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万見
- PDB-4jlz: Structure of porcine cGAS in complex with bound UTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jlz
タイトルStructure of porcine cGAS in complex with bound UTP
要素Uncharacterized protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / nucleosome binding / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response ...2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / nucleosome binding / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cAMP-mediated signaling / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / innate immune response / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Beta Polymerase; domain 2 ...Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Civril, F. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural mechanism of cytosolic DNA sensing by cGAS
著者: Civril, F. / Deimling, T. / Mann, C.C.O. / Ablasser, A. / Moldt, M. / Witte, G. / Hornung, V. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2013年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0928
ポリマ－84,9442
非ポリマー1,1486
水4,954275
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0464
ポリマ－42,4721
非ポリマー5743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0464
ポリマ－42,4721
非ポリマー5743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.560, 97.693, 106.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 42472.164 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 135-495 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: MB21D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3LM39
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONFLICTS (ASP 268 AND THR 269) ARE DUE TO POLYMORPHISM AS IT IS NATURALLY OCCURRING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→46.9 Å / Num. obs: 72224

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→44.556 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2066 3594 4.98 %
Rwork0.1719 --
obs0.1736 72224 95.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→44.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5878 0 62 275 6215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2398329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4892370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061053
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.27-2.29960.30611120.2935219480
2.2996-2.33110.31241370.263266697
2.3311-2.36440.30941410.2492265298
2.3644-2.39970.28511410.2388267897
2.3997-2.43720.28571440.2334275698
2.4372-2.47710.28841420.23269098
2.4771-2.51980.31341370.2283267098
2.5198-2.56560.28041340.2138269498
2.5656-2.6150.23061460.2088272298
2.615-2.66840.24861370.2046264196
2.6684-2.72640.22051420.1922265296
2.7264-2.78980.26741410.1951266696
2.7898-2.85950.19361410.1806267697
2.8595-2.93680.23021410.1876267898
2.9368-3.02320.21231380.1806271298
3.0232-3.12080.22361440.1767272298
3.1208-3.23230.20821410.1721269697
3.2323-3.36170.22921420.1613266197
3.3617-3.51460.19071330.1663263195
3.5146-3.69980.20461340.1615250792
3.6998-3.93150.15921350.1456259794
3.9315-4.23490.19741390.1437261595
4.2349-4.66060.16721360.1302260295
4.6606-5.33410.15721370.1322259494
5.3341-6.71660.17491360.1835263095
6.7166-44.56410.19671430.1678262896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5867-0.2687-0.20262.0144-0.93152.7172-0.00840.47840.2135-0.1305-0.1016-0.323-0.11370.12680.10320.2028-0.0162-0.0040.26430.04720.2623-22.0812-10.938-1.2014
28.033-0.7199-1.93242.2476-0.47152.21630.00960.32410.9767-0.1386-0.1352-0.339-0.38190.15940.08610.2622-0.076-0.00570.32520.10810.3108-28.4169-0.2387-4.4688
32.88931.337-1.38694.7156-2.34672.8135-0.1030.38880.30380.01030.0171-0.2596-0.1138-0.10790.11670.10370.0047-0.01080.18820.03460.2257-13.8321-19.66445.236
43.2884-0.8136-1.19362.11731.39292.788-0.013-0.28920.41140.23820.0642-0.2597-0.20090.1703-0.04450.1874-0.0051-0.06740.1509-0.01820.1748-21.4355-15.878823.0256
51.9450.268-0.31874.5887-2.48614.4461-0.04260.0618-0.0059-0.07720.1234-0.08250.09630.1195-0.00110.20770.0478-0.04720.1805-0.07250.1878-45.5093-2.474317.2059
62.63690.18941.66611.56560.36373.642-0.071-0.5825-0.02440.4350.03330.30290.004-0.66310.02060.27190.04780.0320.2723-0.00980.2716-61.5835-6.045624.386
71.09250.0593-0.45573.14011.17072.19160.08740.0610.1697-0.263-0.1790.2636-0.5866-0.19150.07910.26010.0402-0.08910.2049-0.02330.19-58.219210.48934.6566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 135 through 247 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 248 through 303 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 304 through 382 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 383 through 497 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resid 135 through 199 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resid 200 through 365 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resid 366 through 497 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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