PDB-4jrc: Distal Stem I region from G. kaustophilus glyQS T box RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jrc

タイトル

Distal Stem I region from G. kaustophilus glyQS T box RNA

要素

Distal Stem I region of the glyQS T box leader RNA

キーワード

RNA / T box RNA / Regulatory RNA leader sequence / tRNA binding

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.673 Å

データ登録者

Grigg, J.C. / Ke, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: T box RNA decodes both the information content and geometry of tRNA to affect gene expression.
著者: Grigg, J.C. / Chen, Y. / Grundy, F.J. / Henkin, T.M. / Pollack, L. / Ke, A.

履歴

登録	2013年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月1日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jrc.cif.gz	136.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jrc.ent.gz	109.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jrc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jrc_validation.pdf.gz	416.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jrc_full_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示
XML形式データ	4jrc_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	4jrc_validation.cif.gz	7.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/4jrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/4jrc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1q3p-d 1lkp-d 5b7w-2 6y07-d 3rzw-1 3ah7-1 5b7w-1 6yx1-d 1jyb-d 1s30-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#121 - 2010年1月
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リボスイッチ (Riboswitches)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
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#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
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#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Distal Stem I region of the glyQS T box leader RNA

B: Distal Stem I region of the glyQS T box leader RNA

ヘテロ分子

37.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Distal Stem I region of the glyQS T box leader RNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Distal Stem I region of the glyQS T box leader RNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.461, 41.511, 90.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.760, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: RNA鎖	Distal Stem I region of the glyQS T box leader RNA 分子量: 18655.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: Synthesized in vitro using T7 RNA polymerase from a plasmid template
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 80mM NaCl, 12mM KCl, 20mM MgCl2, 40mM sodium cacodylate, 12mM spermine, 28% 2-methyl-1,3 propanediol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: A1 / 波長: 0.9767 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月1日

放射

モノクロメーター: Horizontal focusing 5.05 asymmetric cut Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9767 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 9.5 % / 数: 52864 / R_merge(I) obs: 0.231 / Χ²: 3.58 / D res high: 3.5 Å / D res low: 35 Å / Num. obs: 5591 / % possible obs: 94.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
9.44	35	99.1	1	0.132	21.162	6.9
7.52	9.44	100	1	0.135	9.995	8.9
6.57	7.52	99.7	1	0.145	5.707	10.1
5.98	6.57	100	1	0.187	4.019	11.4
5.55	5.98	100	1	0.211	3.737	11.5
5.22	5.55	100	1	0.269	3.251	11.8
4.96	5.22	100	1	0.306	2.632	12
4.75	4.96	100	1	0.342	2.097	12.1
4.57	4.75	100	1	0.373	1.912	11.7
4.41	4.57	100	1	0.369	1.849	11.4
4.27	4.41	100	1	0.423	1.627	10.6
4.15	4.27	99.7	1	0.413	1.667	9.9
4.04	4.15	99	1	0.239	1.726	9.1
3.94	4.04	96.4	1	0.349	1.79	8.4
3.85	3.94	95.4	1	0.478	1.59	7.7
3.77	3.85	89.9	1	0.459	1.286	7.1
3.69	3.77	85.3	1	0.394	1.381	7
3.62	3.69	81.2	1	0.444	1.327	6.7
3.56	3.62	75.1	1	0.541	1.264	6.1
3.5	3.56	72.2	1	0.497	1.181	5.7

反射

解像度: 2.65→35 Å / Num. obs: 11578 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 48.89 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
2.65-2.7	3.1	0.484	1.808	473	1	82.7
2.7-2.74	3.1	0.482	1.931	529	1	85.6
2.74-2.8	3.3	0.418	2.041	508	1	90.1
2.8-2.85	3.4	0.323	3.086	534	1	94.2
2.85-2.92	3.4	0.305	3.507	615	1	97.5
2.92-2.98	3.6	0.218	5.286	571	1	99.1
2.98-3.06	3.6	0.212	5.942	572	1	100
3.06-3.14	3.6	0.14	9.822	588	1	100
3.14-3.23	3.7	0.113	12.164	605	1	100
3.23-3.34	3.7	0.103	16.639	589	1	99.7
3.34-3.46	3.7	0.085	24.87	600	1	99.5
3.46-3.6	3.7	0.086	15.507	578	1	100
3.6-3.76	3.7	0.067	20.645	598	1	99.8
3.76-3.96	3.7	0.058	23.083	585	1	99.8
3.96-4.2	3.6	0.051	27.945	596	1	100
4.2-4.53	3.7	0.05	27.776	593	1	100
4.53-4.98	3.7	0.045	30.338	619	1	100
4.98-5.7	3.6	0.033	36.38	596	1	99.7
5.7-7.17	3.6	0.033	37.338	612	1	99.7
7.17-35	3.4	0.026	47.56	617	1	96.3

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing dm

FOM : 0.77 / FOM acentric: 0.78 / FOM centric: 0.71 / 反射: 5022 / Reflection acentric: 4428 / Reflection centric: 594

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
3.6-3.9	0.76	0.75	0.87	855	791	64
6.4-10.3	0.81	0.84	0.67	709	586	123
5.1-6.4	0.79	0.8	0.75	852	744	108
4.5-5.1	0.76	0.77	0.68	861	761	100
3.9-4.5	0.76	0.77	0.74	1517	1381	136

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE	2.15	位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.673→20.14 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7754 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2427	1151	10.02 %
R_work	0.201	-	-
obs	0.2051	11484	95.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 205.22 Å² / B_iso mean: 81.9439 Å² / B_iso min: 33.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.673→20.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2472	2	25	2499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	2762
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.409	4308
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.019	568
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	114
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.385	1366

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6732-2.7945	0.3642	118	0.3358	1054	1172	79
2.7945-2.9414	0.3948	139	0.322	1257	1396	93
2.9414-3.1251	0.3302	145	0.2628	1304	1449	99
3.1251-3.3654	0.2522	144	0.2216	1304	1448	98
3.3654-3.7022	0.2475	148	0.1883	1310	1458	97
3.7022-4.2335	0.2074	151	0.1636	1347	1498	100
4.2335-5.3175	0.2261	151	0.1738	1364	1515	100
5.3175-20.1403	0.1969	155	0.1767	1393	1548	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1106	1.052	-0.1352	0.8831	-0.7675	1.5182	-0.7386	1.4023	0.3415	-0.528	-0.0318	0.1217	-0.6032	-0.4585	0.5808	1.2493	0.0238	-0.3625	1.4765	-0.1706	0.6877	16.661	49.9943	-8.718
2	3.6283	0.2261	1.172	5.3467	-1.2178	0.9388	-0.1027	0.2973	0.1901	0.1058	0.0199	0.1957	-0.1163	0.0397	0.0959	0.6234	0.0244	-0.1886	0.3289	-0.0663	0.4647	14.6338	45.6602	12.1494
3	4.8434	1.5956	-2.3259	4.7993	2.1744	4.5734	-0.8383	0.9265	0.8614	-0.6443	1.242	0.3721	0.095	-0.7815	0.2788	1.4041	0.0416	-0.5583	1.6596	-0.0917	0.7231	10.8361	50.0262	-21.7703
4	3.0535	-0.0068	0.9871	2.9871	-0.5061	0.389	-0.6597	-0.0276	-0.1546	-0.1952	0.5633	0.0058	-0.301	1.5212	0.0341	1.4957	-0.3037	0.0132	2.0283	-0.0993	0.549	36.7448	15.2994	50.0423
5	1.7832	0.9028	-1.7381	2.6998	-2.9547	3.5887	0.3214	-0.7736	-0.1093	0.6981	-0.1749	-0.0449	-0.7013	0.7871	0.003	0.9211	-0.0804	-0.0975	0.6205	-0.0009	0.4858	28.4895	19.4721	29.9598
6	2.2348	-1.7207	0.1968	5.804	-2.4489	2.5524	-0.0504	-0.2493	-0.1786	0.5593	0.2031	0.2963	0.0353	-0.3017	-0.1244	0.7165	-0.0672	-0.1304	0.3402	-0.0057	0.3874	16.5223	23.2008	23.2747
7	2.1831	-0.4185	2.3671	2.5398	-0.261	2.6442	-0.0412	-1.1809	0.0334	0.9528	0.3591	0.032	-0.4755	1.0078	-0.0006	1.4719	-0.3737	-0.2032	1.6357	-0.0498	0.4283	34.2646	15.3918	47.799

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 40 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 73 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 74 through 80 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 24 through 32 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 33 through 40 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 41 through 68 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 69 through 80 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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