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- PDB-4jt2: Structure of Clostridium thermocellum polynucleotide kinase bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jt2
タイトルStructure of Clostridium thermocellum polynucleotide kinase bound to CTP
要素Metallophosphoesterase
キーワードTRANSFERASE / RNA repair / P-loop phosphotransferase / Polynucleotide kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polynucleotide kinase-phosphatase, bacterial / PrpE-like, metallophosphatase domain / Polynucleotide kinase-phosphatase, ligase domain / PNKP adenylyltransferase domain, ligase domain / : / AAA domain / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like ...Polynucleotide kinase-phosphatase, bacterial / PrpE-like, metallophosphatase domain / Polynucleotide kinase-phosphatase, ligase domain / PNKP adenylyltransferase domain, ligase domain / : / AAA domain / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Metallophosphoesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Direct refinement / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Das, U. / Wang, L.K. / Smith, P. / Shuman, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural and biochemical analysis of the phosphate donor specificity of the polynucleotide kinase component of the bacterial pnkphen1 RNA repair system.
著者: Das, U. / Wang, L.K. / Smith, P. / Shuman, S.
履歴
登録2013年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallophosphoesterase
B: Metallophosphoesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3376
ポリマ－39,3222
非ポリマー1,0154
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.306, 66.781, 119.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 0:47 OR RESSEQ 53:167 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 0:47 OR RESSEQ 53:167 )

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要素

#1: タンパク質 Metallophosphoesterase


分子量: 19661.062 Da / 分子数: 2 / 変異: V44M, L137M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / 遺伝子: Cthe_2768 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DJ38, polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100mM sodium citrate, 100mM MgCl2, 16-18% PEG 3350, 2mM CTP, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→58 Å / Num. all: 13156 / Num. obs: 13156 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -999 / Observed criterion σ(I): -999
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.48-2.581100
2.58-581100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: Direct refinement / 解像度: 2.49→44.538 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 1037 7.92 %random
Rwork0.1809 ---
obs0.1846 13101 98.75 %-
all-13260 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→44.538 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2731 0 60 126 2917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0933869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1591113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005489
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1282X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1282X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.06
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.62260.2871360.20241570X-RAY DIFFRACTION92
2.6226-2.78690.22861480.20781712X-RAY DIFFRACTION100
2.7869-3.0020.27291460.19661714X-RAY DIFFRACTION100
3.002-3.3040.24941470.19491711X-RAY DIFFRACTION100
3.304-3.78190.24441510.18671745X-RAY DIFFRACTION100
3.7819-4.7640.18031500.15251751X-RAY DIFFRACTION100
4.764-44.54530.20871590.17421861X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02910.2912-0.98520.4888-0.27721.5089-0.15820.06310.2792-0.10920.16180.0920.49950.0169-0.01570.24630.0356-0.00480.22470.02530.218830.794725.995275.8771
20.3620.36980.13491.25090.30220.51010.06920.06110.07740.1798-0.0874-0.01020.20890.2604-0.0080.24690.11780.00260.21670.03190.267630.780721.858591.005
30.3285-0.1550.04370.1463-0.16690.2406-0.096-0.1668-0.07420.0205-0.01880.044-0.12340.1707-0.00020.25570.00650.00970.20260.01530.198328.978533.844886.3555
40.0540.0828-0.2290.32670.18120.57240.01840.0871-0.0021-0.0454-0.08950.11090.17130.0414-0.03130.21-0.0376-0.0020.170.01970.261118.122821.727779.7926
50.20720.1043-0.26190.0666-0.14590.3357-0.0230.06930.0042-0.3339-0.1257-0.10260.36380.3951-0.17980.40510.15490.00220.40110.06120.228333.494120.877270.8307
61.16420.3439-1.04080.6746-0.16441.00380.0730.1255-0.1133-0.0143-0.0334-0.0550.140.03190.00120.18860.0301-0.03130.2143-0.01750.181228.01835.326649.113
70.0902-0.2747-0.1240.9976-0.08941.1330.09690.022-0.1072-0.0828-0.06060.13190.0315-0.1753-0.00010.1516-0.0171-0.03060.26910.00190.215416.349236.915456.6636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 0:20 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 21:50 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 51:106 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 107:157 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 158:170 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 0:106 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 107:169 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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