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- PDB-4jqi: Structure of active beta-arrestin1 bound to a G protein-coupled r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jqi
タイトルStructure of active beta-arrestin1 bound to a G protein-coupled receptor phosphopeptide
要素
  • Beta-arrestin-1
  • Fab30 heavy chain
  • Fab30 light chain
  • Vasopressin V2 receptor phosphopeptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / Arrestin / GPCR / G-protein coupled receptor / signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


V2 vasopressin receptor binding / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / sensory perception of touch / G alpha (s) signalling events / Vasopressin-like receptors ...V2 vasopressin receptor binding / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / sensory perception of touch / G alpha (s) signalling events / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / alpha-1B adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone signaling pathway / protein phosphorylated amino acid binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / angiotensin receptor binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / Ub-specific processing proteases / MAP2K and MAPK activation / hemostasis / telencephalon development / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / negative regulation of interleukin-8 production / Clathrin-mediated endocytosis / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor internalization / arrestin family protein binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / response to morphine / mitogen-activated protein kinase kinase binding / clathrin binding / positive regulation of Rho protein signal transduction / stress fiber assembly / positive regulation of systemic arterial blood pressure / pseudopodium / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / negative regulation of Notch signaling pathway / phototransduction / cellular response to hormone stimulus / activation of adenylate cyclase activity / clathrin-coated pit / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of vasoconstriction / negative regulation of protein ubiquitination / response to cytokine / GTPase activator activity / positive regulation of protein ubiquitination / nuclear estrogen receptor binding / phosphoprotein binding / G protein-coupled receptor binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / endocytosis / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of protein phosphorylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / G alpha (s) signalling events / regulation of apoptotic process / dendritic spine / negative regulation of neuron apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / transcription coactivator activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / postsynaptic density / endosome / protein ubiquitination / G protein-coupled receptor signaling pathway / response to xenobiotic stimulus / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #840 / Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain ...Immunoglobulin-like - #840 / Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROLINE / Beta-arrestin-1 / Vasopressin V2 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Shukla, A.K. / Manglik, A. / Kruse, A.C. / Xiao, K. / Reis, R.I. / Tseng, W.C. / Staus, D.P. / Hilger, D. / Uysal, S. / Huang, L.H. ...Shukla, A.K. / Manglik, A. / Kruse, A.C. / Xiao, K. / Reis, R.I. / Tseng, W.C. / Staus, D.P. / Hilger, D. / Uysal, S. / Huang, L.H. / Paduch, M. / Shukla, P.T. / Koide, A. / Koide, S. / Weis, W.I. / Kossiakoff, A.A. / Kobilka, B.K. / Lefkowitz, R.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structure of active beta-arrestin-1 bound to a G-protein-coupled receptor phosphopeptide.
著者: Shukla, A.K. / Manglik, A. / Kruse, A.C. / Xiao, K. / Reis, R.I. / Tseng, W.C. / Staus, D.P. / Hilger, D. / Uysal, S. / Huang, L.Y. / Paduch, M. / Tripathi-Shukla, P. / Koide, A. / Koide, S. ...著者: Shukla, A.K. / Manglik, A. / Kruse, A.C. / Xiao, K. / Reis, R.I. / Tseng, W.C. / Staus, D.P. / Hilger, D. / Uysal, S. / Huang, L.Y. / Paduch, M. / Tripathi-Shukla, P. / Koide, A. / Koide, S. / Weis, W.I. / Kossiakoff, A.A. / Kobilka, B.K. / Lefkowitz, R.J.
履歴
登録2013年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-arrestin-1
H: Fab30 heavy chain
L: Fab30 light chain
V: Vasopressin V2 receptor phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,11213
ポリマ－97,5544
非ポリマー5589
水1,946108
1
A: Beta-arrestin-1
V: Vasopressin V2 receptor phosphopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7044
ポリマ－48,6062
非ポリマー982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: Fab30 heavy chain
L: Fab30 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4089
ポリマ－48,9472
非ポリマー4617
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8820 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area35520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.840, 125.128, 144.203
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fab30 heavy chain


分子量: 25512.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 55244
#3: 抗体 Fab30 light chain


分子量: 23435.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 55244

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AV

#1: タンパク質 Beta-arrestin-1 / Arrestin beta-1


分子量: 45055.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arrb1 / プラスミド: pGEX4T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29066
#4: タンパク質・ペプチド Vasopressin V2 receptor phosphopeptide


分子量: 3550.936 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 343-371 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P30518

-
非ポリマー , 4種, 117分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17% PEG 3350, 0.1 M HEPES, 0.2 M L-proline , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 78 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月28日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.3 Å / Num. obs: 32184 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.087
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3517 / Rsym value: 0.72 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JSY, 3EFF

1jsy

3eff


解像度: 2.6→39.281 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2466 1628 5.06 %RANDOM
Rwork0.2006 ---
obs0.2029 32184 98.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.281 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5716 0 34 108 5858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045884
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7858031
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3082077
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031020
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.67650.34911380.29032465X-RAY DIFFRACTION97
2.6765-2.76290.29341280.26542543X-RAY DIFFRACTION99
2.7629-2.86160.29781290.23472550X-RAY DIFFRACTION99
2.8616-2.97610.3061410.23132517X-RAY DIFFRACTION99
2.9761-3.11150.24781370.22622546X-RAY DIFFRACTION98
3.1115-3.27550.2851350.21952536X-RAY DIFFRACTION98
3.2755-3.48060.27961330.20862538X-RAY DIFFRACTION99
3.4806-3.74910.27881370.20932547X-RAY DIFFRACTION98
3.7491-4.1260.21871360.1932565X-RAY DIFFRACTION99
4.126-4.72220.20721330.15612568X-RAY DIFFRACTION98
4.7222-5.94620.20131340.17762588X-RAY DIFFRACTION98
5.9462-39.28590.24391470.2032593X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.35020.4039-1.34863.6581-0.10128.8514-0.23580.79060.1699-0.36460.0801-0.3286-0.8796-0.33790.12470.48930.05880.08560.66330.08260.497614.934820.6609-8.4813
23.4465-0.2493-1.6742.0380.25747.64270.07470.25220.65840.0719-0.0286-0.2821-0.72250.4282-0.03340.63320.0705-0.03570.38570.1530.66817.775523.3378-1.34
30.87820.5926-0.85625.5785-2.89594.24170.07430.09970.10710.3223-0.3398-0.1628-0.43740.11910.25460.33260.0515-0.05210.4007-0.06940.489111.67565.599911.682
41.31820.7849-0.8226.5054-1.51834.1510.10330.0486-0.22690.6425-0.28130.08830.3908-0.27320.10150.4391-0.02670.00970.387-0.09580.49523.8872-11.037825.8458
50.59990.7907-0.72952.187-2.68138.7392-0.10260.03940.03940.2477-0.0669-0.0582-0.4329-0.30880.17610.28550.0759-0.00220.3083-0.11840.49355.08530.029720.1247
64.52930.9291-2.9654.84530.60916.44580.05990.55990.178-0.501-0.2341-0.4131-0.41760.76520.33180.42470.06030.12490.2278-0.09150.540411.1719-4.57099.2701
72.0231.62982.18532.05580.83619.3727-0.27031.304-1.90410.25060.08380.47010.9928-1.4355-0.0830.7214-0.35450.00181.1622-0.19440.6733-20.9955-14.8289-6.7479
86.05541.3494.34561.89210.24446.9657-0.09970.8377-0.206-0.26540.16450.1060.2557-0.852-0.10130.3892-0.04510.0331.0578-0.09630.4728-13.2816-5.267-3.8382
95.35662.01344.70121.3631.77144.3145-0.52321.1875-0.297-0.190.2035-0.06241.0895-1.695-0.0780.3222-0.1684-0.11881.8865-0.15210.4886-20.7297-8.8197-3.3694
104.1362.2796.35593.5132.87484.95090.251-0.6158-0.8053-0.2310.101-0.07110.8311-0.7016-0.26860.7132-0.24460.04861.1385-0.13450.6402-15.51-14.7965-13.6196
119.0664-4.16580.55462.1184-3.02368.04120.6496-2.1022-1.80010.3449-0.22720.18860.7795-0.3906-0.57760.9554-0.4903-0.07751.3631-0.00760.9885-25.6377-27.5932-24.4263
122.0503-8.2978-1.76811.99842.31999.50.41630.1874-3.2930.648-0.65340.62813.00552.38050.17481.74540.3637-0.16451.37740.07081.5043-14.3784-33.9784-27.7746
136.52561.35131.53279.12745.67269.1280.5002-0.1877-1.0557-0.28280.05890.21591.07160.2883-0.50560.9811-0.2056-0.00250.7518-0.09660.8944-24.3609-26.8788-30.0581
142.29986.80569.42827.20481.42941.99571.6624-1.0689-1.60171.9199-0.1789-0.87122.5353-0.817-1.36361.2903-0.233-0.08161.12360.02231.1955-26.4262-34.13-20.9416
152.13971.0619-1.11955.08970.47386.8515-0.38490.8705-0.2743-1.1240.5156-0.54180.2021-0.2453-0.1720.6923-0.12730.17521.2071-0.22670.5498-0.4952-2.7111-22.8464
166.8582.46430.58838.04431.24936.7569-0.47250.9992-0.3996-0.84850.3888-0.09030.8053-0.78210.08650.6817-0.15870.13841.1385-0.10550.4736-4.2124-4.1952-21.3073
174.60665.72397.55932.08059.28932.072-0.09640.5331-1.2902-1.42040.0155-0.7929-0.3948-1.48060.10221.6751-0.2440.21491.7821-0.24910.7628-6.3708-17.2767-40.1424
184.1862-4.5522-1.75.23981.46756.8541.8367-0.5501-4.1686-0.06460.1821-0.10780.24050.2732-1.2491.9762-0.8206-0.35581.7842-0.86421.4843-31.5088-31.4066-37.2354
192.12936.8266-0.35926.4722-0.11860.2085-0.83722.3682-0.6093-0.52830.3789-0.11920.2651-0.84610.42921.2025-0.26640.15131.3595-0.310.8063-19.9694-21.1607-40.3132
202.08862.70286.58257.8056-1.56097.7063-0.45154.38640.68740.39750.70091.05090.21030.4088-0.50141.1279-0.29340.03011.4477-0.02120.8207-29.7127-18.4873-39.4725
211.9878-5.45652.61852.0259-1.21092.0303-1.1933-1.20590.3808-0.39182.6738-2.39770.16692.0553-1.63831.1107-0.08050.03421.3199-0.45521.0941-9.385-21.3062-34.3994
221.98828.57751.92489.7057-6.32439.4997-0.52782.9374-0.24780.31881.4460.636-0.2205-1.1204-0.73581.0171-0.0207-0.18681.0592-0.17680.985-37.2558-24.4435-39.2097
232.00041.99951.999921.99982.0003-1.911-26.85354.25279.4686-0.6977-3.9001-2.291-2.21992.53360.91770.3063-0.08541.9981-0.23470.9084-3.65283.9578-6.3129
243.4943-1.341-3.84918.46836.53613.0384-0.16270.61860.00590.5524-0.39720.09460.0306-0.11370.550.76860.2873-0.1290.80340.13370.48546.459421.3351-5.0694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 6:52 )A6 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 53:117 )A53 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 118:213 )A118 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 214:274 )A214 - 274
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 275:342 )A275 - 342
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 343:361 )A343 - 361
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 5:20 )H5 - 20
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 21:76 )H21 - 76
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN H AND RESID 77:94 )H77 - 94
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN H AND RESID 95:146 )H95 - 146
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN H AND RESID 147:164 )H147 - 164
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN H AND RESID 165:175 )H165 - 175
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN H AND RESID 176:204 )H176 - 204
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN H AND RESID 205:223 )H205 - 223
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN L AND RESID 1:76 )L1 - 76
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN L AND RESID 77:103 )L77 - 103
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN L AND RESID 104:114 )L104 - 114
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN L AND RESID 115:129 )L115 - 129
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN L AND RESID 130:148 )L130 - 148
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN L AND RESID 149:164 )L149 - 164
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN L AND RESID 165:175 )L165 - 175
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN L AND RESID 176:190 )L176 - 190
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN L AND RESID 303:303 )L303
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN V AND RESID 346:368 )V346 - 368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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