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- PDB-4jrd: Crystal structure of the parallel double-stranded helix of poly(A) RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jrd
タイトルCrystal structure of the parallel double-stranded helix of poly(A) RNA
要素RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードRNA / PARALLEL DOUBLE HELIX / POLY(A) / MRNA / PABP / Poly(A) motif
機能・相同性AMMONIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1 Å
データ登録者Safaee, N. / Noronha, A.M. / Kozlov, G. / Rodionov, D. / Wilds, C.J. / Sheldrick, G.M. / Gehring, K.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Structure of the parallel duplex of poly(A) RNA: evaluation of a 50 year-old prediction.
著者: Safaee, N. / Noronha, A.M. / Rodionov, D. / Kozlov, G. / Wilds, C.J. / Sheldrick, G.M. / Gehring, K.
履歴
登録2013年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
B: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,47720
ポリマ－7,1532
非ポリマー32518
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)22.800, 22.800, 163.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-225-

HOH

21B-217-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3576.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION


分子量: 18.038 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 17.29 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: RNA WATER SOLUTION PLUS BUFFER (10 MM HEPES, 50 MM NACL, 0.5 MM TCEP, PH 7.0) MIXED 1:1 V/V WITH 2 M (NH4)2SO4 + 0.2 M NH4NO3 AND EQUILIBRATED AGAINST 2 M (NH4)2SO4 + 0.2 M NH4NO3, VAPOR ...詳細: RNA WATER SOLUTION PLUS BUFFER (10 MM HEPES, 50 MM NACL, 0.5 MM TCEP, PH 7.0) MIXED 1:1 V/V WITH 2 M (NH4)2SO4 + 0.2 M NH4NO3 AND EQUILIBRATED AGAINST 2 M (NH4)2SO4 + 0.2 M NH4NO3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンCLSI 08ID-110.977
シンクロトロンCHESS A120.987
シンクロトロンCHESS A130.987
シンクロトロンCHESS A140.987
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2010年5月29日FOCUSING MIRRORS
ADSC QUANTUM 2102CCD2010年10月21日FOCUSING MIRRORS
ADSC QUANTUM 2103CCD2010年10月21日FOCUSING MIRRORS
ADSC QUANTUM 2104CCD2010年10月21日FOCUSING MIRRORS
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI 111 DOUBLESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9771
20.9871
反射解像度: 1→41 Å / Num. all: 23042 / Num. obs: 22972 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.73 % / Rmerge(I) obs: 0.0944 / Net I/σ(I): 34.35
反射 シェル解像度: 1→1.1 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1419 / Mean I/σ(I) obs: 4.72 / % possible all: 73.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
MxDCデータ収集
SHELXD位相決定
SHELXL精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1→41 Å / Num. parameters: 5165 / Num. restraintsaints: 6773 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.158 1152 5.01 %RANDOM
Rwork0.118 ---
obs0.126 22972 92.6 %-
all-23042 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 242 / Occupancy sum non hydrogen: 571
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 478 18 76 572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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