PDB-4jk1: X-ray crystal structure of Escherichia coli sigma70 holoenzyme in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jk1

タイトル

X-ray crystal structure of Escherichia coli sigma70 holoenzyme in complex with Guanosine tetraphosphate (ppGpp)

要素

(Escherichia coli RNA polymerase ...) x 5

キーワード

TRANSCRIPTION / TRANSFERASE / DNA

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...
類似検索 - 分子機能

Sigma-70 factor, region 1.1 / Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 ...Sigma-70 factor, region 1.1 / Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / Annexin V; domain 1 / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Helix Hairpins / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Helix non-globular / Beta Complex / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / Special / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Murakami, K.S.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Differential regulation by ppGpp versus pppGpp in Escherichia coli.
著者: Mechold, U. / Potrykus, K. / Murphy, H. / Murakami, K.S. / Cashel, M.

履歴

登録	2013年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jk1.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jk1.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/4jk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/4jk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jk2C 4yg2 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yfk-1 4zh3-1 4kn7-1 4jk2-1 5uaq-2 4zh4-1 5uaq-1 4kmu-1 5uag-1 5uag-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (13) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (27) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit

B: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit

C: Escherichia coli RNA polymerase beta subunit

D: Escherichia coli RNA polymerase beta' subunit

E: Escherichia coli RNA polymerase omega subunit

X: Escherichia coli RNA polymerase sigma70 subunit

F: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit

G: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit

H: Escherichia coli RNA polymerase beta subunit

I: Escherichia coli RNA polymerase beta' subunit

J: Escherichia coli RNA polymerase omega subunit

Y: Escherichia coli RNA polymerase sigma70 subunit

ヘテロ分子

921 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit

B: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit

C: Escherichia coli RNA polymerase beta subunit

D: Escherichia coli RNA polymerase beta' subunit

E: Escherichia coli RNA polymerase omega subunit

X: Escherichia coli RNA polymerase sigma70 subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
461 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit

G: Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit

H: Escherichia coli RNA polymerase beta subunit

I: Escherichia coli RNA polymerase beta' subunit

J: Escherichia coli RNA polymerase omega subunit

Y: Escherichia coli RNA polymerase sigma70 subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
460 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.567, 203.817, 307.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Escherichia coli RNA polymerase ... , 5種, 12分子 ABFGCHDIEJXY

#1: タンパク質	Escherichia coli RNA polymerase alpha subunit / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / プラスミド: pGEMABC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	Escherichia coli RNA polymerase beta subunit / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 プラスミド: pGEMABC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	Escherichia coli RNA polymerase beta' subunit / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / プラスミド: pGEMABC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	Escherichia coli RNA polymerase omega subunit / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MDS42 / 遺伝子: rpoZ, ECMDS42_3083 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: H0QDQ9, UniProt: P0A800*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質	Escherichia coli RNA polymerase sigma70 subunit / Sigma-70 分子量: 70352.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / プラスミド: pGEMD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00579

-
非ポリマー , 2種, 5分子

#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物	ChemComp-G4P / GUANOSINE-5',3'-TETRAPHOSPHATE / guanosine tetraphosphate;ppGpp / ppGpp タイプ: RNA linking / 分子量: 603.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₅O₁₇P₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Hepes-HCl (pH 7.0), 0.2 M CaAcetate, ~15 % PEG400, 10 mM Tri(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月12日
放射	モノクロメーター: Rh coated Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.9→30 Å / Num. obs: 96273 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.9→29.839 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3198	4725	4.98 %	RANDOM
R_work	0.2517	-	-	-
obs	0.2551	94874	89.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.9→29.839 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	56075	0	40	0	56115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	56927
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.489	76825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.628	22018
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	8746
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	10069

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.9-3.9442	0.3988	103	0.3956	2164	X-RAY DIFFRACTION	65
3.9442-3.9905	0.4051	119	0.3643	2310	X-RAY DIFFRACTION	70
3.9905-4.0391	0.4407	125	0.3622	2445	X-RAY DIFFRACTION	74
4.0391-4.0901	0.399	144	0.3376	2549	X-RAY DIFFRACTION	77
4.0901-4.1438	0.3848	139	0.3341	2632	X-RAY DIFFRACTION	80
4.1438-4.2004	0.3928	145	0.3329	2669	X-RAY DIFFRACTION	81
4.2004-4.2602	0.3275	139	0.3228	2784	X-RAY DIFFRACTION	84
4.2602-4.3236	0.3751	137	0.3129	2852	X-RAY DIFFRACTION	85
4.3236-4.391	0.347	155	0.3116	2909	X-RAY DIFFRACTION	87
4.391-4.4627	0.3355	158	0.2989	2922	X-RAY DIFFRACTION	88
4.4627-4.5394	0.3445	159	0.2856	2991	X-RAY DIFFRACTION	90
4.5394-4.6217	0.3425	159	0.2822	3027	X-RAY DIFFRACTION	90
4.6217-4.7102	0.3163	158	0.2685	3035	X-RAY DIFFRACTION	92
4.7102-4.806	0.3485	167	0.2704	3088	X-RAY DIFFRACTION	93
4.806-4.9101	0.34	156	0.2609	3119	X-RAY DIFFRACTION	93
4.9101-5.0238	0.3725	163	0.2625	3081	X-RAY DIFFRACTION	93
5.0238-5.1488	0.3202	170	0.2529	3120	X-RAY DIFFRACTION	93
5.1488-5.2872	0.3179	164	0.2619	3143	X-RAY DIFFRACTION	94
5.2872-5.4419	0.3139	167	0.2652	3160	X-RAY DIFFRACTION	95
5.4419-5.6165	0.3434	165	0.2624	3194	X-RAY DIFFRACTION	95
5.6165-5.8158	0.3711	169	0.2501	3175	X-RAY DIFFRACTION	95
5.8158-6.0468	0.3735	171	0.2594	3191	X-RAY DIFFRACTION	95
6.0468-6.3195	0.3413	171	0.2578	3249	X-RAY DIFFRACTION	96
6.3195-6.6492	0.3312	165	0.2534	3273	X-RAY DIFFRACTION	97
6.6492-7.0606	0.338	169	0.2543	3252	X-RAY DIFFRACTION	96
7.0606-7.5975	0.339	173	0.2227	3281	X-RAY DIFFRACTION	97
7.5975-8.3468	0.2892	175	0.1982	3316	X-RAY DIFFRACTION	97
8.3468-9.5201	0.2575	178	0.1831	3348	X-RAY DIFFRACTION	98
9.5201-11.8675	0.2243	178	0.1916	3365	X-RAY DIFFRACTION	97
11.8675-29.8399	0.3237	184	0.2577	3505	X-RAY DIFFRACTION	98

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