ligase activity / protein sumoylation / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.851 Å

データ登録者

Reiter, K.H. / Boucher, L.E. / Bosch, J. / Matunis, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Identification of Biochemically Distinct Properties of the Small Ubiquitin-related Modifier (SUMO) Conjugation Pathway in Plasmodium falciparum.
著者: Reiter, K. / Mukhopadhyay, D. / Zhang, H. / Boucher, L.E. / Kumar, N. / Bosch, J. / Matunis, M.J.

履歴

登録	2013年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jue.cif.gz	165.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jue.ent.gz	132 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jue.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jue_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jue_full_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示
XML形式データ	4jue_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	4jue_validation.cif.gz	58.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/4jue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/4jue	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m1nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kv0-d 1h9j-d 2a90-d 3a4s-1 7nxz-d 4nt1-1 1ayz-1 3mya-d 1bh9-d 1a3s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (6) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Ubiquitin conjugating enzyme UBC9

B: Ubiquitin conjugating enzyme UBC9

C: Ubiquitin conjugating enzyme UBC9

D: Ubiquitin conjugating enzyme UBC9

73.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin conjugating enzyme UBC9

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ubiquitin conjugating enzyme UBC9

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ubiquitin conjugating enzyme UBC9

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ubiquitin conjugating enzyme UBC9

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	28.870, 94.390, 124.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ubiquitin conjugating enzyme UBC9 分子量: 18360.049 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PF3D7_0915100, PFI0740c / プラスミド: WTPfUbc9-pGex4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q8I301
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M NaF, 20% PEG3350 Cryo: 30% PEG3350, 10% glycerol, 0.2M NaF, 100mM glycine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月29日
放射	モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.49
反射	解像度: 1.85→25 Å / Num. all: 53373 / Num. obs: 53373 / % possible obs: 93.59 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Balbes automatic selection

解像度: 1.851→24.978 Å / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.05 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1883	2867	5.37 %
R_work	0.1462	-	-
obs	0.1491	53373	93.59 %
all	-	53373	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.851→24.978 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5111	0	0	1137	6248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.599	7342
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.227	2153
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	753
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	961

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.851-1.8847	0.3308	101	0.2377	1755	X-RAY DIFFRACTION	58
1.8847-1.9209	0.2612	117	0.233	1958	X-RAY DIFFRACTION	65
1.9209-1.96	0.2831	105	0.2215	2183	X-RAY DIFFRACTION	75
1.96-2.0026	0.2147	145	0.2017	2552	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0026-2.0492	0.2339	167	0.1921	2820	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0492-2.1004	0.2351	133	0.1927	2756	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1004-2.1571	0.2085	137	0.1793	2751	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1571-2.2205	0.2249	134	0.1759	2888	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2205-2.2921	0.2076	136	0.1714	2730	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2921-2.3739	0.251	155	0.1625	2819	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3739-2.4687	0.2065	158	0.1627	2766	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4687-2.5809	0.1949	152	0.1555	2795	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5809-2.7167	0.1845	164	0.1525	2795	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7167-2.8864	0.1917	155	0.1356	2878	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8864-3.1085	0.1738	146	0.1333	2758	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1085-3.42	0.1585	169	0.1239	2804	X-RAY DIFFRACTION	93
3.42-3.9117	0.1566	141	0.1136	2851	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9117-4.9165	0.1434	140	0.1054	2893	X-RAY DIFFRACTION	95
4.9165-20.1385	0.1825	154	0.1391	2880	X-RAY DIFFRACTION	94

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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