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- PDB-4jkm: Crystal Structure of Clostridium perfringens beta-glucuronidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jkm
タイトルCrystal Structure of Clostridium perfringens beta-glucuronidase
要素
  • Beta-glucuronidase
  • Maltose-binding periplasmic protein
キーワードHYDROLASE / alpha/beta barrel / beta-sandwich / sugar-binding domain / glycosyl hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / beta-galactosidase activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport ...: / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / beta-galactosidase activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich ...Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / Galactose-binding-like domain superfamily / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Beta-glucuronidase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.263 Å
データ登録者Wallace, B.D. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure and Inhibition of Microbiome beta-Glucuronidases Essential to the Alleviation of Cancer Drug Toxicity.
著者: Wallace, B.D. / Roberts, A.B. / Pollet, R.M. / Ingle, J.D. / Biernat, K.A. / Pellock, S.J. / Venkatesh, M.K. / Guthrie, L. / O'Neal, S.K. / Robinson, S.J. / Dollinger, M. / Figueroa, E. / ...著者: Wallace, B.D. / Roberts, A.B. / Pollet, R.M. / Ingle, J.D. / Biernat, K.A. / Pellock, S.J. / Venkatesh, M.K. / Guthrie, L. / O'Neal, S.K. / Robinson, S.J. / Dollinger, M. / Figueroa, E. / McShane, S.R. / Cohen, R.D. / Jin, J. / Frye, S.V. / Zamboni, W.C. / Pepe-Ranney, C. / Mani, S. / Kelly, L. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2013年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase
D: Maltose-binding periplasmic protein
C: Maltose-binding periplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,7104
ポリマ－226,7104
非ポリマー00
水9,224512
1
A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase

A: Beta-glucuronidase
B: Beta-glucuronidase
D: Maltose-binding periplasmic protein
C: Maltose-binding periplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)364,8846
ポリマ－364,8846
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16380 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area81740 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)71.511, 292.612, 239.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-688-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucuronidase


分子量: 69087.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: 13 / Type A / 遺伝子: bglR / プラスミド: pMCSG9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI (DE3) / 参照: UniProt: Q8XP19, beta-glucuronidase
#2: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 44267.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4034, JW3994, malE / プラスミド: pMCSG9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI (DE3) / 参照: UniProt: P0AEX9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONFLICT AT POSITION 25 IS POSSIBLY DUE TO MUTATION IN THE PLASMID SEQUENCE VERSUS THE UNIPROT ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0-6.5, 28-36% PEG 400, 0.02% sodium azide, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289.15K
PH範囲: 6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月3日
放射モノクロメーター: Double crystal with K-B biomorph mirrors
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→48.77 Å / Num. obs: 117154 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 12

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.263→47.791 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 5860 5.01 %
Rwork0.2066 --
obs0.2081 117081 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.6465 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.299 Å2-0 Å20 Å2
2---2.6826 Å20 Å2
3---1.2175 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.263→47.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14194 0 0 512 14706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00314534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83219753
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2045275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2629-2.28860.35771620.32493262X-RAY DIFFRACTION88
2.2886-2.31550.32111790.28043703X-RAY DIFFRACTION100
2.3155-2.34380.2912090.27233632X-RAY DIFFRACTION100
2.3438-2.37350.33072140.26443678X-RAY DIFFRACTION100
2.3735-2.40470.28921770.25333718X-RAY DIFFRACTION100
2.4047-2.43760.32681700.25673689X-RAY DIFFRACTION100
2.4376-2.47240.29371940.2533717X-RAY DIFFRACTION100
2.4724-2.50940.30872020.25213670X-RAY DIFFRACTION100
2.5094-2.54860.29381900.2573714X-RAY DIFFRACTION100
2.5486-2.59030.29241790.243684X-RAY DIFFRACTION100
2.5903-2.6350.27862140.23323681X-RAY DIFFRACTION100
2.635-2.68290.28491700.22523698X-RAY DIFFRACTION100
2.6829-2.73450.2581940.23543722X-RAY DIFFRACTION100
2.7345-2.79030.2612060.2343688X-RAY DIFFRACTION100
2.7903-2.8510.28842030.22863688X-RAY DIFFRACTION100
2.851-2.91730.26882040.2253686X-RAY DIFFRACTION100
2.9173-2.99020.26491780.22423726X-RAY DIFFRACTION100
2.9902-3.07110.24361910.22383702X-RAY DIFFRACTION100
3.0711-3.16140.26111830.22173714X-RAY DIFFRACTION100
3.1614-3.26350.24752140.2133715X-RAY DIFFRACTION100
3.2635-3.38010.2391950.21573713X-RAY DIFFRACTION100
3.3801-3.51540.24092130.21153692X-RAY DIFFRACTION100
3.5154-3.67530.24442010.20663733X-RAY DIFFRACTION100
3.6753-3.8690.21951790.19313750X-RAY DIFFRACTION100
3.869-4.11130.2062090.17863740X-RAY DIFFRACTION100
4.1113-4.42850.17992030.17453766X-RAY DIFFRACTION100
4.4285-4.87370.1992050.16043751X-RAY DIFFRACTION100
4.8737-5.57810.21122200.16973779X-RAY DIFFRACTION100
5.5781-7.02420.21941830.20293836X-RAY DIFFRACTION100
7.0242-47.80190.1912190.20213974X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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