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- PDB-4jkr: Crystal Structure of E. coli RNA Polymerase in complex with ppGpp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jkr
タイトルCrystal Structure of E. coli RNA Polymerase in complex with ppGpp
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • RNA polymerase sigma factor RpoD
キーワードTRANSCRIPTION / transferase / RNA polymerase / transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat ...sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 ...RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / STRONTIUM ION / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / : / : / : / : / RNA polymerase sigma factor RpoD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Zuo, Y. / Wang, Y. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: The mechanism of E. coli RNA polymerase regulation by ppGpp is suggested by the structure of their complex.
著者: Zuo, Y. / Wang, Y. / Steitz, T.A.
履歴
登録2013年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT BETA'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor RpoD
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
J: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT BETA'
K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
L: RNA polymerase sigma factor RpoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)927,76926
ポリマ－925,60012
非ポリマー2,16914
水00
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT BETA'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor RpoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,06015
ポリマ－462,8006
非ポリマー1,2609
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area42630 Å2
ΔGint-319 kcal/mol
Surface area167580 Å2
手法PISA
2
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
J: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT BETA'
K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
L: RNA polymerase sigma factor RpoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)463,70911
ポリマ－462,8006
非ポリマー9095
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41220 Å2
ΔGint-246 kcal/mol
Surface area170520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.575, 206.164, 311.062
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.423137, -0.006192, 0.906044), (0.06276, -0.997775, 0.022491), (0.903889, 0.06638, 0.422584)-67.48786, 221.84384, 36.36831
3given(-0.443194, 0.001027, 0.896425), (0.044547, -0.998739, 0.023168), (0.895318, 0.050201, 0.442589)-69.83331, 219.64449, 37.17186
4given(0.953395, -0.294807, -0.064243), (0.299596, 0.899711, 0.317431), (-0.035781, -0.321884, 0.946103)124.17278, 5.55655, -14.73211

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABGHCIDJEK

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36558.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / DH10B / 遺伝子: ECDH10B_3470, O3O_23125, rpoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K0BPQ3, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 2011C-3493 / 遺伝子: ECDH1ME8569_3846, EcDH1_4008, O3K_23925, rpoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C9QV90, UniProt: A0A0E0Y7A2*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT BETA' / RNAP SUBUNIT BETA' / RNA POLYMERASE SUBUNIT BETA' / TRANSCRIPTASE SUBUNIT BETA'


分子量: 156537.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 2009EL-2071 / 遺伝子: BWG_3647, O3O_01425, rpoC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5A0S8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10118.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 2009EL-2071 / 遺伝子: ECDH1ME8569_3534, EcDH1_0056, O3O_25075, rpoZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QUL2, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FL

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70


分子量: 72206.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: alt, b3067, JW3039, rpoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579

-
非ポリマー , 3種, 14分子

#6: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#7: 化合物 ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp


タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N5O17P4
#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG400, 0.18M strontium chloride, 0.1M HEPES , pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→39.97 Å / Num. all: 88437 / Num. obs: 88171 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.2→39.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31802 4396 5 %RANDOM
Rwork0.24663 ---
obs0.25027 83775 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 280.907 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→39.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数58242 0 84 0 58326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01959183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9351.9879894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.94457392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.23824.1262785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8011511015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.24915546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.29089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02144252
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 308 -
Rwork0.393 6077 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.1083-0.6881-0.73296.95333.05034.9597-0.0771.25610.0342-1.61830.18950.1146-0.6029-0.2769-0.11240.6372-0.0405-0.18080.73110.23770.2562-2.10690.986-45.739
26.9972-1.6781.90345.52080.81784.8752-0.1073-0.00010.0149-0.51080.0880.43280.7267-0.21950.01920.28460.0698-0.09230.608-0.02550.24898.49660.651-33.784
37.7098-4.1668-1.188412.86462.813612.4113-0.1105-0.3054-0.9485-0.1392-0.5752.1373-0.2389-0.95810.68540.2306-0.015-0.13640.9755-0.05721.047-18.38192.811-31.959
45.8745-2.78320.4377.70392.56713.1920.48910.59480.525-1.99860.24270.6936-0.2985-0.14-0.73171.42580.263-0.27160.97940.67781.5946-22.501125.374-39.386
52.1583-0.33880.15181.8406-0.39141.37350.0610.06840.3508-0.2116-0.0669-0.2892-0.37330.28210.00590.2352-0.1420.01970.59010.1040.419120.93692.984-11.285
62.31510.7402-0.25013.30291.60332.65590.1091-0.0840.55070.1692-0.13750.6276-0.1736-0.31750.02850.16650.08570.06530.58390.02630.7494-16.36191.70314.673
76.39440.1982-2.22392.7121-0.07362.8924-0.51340.1825-1.46110.14150.154-0.6670.20740.06020.35950.07770.0727-0.04020.6545-0.16771.178221.01444.409-12.133
811.63753.3773-0.63269.4461.52353.984-0.32660.1367-0.9205-0.0783-0.1558-0.10530.7411-0.09470.48240.5044-0.1384-0.0081.0484-0.08921.1173-33.92143.1462.764
92.3975-1.7572.25474.4796-3.25187.56070.0802-0.1772-0.65720.9498-0.2963-0.06730.6270.92930.21620.65570.21370.10260.89950.27220.788136.66852.59916.74
102.94160.72241.29397.0802-0.22235.761-0.2572-0.09320.16631.52790.3318-0.0833-0.2482-0.1695-0.07450.48640.2081-0.17790.98290.09450.603740.69680.85938.741
119.4845-0.3023-3.17785.4398-1.91482.0126-0.2995-0.13222.53220.98130.7549-2.08310.2929-0.0371-0.45542.69320.0507-1.54380.7719-0.57972.047656.835101.53758.56
121.66574.05492.11919.59556.76882.9704-0.7243-1.08941.33290.8076-0.49050.084-0.565-0.91521.21471.7789-0.075-1.70992.916-1.0022.39188.723121.6748.423
131.40611.31810.36962.5626-1.64044.4607-0.5411-0.7087-0.1564-1.21670.277-0.43360.2003-0.61720.26411.3677-0.33930.46362.1110.25573.167323.283129.99234.74
141.5392-0.27840.68711.7688-0.06382.74090.205-0.0642-0.30590.4327-0.0841-0.17420.7266-0.1091-0.12090.6495-0.067-0.15790.58480.05620.7251-1.6650.46252.396
155.52070.1662-3.83512.05052.77417.7938-0.50470.87360.3747-1.05740.27031.95570.4508-1.21290.23440.47670.0076-0.73631.09950.11061.3686-110.272124.23721.627
162.0407-2.1225-0.23558.92430.83128.5223-0.0110.51680.6089-0.65830.08111.1184-0.26140.1327-0.07020.44710.0676-0.43930.9370.37581.5663-105.439155.29535.07
177.9837-0.69281.490812.14199.95448.75710.2011.75550.0519-1.0530.1946-0.4402-0.71640.4129-0.39561.2005-0.2324-0.65531.11230.1750.8651-90.921122.96212.411
1814.483-8.6294-2.38098.46293.28622.74430.07721.4902-2.0187-0.4926-0.4472.3182-0.3581-0.31610.36991.5979-0.2161-0.80841.1161-0.46171.7298-93.09389.9236.768
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272.7395-0.8452.42090.4959-1.41144.04560.2332-1.0983-0.3135-0.49530.04560.07761.4250.0355-0.27882.30160.2592-0.03331.9772-0.00752.5829-46.36890.35780.944
282.28880.55610.60722.06730.11532.0558-0.34160.28010.36630.00070.0804-0.0066-0.56420.1020.26130.849-0.0316-0.26560.6086-0.08340.571-23.481170.12363.507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 51
2X-RAY DIFFRACTION1A179 - 232
3X-RAY DIFFRACTION1A401
4X-RAY DIFFRACTION2A52 - 178
5X-RAY DIFFRACTION3B6 - 51
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11X-RAY DIFFRACTION5C517 - 831
12X-RAY DIFFRACTION5C1057 - 1241
13X-RAY DIFFRACTION5C1402
14X-RAY DIFFRACTION5D501 - 790
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16X-RAY DIFFRACTION6D343 - 500
17X-RAY DIFFRACTION6D791 - 930
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21X-RAY DIFFRACTION6C1401
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23X-RAY DIFFRACTION6E2 - 91
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27X-RAY DIFFRACTION7C832 - 891
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37X-RAY DIFFRACTION12D1154 - 1212
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39X-RAY DIFFRACTION14C1321 - 1342
40X-RAY DIFFRACTION14D10 - 342
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42X-RAY DIFFRACTION14D2002
43X-RAY DIFFRACTION14F95 - 519
44X-RAY DIFFRACTION15G6 - 51
45X-RAY DIFFRACTION15G179 - 232
46X-RAY DIFFRACTION16G52 - 178
47X-RAY DIFFRACTION17H6 - 51
48X-RAY DIFFRACTION17H179 - 232
49X-RAY DIFFRACTION18H52 - 178
50X-RAY DIFFRACTION19I3 - 28
51X-RAY DIFFRACTION19I146 - 152
52X-RAY DIFFRACTION19I445 - 455
53X-RAY DIFFRACTION19I517 - 831
54X-RAY DIFFRACTION19I1057 - 1241
55X-RAY DIFFRACTION19J501 - 790
56X-RAY DIFFRACTION20I1242 - 1320
57X-RAY DIFFRACTION20J343 - 500
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59X-RAY DIFFRACTION20J1136 - 1153
60X-RAY DIFFRACTION20J1213 - 1317
61X-RAY DIFFRACTION20J1345 - 1376
62X-RAY DIFFRACTION20I1401
63X-RAY DIFFRACTION20J1502 - 1503
64X-RAY DIFFRACTION20K2 - 91
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66X-RAY DIFFRACTION20L520 - 529
67X-RAY DIFFRACTION21I832 - 891
68X-RAY DIFFRACTION21I912 - 1056
69X-RAY DIFFRACTION22I892 - 911
70X-RAY DIFFRACTION22L530 - 613
71X-RAY DIFFRACTION23I29 - 145
72X-RAY DIFFRACTION23I456 - 516
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74X-RAY DIFFRACTION24I338 - 444
75X-RAY DIFFRACTION25I226 - 337
76X-RAY DIFFRACTION26J1154 - 1212
77X-RAY DIFFRACTION27J947 - 1126
78X-RAY DIFFRACTION28I1321 - 1342
79X-RAY DIFFRACTION28J14 - 342
80X-RAY DIFFRACTION28J1318 - 1344
81X-RAY DIFFRACTION28J1501
82X-RAY DIFFRACTION28L95 - 519

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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