PDB-4jt5: mTORdeltaN-mLST8-pp242 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jt5

タイトル

mTORdeltaN-mLST8-pp242 complex

要素

Serine/threonine-protein kinase mTOR
Target of rapamycin complex subunit LST8

キーワード

transferase/transferase inhibitor / kinase / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 signaling / TORC2 complex / regulation of membrane permeability ...RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / regulation of locomotor rhythm / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / TORC2 signaling / TORC2 complex / regulation of membrane permeability / cellular response to leucine starvation / heart valve morphogenesis / negative regulation of lysosome organization / TFIIIC-class transcription factor complex binding / TORC1 complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / calcineurin-NFAT signaling cascade / voluntary musculoskeletal movement / regulation of osteoclast differentiation / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of keratinocyte migration / regulation of lysosome organization / Amino acids regulate mTORC1 / cellular response to L-leucine / MTOR signalling / cellular response to nutrient / regulation of autophagosome assembly / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TORC1 signaling / energy reserve metabolic process / ruffle organization / serine/threonine protein kinase complex / negative regulation of cell size / cellular response to methionine / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / inositol hexakisphosphate binding / cellular response to osmotic stress / anoikis / negative regulation of protein localization to nucleus / cardiac muscle cell development / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of myelination / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / positive regulation of actin filament polymerization / negative regulation of macroautophagy / regulation of cell size / Macroautophagy / positive regulation of myotube differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / oligodendrocyte differentiation / germ cell development / behavioral response to pain / TOR signaling / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of translational initiation / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of TOR signaling / response to amino acid / HSF1-dependent transactivation / regulation of macroautophagy / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cellular response to nutrient levels / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / neuronal action potential / positive regulation of lipid biosynthetic process / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart morphogenesis / regulation of cellular response to heat / positive regulation of lamellipodium assembly / cardiac muscle contraction / phagocytic vesicle / positive regulation of stress fiber assembly / T cell costimulation / cytoskeleton organization / endomembrane system / negative regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / protein serine/threonine kinase activator activity / cellular response to starvation / positive regulation of glycolytic process / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of PTEN gene transcription / post-embryonic development / positive regulation of translation / VEGFR2 mediated vascular permeability / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of actin cytoskeleton organization / phosphoprotein binding / cellular response to amino acid stimulus / non-specific protein-tyrosine kinase / regulation of cell growth / macroautophagy / response to nutrient levels / regulation of circadian rhythm / protein destabilization / PML body / multicellular organism growth / cellular response to insulin stimulus / Regulation of TP53 Degradation
類似検索 - 分子機能

Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats / Rapamycin binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Pavletich, N.P. / Yang, H.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: mTOR kinase structure, mechanism and regulation.
著者: Yang, H. / Rudge, D.G. / Koos, J.D. / Vaidialingam, B. / Yang, H.J. / Pavletich, N.P.

履歴

登録	2013年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jt5.cif.gz	559.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jt5.ent.gz	445.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jt5_validation.pdf.gz	973.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jt5_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4jt5_validation.xml.gz	99.8 KB	表示
CIF形式データ	4jt5_validation.cif.gz	133.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/4jt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/4jt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jsnC 4jspC 4jsvC 4jsxC 4jt6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jt6-1 4jsp-2 4jsp-1 4jsx-2 4jsv-2 4jsn-2 4jsn-1 5wbu-1 5wby-2 4jsv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (8) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (8)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
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#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Serine/threonine-protein kinase mTOR

D: Target of rapamycin complex subunit LST8

A: Serine/threonine-protein kinase mTOR

C: Target of rapamycin complex subunit LST8

ヘテロ分子

342 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Serine/threonine-protein kinase mTOR

D: Target of rapamycin complex subunit LST8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
171 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Serine/threonine-protein kinase mTOR

C: Target of rapamycin complex subunit LST8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
171 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.400, 163.200, 207.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase mTOR / FK506-binding protein 12-rapamycin complex-associated protein 1 / FKBP12-rapamycin complex- ...FK506-binding protein 12-rapamycin complex-associated protein 1 / FKBP12-rapamycin complex-associated protein / Mammalian target of rapamycin / mTOR / Mechanistic target of rapamycin / Rapamycin and FKBP12 target 1 / Rapamycin target protein 1 分子量: 134650.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FRAP, FRAP1, FRAP2, MTOR, RAFT1, RAPT1 / プラスミド: pcDNA3.1(+)hygromycin / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P42345, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質	Target of rapamycin complex subunit LST8 / TORC subunit LST8 / G protein beta subunit-like / Gable / Protein GbetaL / Mammalian lethal with ...TORC subunit LST8 / G protein beta subunit-like / Gable / Protein GbetaL / Mammalian lethal with SEC13 protein 8 / mLST8 分子量: 35910.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBL, LST8, MLST8 / プラスミド: pcDNA3.1(+)blasticidin / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BVC4
#3: 化合物	ChemComp-P2X / 2-[4-amino-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl]-1H-indol-5-ol / PP-242 分子量: 308.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₆N₆O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8000, NaCl , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.45→40 Å / Num. all: 63608 / Num. obs: 61700 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3.45-3.57	2.7	0.629	1	91.2
3.57-3.72	3.3	0.563	1	93.7
3.72-3.89	3.8	0.441	1	97.5
3.89-4.09	3.7	0.279	1	97
4.09-4.35	4.1	0.205	1	99.2
4.35-4.68	4.1	0.15	1	99.1
4.68-5.15	4.1	0.136	1	98.8
5.15-5.89	4.1	0.163	1	98.6
5.89-7.42	4	0.13	1	97.9
7.42-40	3.8	0.043	1	96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.45→39.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 31.708 / SU ML: 0.468 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.645 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27104	1639	3 %	RANDOM
R_work	0.23313	-	-	-
obs	0.23428	52634	85.84 %	-
all	-	63225	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.406 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.45→39.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22097	0	46	0	22143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	22657
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.259	1.944	30722
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.582	5	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.059	23.954	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.023	15	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.238	15	158
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	3368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	17132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.727	3.378	10975
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.154	7.595	13703
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.51	3.447	11681
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	B	284	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	B	80	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	B	376	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
1	B	300	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	B	88	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	B	116	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	B	1012	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	B	1268	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	B	223	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
1	B	232	TIGHT THERMAL	2.82	99
1	B	223	MEDIUM THERMAL	3.65	99
2	B	271	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
2	B	248	TIGHT THERMAL	5.79	99
2	B	271	MEDIUM THERMAL	6.36	99
3	B	121	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
3	B	132	TIGHT THERMAL	5.04	99
3	B	121	MEDIUM THERMAL	6.56	99
4	B	161	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
4	B	172	TIGHT THERMAL	12.03	99
4	B	161	MEDIUM THERMAL	11.92	99
5	B	211	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
5	B	188	TIGHT THERMAL	25.83	99
5	B	211	MEDIUM THERMAL	24.67	99
6	B	204	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
6	B	204	TIGHT THERMAL	13.79	99
6	B	204	MEDIUM THERMAL	14.26	99
7	B	238	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
7	B	224	TIGHT THERMAL	4.26	99
7	B	238	MEDIUM THERMAL	4	99
8	B	363	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
8	B	320	TIGHT THERMAL	2.95	99
8	B	363	MEDIUM THERMAL	3.87	99
9	B	258	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
9	B	256	TIGHT THERMAL	5.13	99
9	B	258	MEDIUM THERMAL	5.46	99
10	B	283	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
10	B	284	TIGHT THERMAL	6.53	99
10	B	283	MEDIUM THERMAL	6.61	99
11	B	73	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
11	B	80	TIGHT THERMAL	6.84	99
11	B	73	MEDIUM THERMAL	6.79	99
12	B	425	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
12	B	376	TIGHT THERMAL	21.17	99
12	B	425	MEDIUM THERMAL	20.71	99
13	B	293	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
13	B	300	TIGHT THERMAL	6.72	99
13	B	293	MEDIUM THERMAL	7	99
14	B	90	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
14	B	88	TIGHT THERMAL	4.22	99
14	B	90	MEDIUM THERMAL	4.95	99
15	B	108	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
15	B	116	TIGHT THERMAL	4.15	99
15	B	108	MEDIUM THERMAL	4.33	99
16	B	1055	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
16	B	1012	TIGHT THERMAL	3.98	99
16	B	1055	MEDIUM THERMAL	4.07	99
17	D	1186	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
17	D	1268	TIGHT THERMAL	10.78	99
17	D	1186	MEDIUM THERMAL	11.15	99

LS精密化シェル

解像度: 3.45→3.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	83	-
R_work	0.341	3094	-
obs	-	-	69.49 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)