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万見
- PDB-4jre: Crystal structure of nitrate/nitrite exchanger NarK with nitrite bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jre
タイトルCrystal structure of nitrate/nitrite exchanger NarK with nitrite bound
要素
  • (Immunoglobulin ...) x 2
  • Nitrite extrusion protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN/Immune System / Transporter / Immunoglobulin / Major Facilitator Superfamily / Exchanger / TRANSPORT PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite transmembrane transporter activity / nitrate transmembrane transport / nitrite transport / nitrate transmembrane transporter activity / nitrate catabolic process / solute:inorganic anion antiporter activity / nitrate assimilation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nitrate transporter NarK/NarU-like / Nitrate transporter / MFS general substrate transporter like domains / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like ...Nitrate transporter NarK/NarU-like / Nitrate transporter / MFS general substrate transporter like domains / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-glucopyranoside / NITRITE ION / Nitrate/nitrite antiporter NarK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zheng, H. / Wisedchaisri, G. / Gonen, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a nitrate/nitrite exchanger.
著者: Zheng, H. / Wisedchaisri, G. / Gonen, T.
履歴
登録2013年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22013年7月10日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrite extrusion protein 1
B: Immunoglobulin Gamma-2a, Heavy chain
C: Immunoglobulin Kappa, Light chain
D: Nitrite extrusion protein 1
H: Immunoglobulin Gamma-2a, Heavy chain
L: Immunoglobulin Kappa, Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,40810
ポリマ－192,9286
非ポリマー4804
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.910, 81.407, 138.487
Angle α, β, γ (deg.)100.07, 96.38, 115.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.438432, 0.898763, 0.0016), (0.898761, 0.438435, -0.001679), (-0.002211, 0.000702, -0.999997)-29.88292, -32.48515, -128.24704

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 BHCL

#2: 抗体 Immunoglobulin Gamma-2a, Heavy chain


分子量: 23188.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma
#3: 抗体 Immunoglobulin Kappa, Light chain


分子量: 23265.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: hybridoma

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AD

#1: タンパク質 Nitrite extrusion protein 1 / Nitrite facilitator 1


分子量: 50009.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1223, JW1214, narK / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) C41 / 参照: UniProt: P10903
#5: 糖 ChemComp-GYP / methyl alpha-D-glucopyranoside / METHYL-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSIDE / ALPHA-METHYL-D-GLUCOPYRANOSIDE / methyl alpha-D-glucoside / methyl D-glucoside / methyl glucoside / メチルα-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DGlcp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
methyl-a-D-glucopyranosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 2種, 37分子

#4: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 28% PEG400, 0.1 M citric acid pH 3.5, 0.1M NaCl and 0.1M Li2SO4. The crystal was subsequently soaked with 50mM NaNO2 in the above solution prior to freezing, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月9日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 72283 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 57.7 Å2 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 2893 / Rsym value: 0.866 / % possible all: 76.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JR9

4jr9


解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 12.544 / SU ML: 0.247 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.54 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: A strong density on the surface of NarK is likely from the sugar head group of the decylmaltoside detergent used during protein purification and is modelled in the structure as maltose.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2686 3642 5 %RANDOM
Rwork0.22337 ---
obs0.22567 68494 94.53 %-
all-72136 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.172 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å2-0.23 Å2-1.11 Å2
2---0.1 Å21.65 Å2
3---0.91 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3741 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12522 0 32 35 12589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.94617560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.01851646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.01523.137459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.783151921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5161546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.22011
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219620
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 223 -
Rwork0.312 4088 -
obs-4088 77.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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