PDB-4jr2: Human procaspase-7/caspase-7 heterodimer bound to Ac-DEVD-CMK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jr2

タイトル

Human procaspase-7/caspase-7 heterodimer bound to Ac-DEVD-CMK

要素

Ac-DEVD-CMK
Procaspase-7

キーワード

APOPTOSIS / HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protease / proenzyme / protein-peptide complex / irreversible inhibitor / activity based probe / caspase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

caspase-7 / lymphocyte apoptotic process / positive regulation of plasma membrane repair / cellular response to staurosporine / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Thomsen, N.D. / Wells, J.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural snapshots reveal distinct mechanisms of procaspase-3 and -7 activation.
著者: Thomsen, N.D. / Koerber, J.T. / Wells, J.A.

履歴

登録	2013年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.2	2013年6月5日	Group: Database references
改定 1.3	2013年6月12日	Group: Refinement description
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jr2.cif.gz	224.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jr2.ent.gz	180.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4jr2_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jr2_full_validation.pdf.gz	445.8 KB	表示
XML形式データ	4jr2_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	4jr2_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/4jr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/4jr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jqyC 4jqzC 4jr0C 4jr1C 1f1jS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fdl-d 3ibf-d 3ibc-d 4zvq-d 5k20-d 1cp3-d 4zvr-d 3edr-d 4zvt-d 3h1p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (21) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (11) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (3) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Procaspase-7

B: Procaspase-7

C: Ac-DEVD-CMK

D: Ac-DEVD-CMK

ヘテロ分子

57.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.493, 88.663, 88.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Procaspase-7 / CASP-7 / Apoptotic protease Mch-3 / CMH-1 / ICE-like apoptotic protease 3 / ICE-LAP3 / Caspase-7 分子量: 28315.168 Da / 分子数: 2 / 断片: protease domain (UNP residues 57-303) / 変異: D198A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP7, MCH3 / プラスミド: Addgene plasmid 29653 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P55210, caspase-7
#2: タンパク質・ペプチド	Ac-DEVD-CMK タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 534.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 参照: Ac-Asp-Glu-Val-Asp-CMK
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10 mM Tris, pH 8.0, 2 mM DTT, 50 mM sodium chloride, 200 mM sodium/potassium phosphate, 100 mM Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月9日

放射

モノクロメーター: double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.116 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 55958 / Num. obs: 55958 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 28.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 1.052 / Net I/σ(I): 19.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.65-1.71	3.3	0.594	2.1	5503	1.049	98.7
1.71-1.78	3.4	0.425		5480	1.09	98.9
1.78-1.86	3.4	0.307		5509	1.084	99.3
1.86-1.96	3.4	0.205		5523	1.074	99.3
1.96-2.08	3.5	0.129		5591	1.056	99.9
2.08-2.24	3.5	0.09		5589	1.004	99.8
2.24-2.46	3.5	0.067		5617	1.027	99.8
2.46-2.82	3.5	0.062		5613	1.04	99.6
2.82-3.55	3.4	0.044		5672	1.027	99.1
3.55-50	3.4	0.024		5861	1.077	98.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	32.87 Å
Translation	2.5 Å	32.87 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ELVES		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F1J

1f1j

解像度: 1.65→32.867 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1965	2819	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1611	-	-	-
obs	0.1629	55899	99.27 %	-
all	-	55901	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 78 Å² / B_iso mean: 22.0648 Å² / B_iso min: 7.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.867 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3720	0	2	382	4104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4027
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.104	5467
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	595
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	712
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.345	1562

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6785	0.2994	128	0.2381	2580	2708	98
1.6785-1.709	0.253	156	0.2245	2611	2767	99
1.709-1.7419	0.2799	120	0.2097	2619	2739	99
1.7419-1.7775	0.2358	119	0.2029	2633	2752	99
1.7775-1.8161	0.247	132	0.1923	2617	2749	99
1.8161-1.8583	0.2065	124	0.1851	2632	2756	99
1.8583-1.9048	0.1937	144	0.1787	2625	2769	99
1.9048-1.9563	0.2458	123	0.1749	2627	2750	99
1.9563-2.0139	0.1922	160	0.1652	2651	2811	100
2.0139-2.0789	0.2386	141	0.1579	2636	2777	100
2.0789-2.1531	0.2038	144	0.1543	2651	2795	100
2.1531-2.2393	0.2032	145	0.1508	2648	2793	100
2.2393-2.3412	0.19	161	0.1549	2656	2817	100
2.3412-2.4646	0.1915	138	0.152	2660	2798	100
2.4646-2.619	0.2096	153	0.1581	2659	2812	100
2.619-2.8211	0.1813	144	0.1719	2652	2796	99
2.8211-3.1048	0.1828	162	0.1673	2650	2812	99
3.1048-3.5536	0.1862	129	0.1484	2724	2853	99
3.5536-4.4754	0.1632	140	0.1307	2721	2861	99
4.4754-32.8737	0.1926	156	0.1654	2828	2984	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5529	0.9568	0.4023	0.6864	0.1531	0.2326	0.168	0.6854	-0.3481	-0.769	-0.2194	-0.5058	0.8591	0.8335	-0.1527	0.3741	0.1559	0.0308	0.3177	0.0019	0.1926	22.9903	-8.3419	-34.3665
2	1.0837	-1.0296	-0.8082	2.6854	1.1502	2.0113	0.1287	0.2071	-0.1213	-0.3188	-0.3174	0.4845	-0.0907	-0.3048	-0.0984	0.1162	0.0242	0.0028	0.155	0.0009	0.1079	7.235	7.1033	-27.4639
3	0.1171	0.0234	0.052	0.0248	0.0157	0.0237	0.2688	-0.1786	0.1968	0.4807	-0.0745	0.375	-0.6905	-0.3776	0.0047	0.4114	0.0308	0.181	0.366	-0.044	0.3267	-0.9322	17.9256	-8.1363
4	1.4381	-0.3462	-0.3285	1.8115	-0.3321	1.4368	0.0809	0.0101	0.0357	-0.0232	-0.0347	0.2321	-0.0161	-0.1304	-0.0102	0.075	-0.0012	0.002	0.1164	0.0239	0.1023	7.5279	7.8403	-24.3378
5	1.1325	-0.2301	0.0242	0.7773	-0.0449	0.5868	0.0105	-0.1074	-0.263	0.0709	-0.0314	0.4417	0.2439	-0.2517	0.0177	0.1607	-0.0274	0.021	0.14	0.0365	0.1721	8.2983	-2.7559	-20.2486
6	1.5539	-0.3708	-0.2967	0.9424	-0.2924	1.3812	0.0175	-0.1938	0.1506	0.3116	-0.0175	-0.061	-0.0585	0.0003	-0.001	0.1176	-0.0232	0.0088	0.1461	0.0156	0.0804	17.2815	7.4723	-15.9955
7	2.6086	-0.4261	0.0527	1.0808	-1.0188	1.1138	0.1242	-0.1834	0.5082	-0.1129	-0.1547	-0.3054	-0.2655	0.1175	0.2117	0.1485	-0.0109	0.048	0.1216	0.0881	0.2162	25.7386	13.4594	-22.5954
8	1.6277	0.4661	0.2346	1.7869	-0.3772	1.2184	0.079	-0.2238	0.3493	0.214	-0.261	-0.0115	-0.0406	0.0077	-0.1778	0.1143	0.0039	0.009	0.1216	0.0088	0.1612	23.1374	6.5503	-18.1911
9	0.6884	0.1048	-0.8724	0.1691	-0.124	1.1121	0.099	0.5361	0.9176	-0.3223	-0.0155	-0.4495	-0.3839	0.524	0.9628	-0.1441	-0.3167	0.1717	0.4474	0.4308	0.4249	41.6305	6.0116	-21.3089
10	0.9698	-0.0898	0.1356	1.4399	0.2163	1.0143	-0.0121	0.0322	-0.0317	0.1223	-0.1988	-0.4566	-0.0412	0.4105	0.1221	0.0629	0.0258	-0.0156	0.1547	0.0627	0.1395	39.8679	-9.1863	-3.6608
11	1.0904	-0.4594	0.8725	1.5945	-0.0277	1.4137	0.0409	0.0339	0.0834	0.069	-0.0314	-0.1057	0.172	0.2866	0.003	0.0971	0.0457	0.0096	0.1028	0.0059	0.105	35.8051	-14.8699	-1.0635
12	1.1992	-0.2029	-0.1694	1.4042	-0.3997	2.1636	0.0045	-0.0834	0.3533	0.1653	-0.053	-0.0147	-0.1959	0.1886	-0.0309	0.0969	0.0018	0.0026	0.1005	0.0096	0.1311	32.1783	-2.6718	-2.2165
13	0.6435	-0.4032	0.0434	0.4571	-0.3657	0.4582	-0.3106	0.1834	0.0722	-0.8212	0.2127	-0.1852	-0.1165	-0.076	-0.0142	0.4371	-0.1294	0.0625	0.3828	0.0965	0.3587	20.1252	-5.2542	-15.7859
14	0.7952	0.4235	0.2224	0.6499	-0.4696	1.3568	0.0286	0.0181	0.0778	-0.0018	-0.016	0.1018	0.1478	0.0127	-0	0.0964	0.0136	0.0189	0.0845	0.0098	0.0874	25.839	-13.2172	-10.1181
15	1.1814	-0.4441	0.3372	1.1789	-0.2051	0.8894	-0.0881	0.2275	-0.0688	-0.4058	-0.0815	-0.2102	0.2613	0.0775	-0.0359	0.1413	0.065	0.0767	0.1242	0.0221	0.056	29.2506	-15.8816	-19.2895
16	0.6918	-0.4619	0.4562	1.0234	0.4966	1.071	0.1181	0.0424	0.1297	0.0416	-0.2249	-0.0345	0.055	0.1042	-0.0174	0.0693	0.0106	0.0241	0.1094	0.0406	0.0744	25.9271	-8.8224	-15.8289
17	0.662	0.0406	0.2504	0.1671	-0.0699	0.1401	0.2697	0.0864	0.4597	-0.0567	-0.0767	-0.0244	-0.3179	0.1066	-0.0234	0.2576	-0.0477	0.0813	0.1813	-0.0361	0.211	14.5835	21.5676	-11.6728
18	0.2736	0.2608	0.3626	0.2466	0.3434	0.475	0.1873	-0.0951	-0.2203	0.0692	0.0964	-0.066	0.4793	0.0116	0.0444	0.1615	0.0175	-0.0132	0.0623	-0.0039	0.1164	22.5004	-23.1989	-5.2262
19	0.536	-0.3535	0.3836	0.9886	-0.4842	1.0144	0.0015	0.0297	0.0614	-0.0691	-0.0206	-0.0311	0.038	0.0605	-0.0013	0.1533	-0.0047	0.0498	0.1967	0.0108	0.1782	23.2351	-3.3877	-14.5473

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resseq 56:63	A	56 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resseq 64:78	A	64 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resseq 79:84	A	79 - 84
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resseq 85:152	A	85 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resseq 153:184	A	153 - 184
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resseq 185:243	A	185 - 243
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resseq 244:280	A	244 - 280
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resseq 281:302	A	281 - 302
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and resseq 56:63	B	56 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resseq 64:78	B	64 - 78
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and resseq 79:121	B	79 - 121
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and resseq 122:191	B	122 - 191
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B and resseq 192:215	B	192 - 215
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain B and resseq 216:243	B	216 - 243
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain B and resseq 244:280	B	244 - 280
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain B and resseq 281:302	B	281 - 302
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain C and resseq 1:6	C	1 - 6
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain D and resseq 1:6	D	1 - 6
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( chain A and resseq 501:665 ) or ( chain B and resseq 501:704 ) or ( chain C and resseq 201:205 ) or ( chain D and resseq 201:208 )	A	501 - 665
20	X-RAY DIFFRACTION	19	( chain A and resseq 501:665 ) or ( chain B and resseq 501:704 ) or ( chain C and resseq 201:205 ) or ( chain D and resseq 201:208 )	B	501 - 704
21	X-RAY DIFFRACTION	19	( chain A and resseq 501:665 ) or ( chain B and resseq 501:704 ) or ( chain C and resseq 201:205 ) or ( chain D and resseq 201:208 )	C	201 - 205
22	X-RAY DIFFRACTION	19	( chain A and resseq 501:665 ) or ( chain B and resseq 501:704 ) or ( chain C and resseq 201:205 ) or ( chain D and resseq 201:208 )	D	201 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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