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- PDB-4jlq: Crystal structure of human Karyopherin-beta2 bound to the PY-NLS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jlq
タイトルCrystal structure of human Karyopherin-beta2 bound to the PY-NLS of Saccharomyces cerevisiae NAB2
要素
  • Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2
  • Transportin-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HEAT REPEATS / KARYOPHERIN / NUCLEAR IMPORT / PROTEINTRANSPORT / IMPORTIN / TRANSPORTIN / NLS / NAB2 / Structural genomics / NUCLEOCYTOPLASMIC TRANSPORT: A TARGET FOR CELLULAR CONTROL (NPCXSTALS) / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / PSI-Biology / NPCXstals
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosome-depend formation of circular RNA / ribonuclease P RNA binding / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Intraflagellar transport / 7S RNA binding / poly(A) binding / nuclear localization sequence binding / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity ...spliceosome-depend formation of circular RNA / ribonuclease P RNA binding / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Intraflagellar transport / 7S RNA binding / poly(A) binding / nuclear localization sequence binding / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / poly(A)+ mRNA export from nucleus / regulation of mRNA stability / small GTPase binding / protein import into nucleus / 5S rRNA binding / tRNA binding / cilium / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear abundant poly(A) RNA-binding protein Nab2, N-terminal / Nuclear polyadenylated RNA-binding 2 protein, CCCH zinc finger 1 / Nab2/ZC3H14, N-terminal domain superfamily / : / : / Nuclear abundant poly(A) RNA-bind protein 2 (Nab2) / Nuclear polyadenylated RNA-binding 2 protein CCCH zinc finger 1 / RNA-binding, Nab2-type zinc finger / Nab2-type CCCH zinc finger 4 / Nuclear polyadenylated RNA-binding protein Nab2/ZC3H14 ...Nuclear abundant poly(A) RNA-binding protein Nab2, N-terminal / Nuclear polyadenylated RNA-binding 2 protein, CCCH zinc finger 1 / Nab2/ZC3H14, N-terminal domain superfamily / : / : / Nuclear abundant poly(A) RNA-bind protein 2 (Nab2) / Nuclear polyadenylated RNA-binding 2 protein CCCH zinc finger 1 / RNA-binding, Nab2-type zinc finger / Nab2-type CCCH zinc finger 4 / Nuclear polyadenylated RNA-binding protein Nab2/ZC3H14 / RNA-binding, Nab2-type zinc finger / Importin beta family / HEAT-like repeat / HEAT repeat / HEAT repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2 / Transportin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Gizzi, A. / Rout, M.P. / Chook, Y.M. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Nucleocytoplasmic Transport: a Target for Cellular Control (NPCXstals)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of human Karyopherin beta 2 bound to the PY-NLS of Saccharomyces cerevisiae Nab2.
著者: Soniat, M. / Sampathkumar, P. / Collett, G. / Gizzi, A.S. / Banu, R.N. / Bhosle, R.C. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / ...著者: Soniat, M. / Sampathkumar, P. / Collett, G. / Gizzi, A.S. / Banu, R.N. / Bhosle, R.C. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Love, J.D. / Matikainen, B. / Seidel, R.D. / Toro, R. / Rajesh Kumar, P. / Bonanno, J.B. / Chook, Y.M. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年4月3日ID: 4H1K
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transportin-1
B: Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7902
ポリマ－100,7902
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area37360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.234, 172.383, 68.443
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a 1:1 complex of HsKapBeta2 and ScNAB2-PY-NLS

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要素

#1: タンパク質 Transportin-1 / Importin beta-2 / Karyopherin beta-2 / M9 region interaction protein / MIP


分子量: 96766.773 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 9-331 and 375-898 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNB2, MIP1, TNPO1, TRN / プラスミド: pGEX-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q92973
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear polyadenylated RNA-binding protein NAB2


分子量: 4023.457 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 205-242 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NAB2, YGL122C / プラスミド: pGEX-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: P32505
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT RESIDUES 337 TO 367 WERE REPLACED WITH GGSGGSG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PROTEIN (20 MM HEPES, PH 7.3, 110 MM POTASSIUM ACETATE, 2MM MAGNESIUM ACETATE, 20% GLYCEROL, 2MM DTT); RESERVOIR (MCSG3 #95: 0.7 M SODIUM CITRATE TRIBASIC, 100MM ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PROTEIN (20 MM HEPES, PH 7.3, 110 MM POTASSIUM ACETATE, 2MM MAGNESIUM ACETATE, 20% GLYCEROL, 2MM DTT); RESERVOIR (MCSG3 #95: 0.7 M SODIUM CITRATE TRIBASIC, 100MM BIS-TRISPROPANTE pH 7.0); CRYOPROTECTION (20% GLYCEROL), temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 30914 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique all: 1536 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0025精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QMR and 4FDD

2qmr

4fdd


解像度: 3.05→47.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 15.868 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.007 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1538 5 %RANDOM
Rwork0.1841 ---
obs0.1867 30636 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 195.84 Å2 / Biso mean: 104.7336 Å2 / Biso min: 61.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.82 Å20 Å20 Å2
2--2.89 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6733 0 0 0 6733
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196877
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.9769344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.847315401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5825844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.32725.146309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.59151224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1631532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021506
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 127 -
Rwork0.318 2097 -
all-2224 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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