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- PDB-4jq6: Crystal structure of blue light-absorbing proteorhodopsin from Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jq6
タイトルCrystal structure of blue light-absorbing proteorhodopsin from Med12 at 2.3 Angstrom
要素Proteorhodopsin
キーワードPROTON TRANSPORT / retinylidene protein / ion transport
機能・相同性
機能・相同性情報


light-activated monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Proteorhodopsin / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LI1 / RETINAL / Proteorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Ozorowski, G. / Luecke, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Cross-protomer interaction with the photoactive site in oligomeric proteorhodopsin complexes.
著者: Ran, T. / Ozorowski, G. / Gao, Y. / Sineshchekov, O.A. / Wang, W. / Spudich, J.L. / Luecke, H.
履歴
登録2013年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Other
改定 1.22013年10月23日Group: Database references
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteorhodopsin
B: Proteorhodopsin
C: Proteorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8088
ポリマ－77,6763
非ポリマー2,1325
水75742
1
A: Proteorhodopsin
B: Proteorhodopsin
C: Proteorhodopsin
ヘテロ分子

A: Proteorhodopsin
B: Proteorhodopsin
C: Proteorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,61616
ポリマ－155,3526
非ポリマー4,26310
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area15020 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area50000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.267, 101.952, 87.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Proteorhodopsin


分子量: 25892.064 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: Proteorhodopsin / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q4PP54
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT


分子量: 639.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H86O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.49 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: Crystals were grown using the bicelle method. The crystallization buffer was 32% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 100 mM sodium acetate pH 4.5 and 20 mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→38.01 Å / Num. obs: 28615 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.3-2.4340.7171.93562190.1
7.29-38.015.20.03431.6957198.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: proteorhodopsin mutant D97N from HOT75

解像度: 2.31→21.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 8.384 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26596 1454 5.1 %RANDOM
Rwork0.20795 ---
obs0.21087 27109 98.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.863 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0 Å2-0.02 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→21.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4816 0 81 42 4939
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.025057
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4821.9316913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9045590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.05722.969192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.24915735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.303159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.2770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023785
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.312→2.371 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 98 -
Rwork0.336 1605 -
obs--83.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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