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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jof | ||||||
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タイトル | CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptide L-iCAL36 (ANSRLPTSII) | ||||||
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![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ / CFTR Associated Ligand / CAL / PIST / FIG | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / trans-Golgi network transport vesicle / molecular sequestering activity / apical protein localization / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / trans-Golgi network transport vesicle / molecular sequestering activity / apical protein localization / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / Golgi membrane / lysosomal membrane / dendrite / Golgi apparatus / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Amacher, J.F. / Madden, D.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Stereochemical Preferences Modulate Affinity and Selectivity among Five PDZ Domains that Bind CFTR: Comparative Structural and Sequence Analyses. 著者: Amacher, J.F. / Cushing, P.R. / Brooks, L. / Boisguerin, P. / Madden, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4joeC ![]() 4jogC ![]() 4johC ![]() 4jojC ![]() 4jokC ![]() 4jopC ![]() 4jorC ![]() 4k6yC ![]() 4k72C ![]() 4k75C ![]() 4k76C ![]() 4k78C ![]() 4e34S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9353.722 Da / 分子数: 2 / 断片: CAL PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1072.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.83 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.95 詳細: 36% (w/v) polyethylene glycol (PEG)8000, 0.2 M sodium chloride, 0.01 M tris(hydroxymethyl)aminomethane (Tris) hydrochloride (HCl), pH 7.95, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: S1 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→34.01 Å / Num. all: 53479 / Num. obs: 53402 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4.24 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 20.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4E34 (CAL PDZ domain bound to iCAL36 peptide) 解像度: 1.2→34.01 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: Omit map / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.1 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.85 Å2 / ksol: 0.445 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→34.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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