PDB-4jla: Crystal Structure of Adenylate kinase with 2 ADP's in the active site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jla

タイトル

Crystal Structure of Adenylate kinase with 2 ADP's in the active site

要素

Adenylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / ADP binding / phosphoryl transfer reaction

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate metabolic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Cho, Y.-J. / Kern, D.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The energy landscape of adenylate kinase during catalysis.
著者: Kerns, S.J. / Agafonov, R.V. / Cho, Y.J. / Pontiggia, F. / Otten, R. / Pachov, D.V. / Kutter, S. / Phung, L.A. / Murphy, P.N. / Thai, V. / Alber, T. / Hagan, M.F. / Kern, D.

履歴

登録	2013年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月28日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jla.cif.gz	182.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jla.ent.gz	147.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jla.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4jla_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4jla_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4jla_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	4jla_validation.cif.gz	27.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/4jla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/4jla	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sr0C 4cf7C 4jkyC 4jl5C 4jl6C 4jl8C 4jlbC 4jldC 4jloC 4jlpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jky-2 3aky-d 4jl8-1 4jlp-2 1s3g-d 4nu0-2 3sr0-2 4jlp-1 4jky-1 4typ-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenylate kinase

B: Adenylate kinase

ヘテロ分子

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Adenylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.940, 73.890, 87.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase 分子量: 22982.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: adk, aq_078 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66490, adenylate kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.92 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.1M Sodium Acetate trihydrate, 0.2M Ammonium Acetate, 30% w/v Polyethylene Glycol 4000 , pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.12→43.9 Å / Num. all: 150661 / Num. obs: 23143 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 31.37 Å² / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.12-2.23	1.8	1	99.9
6.7-43.9	18	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_860	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.12→43.9 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.8041 / SU ML: 0.62 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2562	1167	5.09 %
R_work	0.1857	-	-
obs	0.1892	22909	90.39 %
all	-	24076	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.497 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.03 Å² / B_iso mean: 38.9068 Å² / B_iso min: 13.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.6933 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	13.9019 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.2086 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→43.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3236	0	108	227	3571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3436
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	4657
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	585
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.088	1371

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.12-2.2165	0.286	184	0.2086	2913	3097	100
2.2165-2.3334	0.4507	105	0.288	2000	2105	68
2.3334-2.4795	0.296	167	0.2115	2956	3123	100
2.4795-2.671	0.3321	133	0.2287	2705	2838	100
2.671-2.9397	0.3317	159	0.2001	2725	2884	100
2.9397-3.365	0.2647	150	0.196	3009	3159	100
3.365-4.2389	0.2262	115	0.1635	2240	2355	74
4.2389-43.9094	0.184	154	0.1549	3194	3348	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9839	-0.3524	-0.1162	2.0578	0.1294	2.9804	-0.0109	0.0473	-0.1844	-0.1327	-0.0476	0.1425	0.1364	-0.3327	0.0321	0.1187	-0.0071	0.015	0.162	0.0039	0.1764	13.9493	-8.8921	-7.2495
2	3.2252	-0.8466	-0.8027	3.1119	-1.3902	3.4652	-0.3451	-0.6856	-0.4393	0.3496	0.1614	-0.2588	-0.0876	0.4266	0.0882	0.137	-0.003	0.0481	0.2997	0.0755	0.2085	32.6451	-3.1262	-1.7644
3	3.1981	0.1412	-0.4264	3.2178	-0.6034	2.5059	-0.1102	0.4989	0.2916	-0.3283	0.036	-0.143	-0.3885	0.003	0.0315	0.1847	-0.0306	0.009	0.1566	0.0315	0.1811	20.8981	0.1364	-12.9242
4	2.9971	0.222	0.3136	1.8564	-0.2869	5.5444	0.0426	-0.0601	0.2292	0.0567	-0.1083	0.0229	-0.3973	0.0449	0.0621	0.115	0.045	-0.0154	0.1334	0.0206	0.1475	12.2264	0.4186	-6.652
5	2.9579	-0.1122	1.0737	4.3635	0.6971	2.6894	0.2202	-0.326	-0.5647	0.3813	-0.031	-0.298	0.4327	0.0729	-0.1658	0.1998	0.0408	-0.0291	0.2974	0.0663	0.2714	20.3705	-14.2128	8.3553
6	2.9081	0.4197	0.1047	2.2441	-0.484	2.4946	0.0379	-0.1341	0.5441	0.3506	0.0558	0.2727	-0.4312	-0.3392	-0.0303	0.1999	0.0552	0.0223	0.1485	-0.0097	0.2123	10.8055	4.4511	-1.2299
7	3.3792	0.5898	-1.4059	4.2013	-3.2982	4.1358	-0.148	-0.018	-0.1062	-0.2324	0.3403	0.2055	0.1306	-1.3084	-0.234	0.1684	-0.017	-0.0305	0.2808	0.0161	0.3146	2.0263	-10.4255	-5.1873
8	1.3268	1.6615	-0.3954	2.5982	-1.8775	3.8073	0.0196	0.1607	0.0978	-0.2082	0.0832	0.2584	-0.001	-0.4079	0.0771	0.187	0.0072	0.0362	0.2922	-0.1394	0.2088	13.0351	-30.6933	-23.643
9	2.3198	-0.4363	1.0275	2.7684	-0.2851	3.3872	-0.1893	0.4204	-0.6095	-0.2897	0.1376	0.5927	-0.168	-0.5903	0.1345	0.1774	-0.0787	0.0155	0.4159	-0.1297	0.2774	14.6119	-37.3897	-29.6197
10	2.0529	0.0554	0.0458	3.723	1.0892	5.1938	-0.1093	-0.0287	-0.2551	0.0139	-0.2313	-0.1387	-0.077	0.0471	0.2778	0.1138	0.007	0.0828	0.2981	0.0008	0.2111	29.9761	-39.0849	-25.5765
11	4.4382	0.4277	-1.4798	2.8556	0.3008	1.871	0.087	0.6651	-0.0072	-0.4902	-0.0703	0.171	-0.131	-0.2084	0.0665	0.1267	0.035	0.0121	0.1706	-0.1136	0.1115	22.3082	-27.7404	-29.1064
12	1.4292	-0.6694	0.5179	3.6561	0.4108	2.063	0.0396	0.0699	0.046	0.1636	-0.1241	0.3705	-0.301	-0.1668	0.0894	0.1615	-0.0024	-0.0055	0.2405	-0.1044	0.1494	16.6034	-28.4595	-21.9304
13	4.6554	-1.3289	-0.2428	4.2457	4.9554	6.1876	0.5374	1.1105	-0.6535	-0.7631	-0.264	-0.0329	0.4662	0.0944	0.2593	1.0666	-0.0149	0.2349	0.4845	-0.1499	0.4738	12.3037	-49.0075	-24.352
14	3.7077	-1.6438	1.4351	3.9063	1.8635	2.5232	0.0894	-0.0598	-1.1771	-0.5374	-0.0978	0.3332	0.6691	-0.372	0.0253	0.6523	-0.1995	0.0771	0.3056	-0.0473	0.4761	9.0263	-48.4214	-16.0001
15	1.9549	-1.0756	0.2105	6.5762	-2.4821	3.5315	-0.0443	-0.2539	0.0436	0.543	-0.2507	-0.3434	-0.1894	0.2734	0.2471	0.2124	-0.0731	0.0587	0.3103	-0.0698	0.166	22.1924	-28.3076	-14.3105
16	5.7216	2.9529	1.105	2.4713	1.07	4.4469	0.1135	0.0289	0.227	0.1489	-0.4224	0.7818	-0.0758	-1.2493	0.134	0.2263	0.0308	0.0316	0.4329	-0.1791	0.4631	4.1183	-26.1989	-21.2536

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:34)	A	1 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 35:63)	A	35 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 64:94)	A	64 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 95:119)	A	95 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 120:160)	A	120 - 160
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 161:190)	A	161 - 190
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 191:203)	A	191 - 203
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 1:18)	B	1 - 18
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 19:37)	B	19 - 37
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 38:73)	B	38 - 73
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 74:92)	B	74 - 92
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 93:125)	B	93 - 125
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 126:133)	B	126 - 133
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 134:151)	B	134 - 151
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 152:181)	B	152 - 181
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 182:203)	B	182 - 203

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)