PDB-4jpp: Bacteriophage phiX174 H protein residues 143-282

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jpp

タイトル

Bacteriophage phiX174 H protein residues 143-282

要素

Minor spike protein H

キーワード

VIRAL PROTEIN / helical barrel / tail tube / pilot DNA during phage infection

機能・相同性

Minor spike protein / Microvirus H protein (pilot protein) / lipopolysaccharide-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / symbiont entry into host cell / identical protein binding / Minor spike protein H

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage phiX174 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Sun, L. / Young, L.N. / Boudko, S.B. / Fokine, A. / Zhang, X. / Rossmann, M.G. / Fane, B.A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Icosahedral bacteriophage ΦX174 forms a tail for DNA transport during infection.
著者: Lei Sun / Lindsey N Young / Xinzheng Zhang / Sergei P Boudko / Andrei Fokine / Erica Zbornik / Aaron P Roznowski / Ian J Molineux / Michael G Rossmann / Bentley A Fane /

要旨: Prokaryotic viruses have evolved various mechanisms to transport their genomes across bacterial cell walls. Many bacteriophages use a tail to perform this function, whereas tail-less phages rely on ...

履歴

登録	2013年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月15日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月22日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jpp.cif.gz	260.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jpp.ent.gz	215.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jpp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/4jpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/4jpp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jpnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n2g-d 1z2b-d 3hkd-d 6tiy-d 6tde-d 3n2k-d 4eb6-d 6ls4-d 3e22-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Minor spike protein H

B: Minor spike protein H

C: Minor spike protein H

D: Minor spike protein H

E: Minor spike protein H

79.8 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Minor spike protein H

B: Minor spike protein H

C: Minor spike protein H

D: Minor spike protein H

E: Minor spike protein H

A: Minor spike protein H

B: Minor spike protein H

C: Minor spike protein H

D: Minor spike protein H

E: Minor spike protein H

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.699, 68.699, 372.596
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Minor spike protein H / H protein / Pilot protein 分子量: 15953.647 Da / 分子数: 5 / 断片: coiled coil domain (UNP residues 143-282) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage phiX174 (ファージ) 遺伝子: H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03646
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10-15% w/v PEG8000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 20% w/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.00718 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00718 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 36540 / Num. obs: 35261 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 4.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.49	5.6	0.327	1	99.5
2.49-2.59	6.3	0.296	1	99.7
2.59-2.7	7.1	0.228	1	99.2
2.7-2.85	7.1	0.184	1	99
2.85-3.02	7.1	0.128	1	98.6
3.02-3.26	7	0.099	1	97.8
3.26-3.59	7	0.087	1	97.9
3.59-4.1	6.7	0.065	1	94.9
4.1-5.16	6.6	0.062	1	87.9
5.16-30	6.4	0.049	1	91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Locally	modified Blu-Ice GUI interface to EPICS control	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→8 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 2 / 位相誤差: 29.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2901	1627	4.97 %	RANDOM
R_work	0.2454	-	-	-
obs	0.2477	32710	92.83 %	-
all	-	35261	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5027	0	0	518	5545

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5054
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.322	6773
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.481	1999
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	917

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4686	0.3017	136	0.2502	2532	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4686-2.5458	0.2879	149	0.2416	2568	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5458-2.6337	0.312	129	0.2394	2599	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6337-2.7351	0.3364	125	0.2476	2615	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7351-2.8541	0.2786	145	0.2545	2620	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8541-2.9971	0.3058	119	0.2503	2598	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9971-3.1738	0.3102	143	0.2475	2581	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1738-3.4012	0.286	136	0.248	2632	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4012-3.7121	0.2526	156	0.2323	2566	X-RAY DIFFRACTION	93
3.7121-4.1808	0.2916	127	0.2197	2575	X-RAY DIFFRACTION	91
4.1808-5.0384	0.2717	127	0.2351	2413	X-RAY DIFFRACTION	84
5.0384-7.9999	0.306	135	0.2985	2784	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3348	0.2974	1.1174	0.284	0.7845	4.7469	0.1676	0.4131	0.0091	-0.1348	-0.043	0.0586	0.4705	-0.2611	-0.117	0.6185	0.0943	0.0144	0.8893	-0.1497	0.2945	-3.6056	-50.7317	-11.4726
2	0.186	0.2563	0.5923	1.3093	0.4296	2.0614	0.0671	0.2987	0.0389	-0.3629	0.0341	0.1623	0.1807	-0.548	-0.0856	0.5533	0.0383	-0.0205	1.0121	-0.1272	0.2575	-12.3075	-45.2744	-12.2197
3	0.5138	0.4073	0.5014	0.5783	0.4348	0.7947	-0.0428	0.1554	0.0552	0.0964	0.0684	-0.0415	-0.1096	-0.0015	0.0924	0.671	0.0085	0.0214	-0.0569	-0.0535	0.272	-4.0973	-26	76.5504
4	0.0593	0.2827	0.1211	1.3707	-0.2675	7.4968	0.0847	0.4264	0.1452	-0.4465	0.0301	0.1676	0.0413	-0.4512	-0.1046	0.4549	0.0965	-0.0246	1.0812	-0.0718	0.25	-16.4324	-36.0253	-10.7901
5	0.3735	0.0783	0.2179	0.5879	0.1561	0.2313	-0.0661	0.2383	0.1338	0.1414	-0.0161	-0.0539	-0.0322	-0.0444	0.1396	0.7394	0.0189	0.0131	-0.1563	-0.0222	0.2184	0.3796	-24.3082	74.2981
6	0.0463	0.1228	0.3186	0.6028	-0.6375	8.4806	0.112	0.4917	0.2098	-0.1726	-0.0676	0.0361	-0.0245	-0.3944	-0.0616	0.4524	0.182	-0.0051	1.0772	0.1097	0.301	-14.2816	-25.6294	-11.6064
7	0.2214	-0.0954	-0.0274	0.6383	-0.0764	0.1281	-0.0993	0.1499	0.0313	0.1056	0.0233	-0.067	-0.011	-0.0626	0.0646	0.7179	0.0358	0.0172	-0.0974	0.0385	0.2466	6.5109	-27.8968	77.0001
8	0.0558	0.1951	-0.2753	0.6582	-1.0473	4.0295	0.1055	0.4439	0.0945	-0.1407	-0.0088	-0.0566	-0.5004	0.036	-0.0858	0.5825	0.1784	0.0147	0.977	0.1362	0.2972	-6.8994	-18.9994	-9.1166
9	0.241	0.2523	0.0626	1.046	0.5032	0.5843	0.02	0.0249	0.0145	0.0542	0.0483	-0.1145	0.0635	-0.0101	-0.0447	0.6525	0.0173	0.0485	-0.06	-0.0569	0.2707	-8.6561	-30.3888	75.7923
10	0.1897	-0.0082	0.081	0.5331	-0.0039	0.4229	0.0554	0.033	-0.0271	0.0525	0.1065	0.0827	-0.0136	-0.0555	-0.0904	0.7225	-0.0309	-0.0145	-0.0351	0.0596	0.2626	9.4899	-31.6096	74.373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 148 through 192 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 148 through 191 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 196 through 271 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 149 through 192 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 196 through 268 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 148 through 192 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 196 through 272 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 151 through 192 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 196 through 270 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 196 through 268 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)